Locus 3680

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 10,713,220 – 10,713,321
Length 101
Max. P 0.923696
window5808

overview

Window 8

Location 10,713,220 – 10,713,321
Length 101
Sequences 6
Columns 107
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 80.55
Mean single sequence MFE -29.94
Consensus MFE -17.33
Energy contribution -18.33
Covariance contribution 1.00
Combinations/Pair 1.21
Mean z-score -2.80
Structure conservation index 0.58
SVM decision value 1.16
SVM RNA-class probability 0.923696
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 10713220 101 - 22407834
CGGCUCUUAUGUGCUUUUAUAAAAAAUUCAUCCGAUUGCCUUCAUUUCAAAUCACAACUGAUAAUUGGACCGAAGGCAAUUGCCAGCUGAGC---GCUC---AUCCU
..(((((((((......)))))..........(((((((((((..(((((((((....))))..)))))..)))))))))))......))))---....---..... ( -26.30)
>DroPse_CAF1 51461 106 - 1
UGGUGUUUAUGUG-UUUUAUAAAAAUUUCAUCCGAUGGCCGGGCUCUCAAAUCAGAGAUGAUAAUUGGCUCGGGGCACAUCGGCAGCUGAGUCCUGGCCAUCGGCCU
.(((.((((((..-...)))))).........((((((((((..((((......))))........(((((((.((......))..)))))))))))))))))))). ( -38.90)
>DroSec_CAF1 44226 101 - 1
CGGCUCUUAUGUGCUUUUAUAAAAAAUUCAUCCGAUUGCCUUCAUUUCAAAUCACAACUGAUAAUUGGACCGAAGGCAAUUGCCAGCUGAGC---GCUC---AUCCU
..(((((((((......)))))..........(((((((((((..(((((((((....))))..)))))..)))))))))))......))))---....---..... ( -26.30)
>DroSim_CAF1 45138 101 - 1
CGGCUCUUAUGUGCUUUUAUAAAAAAUUCAUCCGAUUGCCUUCAUUUCAAAUCACAACUGAUAAUUGGACCGAAGGCAAUUGCCAGCUGAGC---GCUC---AUCCU
..(((((((((......)))))..........(((((((((((..(((((((((....))))..)))))..)))))))))))......))))---....---..... ( -26.30)
>DroYak_CAF1 43590 101 - 1
CGCCUCUUGUGUGCUUUUAUAAAAAAUUCAUCCGAUUGCCUUCAUUUCAAAUCACAACUGAUAAUUGGACCGAAGGCAAUUGCCAUCUGAGC---GCGC---UUCCU
........((((((((................(((((((((((..(((((((((....))))..)))))..)))))))))))......))))---))))---..... ( -28.45)
>DroPer_CAF1 52705 106 - 1
UGGUGUUUAUGUG-UUUUAUAAAAAUUUCAUCCGAUGGCUGGGCUUUCAAAUCAGAGAUGAUAAUUGGCUCGGGGCACAUCGGCAGCUGUGUCCUGCCCAUCGGCCU
.(((.((((((..-...)))))).........(((((((.(((((.....((((....))))....)))))((((((((.(....).))))))))).))))))))). ( -33.40)
>consensus
CGGCUCUUAUGUGCUUUUAUAAAAAAUUCAUCCGAUUGCCUUCAUUUCAAAUCACAACUGAUAAUUGGACCGAAGGCAAUUGCCAGCUGAGC___GCUC___AUCCU
((((..(((((......)))))..........(((((((((((..(((((((((....))))..)))))..)))))))))))...)))).................. (-17.33 = -18.33 +   1.00)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:58:33 2006