Locus 3728

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 10,860,332 – 10,860,425
Length 93
Max. P 0.999086
window5872 window5873

overview

Window 2

Location 10,860,332 – 10,860,425
Length 93
Sequences 6
Columns 93
Reading direction forward
Mean pairwise identity 91.25
Mean single sequence MFE -40.20
Consensus MFE -37.23
Energy contribution -36.73
Covariance contribution -0.50
Combinations/Pair 1.18
Mean z-score -2.18
Structure conservation index 0.93
SVM decision value 2.64
SVM RNA-class probability 0.996012
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 10860332 93 + 22407834
CGCUGCGGCACUGCAGCAAAAGACUGAAGCGGCAGCAGCUGCCGCCGCAGCUCAGCCUGUGGAGAUCGACGAGUCAAAGAUCGACCGGCUGCU
.((((((((...((..((......))..))(((((...))))))))))))).(((((.(.(..((((...........))))..))))))).. ( -40.80)
>DroSec_CAF1 8760 93 + 1
CGCUGCGGCACUGCAGCAAAAGACUGAAGCGGCAGCAGCGGCCGCCGCAGCUCAGCCCGUGGAGAUCGACGAGUCAAAGAUCGACCGGCUGCU
.((((((((....((((....).)))..((.((....)).)).)))))))).(((((.(.(..((((...........))))..))))))).. ( -37.80)
>DroSim_CAF1 8936 93 + 1
CGCUGCGGCACUGCAGCAAAAGACUGAAGCGGCAGCAGCUGCCGCCGCAGCUCAGCCCGUGGAGAUCGACGAGUCAAAGAUCGACCGGCUGCU
.((((((((...((..((......))..))(((((...))))))))))))).(((((.(.(..((((...........))))..))))))).. ( -40.80)
>DroEre_CAF1 8900 93 + 1
CGCUGCGGCACUGCAGCAAAAGACUGAAGCAGCAGCUGCUGCCGCCGCAGCUCAGCCCGUGGAGAUCGACGAGUCAAAGAUCGACCGGCUGCU
.((((((((....((((....).)))..(((((....))))).)))))))).(((((.(.(..((((...........))))..))))))).. ( -40.90)
>DroYak_CAF1 8993 93 + 1
CGCUGCGGCUCUGCAGCAAAAGACUGAAGCGGCAGCUGCUGCCGCCGCAGCUCAGCCUGUGGAGAUCGAUGAGGGUAAGAUCGACCGGCUGCU
.((((((((...((((((...(.(((......)))))))))).)))))))).(((((.((.((.(((......)))....)).)).))))).. ( -41.20)
>DroAna_CAF1 9293 93 + 1
GGCGGCGUUGCUGCAGCAAAAGACUGAAGCAGCAGCAGCUGCUGCCGCCGCCCAGCCUGUGGAAAUAGACGAGACGAAGAUUGAUCGGCUGCU
(((((((.((((.((((....).))).))))(((((....))))))))))))((((((((....)))(((((........))).))))))).. ( -39.70)
>consensus
CGCUGCGGCACUGCAGCAAAAGACUGAAGCGGCAGCAGCUGCCGCCGCAGCUCAGCCCGUGGAGAUCGACGAGUCAAAGAUCGACCGGCUGCU
.((((((((....((((....).)))..(((((....))))).)))))))).(((((.(.(..((((...........))))..))))))).. (-37.23 = -36.73 +  -0.50)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 3

Location 10,860,332 – 10,860,425
Length 93
Sequences 6
Columns 93
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 91.25
Mean single sequence MFE -44.18
Consensus MFE -39.94
Energy contribution -39.78
Covariance contribution -0.16
Combinations/Pair 1.22
Mean z-score -3.03
Structure conservation index 0.90
SVM decision value 3.36
SVM RNA-class probability 0.999086
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 10860332 93 - 22407834
AGCAGCCGGUCGAUCUUUGACUCGUCGAUCUCCACAGGCUGAGCUGCGGCGGCAGCUGCUGCCGCUUCAGUCUUUUGCUGCAGUGCCGCAGCG
..(((((.((.((...((((....))))..)).)).))))).(((((((((((((...)))))(((.((((.....)))).))))))))))). ( -44.70)
>DroSec_CAF1 8760 93 - 1
AGCAGCCGGUCGAUCUUUGACUCGUCGAUCUCCACGGGCUGAGCUGCGGCGGCCGCUGCUGCCGCUUCAGUCUUUUGCUGCAGUGCCGCAGCG
..(((((.((.((...((((....))))..)).)).))))).(((((((((((.......)))(((.((((.....)))).))))))))))). ( -42.90)
>DroSim_CAF1 8936 93 - 1
AGCAGCCGGUCGAUCUUUGACUCGUCGAUCUCCACGGGCUGAGCUGCGGCGGCAGCUGCUGCCGCUUCAGUCUUUUGCUGCAGUGCCGCAGCG
..(((((.((.((...((((....))))..)).)).))))).(((((((((((((...)))))(((.((((.....)))).))))))))))). ( -46.50)
>DroEre_CAF1 8900 93 - 1
AGCAGCCGGUCGAUCUUUGACUCGUCGAUCUCCACGGGCUGAGCUGCGGCGGCAGCAGCUGCUGCUUCAGUCUUUUGCUGCAGUGCCGCAGCG
..(((((.((.((...((((....))))..)).)).))))).((((((((.(((((((..((((...))))...)))))))...)))))))). ( -46.50)
>DroYak_CAF1 8993 93 - 1
AGCAGCCGGUCGAUCUUACCCUCAUCGAUCUCCACAGGCUGAGCUGCGGCGGCAGCAGCUGCCGCUUCAGUCUUUUGCUGCAGAGCCGCAGCG
..((((((((((((.........)))))))......))))).((((((((.((((((((((......))))....))))))...)))))))). ( -44.50)
>DroAna_CAF1 9293 93 - 1
AGCAGCCGAUCAAUCUUCGUCUCGUCUAUUUCCACAGGCUGGGCGGCGGCAGCAGCUGCUGCUGCUUCAGUCUUUUGCUGCAGCAACGCCGCC
..((((((((........)))..((........)).)))))((((((((((((....)))))((((.((((.....)))).)))).))))))) ( -40.00)
>consensus
AGCAGCCGGUCGAUCUUUGACUCGUCGAUCUCCACAGGCUGAGCUGCGGCGGCAGCUGCUGCCGCUUCAGUCUUUUGCUGCAGUGCCGCAGCG
..((((((((((((.........)))))))......))))).(((((((((((((...)))))(((.((((.....)))).))))))))))). (-39.94 = -39.78 +  -0.16)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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