Locus 3719

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 10,840,358 – 10,840,478
Length 120
Max. P 0.651809
window5856

overview

Window 6

Location 10,840,358 – 10,840,478
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 88.44
Mean single sequence MFE -50.13
Consensus MFE -41.44
Energy contribution -42.47
Covariance contribution 1.03
Combinations/Pair 1.16
Mean z-score -1.92
Structure conservation index 0.83
SVM decision value 0.25
SVM RNA-class probability 0.651809
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 10840358 120 - 22407834
UGGCGGUGCCGUUGAUGAUGACACAGCGCGCUUGCAACAGCGUGCGGCACGAUUCUCACAGCAGGGCUCCAGCUCGGCCAAAAAAUCGGUCGUCGCCAUUGCAAGCUCACCGUUUGGUCU
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>DroVir_CAF1 97355 120 - 1
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>DroPse_CAF1 75792 120 - 1
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>DroWil_CAF1 115792 120 - 1
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>DroMoj_CAF1 103822 120 - 1
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>DroPer_CAF1 75618 120 - 1
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>consensus
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alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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Postscript

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