Locus 3675

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 10,697,482 – 10,697,589
Length 107
Max. P 0.848043
window5800

overview

Window 0

Location 10,697,482 – 10,697,589
Length 107
Sequences 5
Columns 107
Reading direction forward
Mean pairwise identity 93.46
Mean single sequence MFE -41.95
Consensus MFE -36.46
Energy contribution -36.50
Covariance contribution 0.04
Combinations/Pair 1.09
Mean z-score -1.44
Structure conservation index 0.87
SVM decision value 0.78
SVM RNA-class probability 0.848043
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 10697482 107 + 22407834
GCUCCGUGAGCAGCAGCUGUUGAUCCCGCAGAGUGGACGGCAUCUACUCCAGAUCCAGCUGCUCCUAGCACUGCAUUGGCAGCCUGAGCUCCGUGAUUGGCAGCUGC
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>DroSec_CAF1 28771 107 + 1
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>DroSim_CAF1 29705 107 + 1
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>DroEre_CAF1 29515 107 + 1
GCUCCGUGAGCUGCGGCUGUAUUUCCGGCAGAGUGGACGGUGUCUACUCCAGAUCCAGUUGCUCCUAGCACUCCAUGGGCAGCCUGAGCUCCGUGAUUGGCAGCUGC
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>DroYak_CAF1 27751 107 + 1
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>consensus
GCUCCGUGAGCAGCAGCUGUUGAUCCCGCAGAGUGGACGGCAUCUACUCCAGAUCCAGUUGCUCCUAGCACUCCAUUGGCAGCCUGAGCUCCGUGAUUGGCAGCUGC
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alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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