Locus 367

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 1,159,073 – 1,159,193
Length 120
Max. P 0.554468
window579

overview

Window 9

Location 1,159,073 – 1,159,193
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 80.44
Mean single sequence MFE -49.10
Consensus MFE -30.63
Energy contribution -32.58
Covariance contribution 1.95
Combinations/Pair 1.29
Mean z-score -1.53
Structure conservation index 0.62
SVM decision value 0.04
SVM RNA-class probability 0.554468
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 1159073 120 - 22407834
AUAACCAGGACCAGAUGCUGCGGCGUCUUCGUCAACUGGGAGCGGCAGUCAGCGAGCACGCGCCGCUCGUGCGCCUCACGUGCCGCUUUGCUGCGCCAAAGGUCAUAUGACCGGACGGCC
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>DroPse_CAF1 52748 120 - 1
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>DroSim_CAF1 47623 120 - 1
AUAACCAGGACCAGAUGCUGCGGCGUCUUGGUCAACUGGGAGCGGCAGUCGGCGAGCACGCGCCGCUCGUGCGCCUCACGUGCCGCUCUGCUGCGCCAAAGGUCAUAUGACCGGACGACC
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>DroEre_CAF1 46441 120 - 1
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>DroYak_CAF1 47812 120 - 1
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>DroAna_CAF1 52150 120 - 1
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>consensus
AUAACCAGGACCAGAUGCUGCGGCGUCUUGGUCAACUGGGAGCGGCAGUCGGCGAGCACGCGCCGCUCGUGCACCUCACGUGCCGCUUUGCUGCGCCAAAGGUCAUAUGACCGGACGACC
....((((((((((((((....))))).)))))..))))((((((((...((((......))))...((((.....))))))))))))............((((....))))........ (-30.63 = -32.58 +   1.95)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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Postscript

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