| Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 10,415,189 – 10,415,303 |
| Length | 114 |
| Max. P | 0.696391 |
| Location | 10,415,189 – 10,415,303 |
|---|---|
| Length | 114 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 117 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 82.49 |
| Mean single sequence MFE | -39.28 |
| Consensus MFE | -28.07 |
| Energy contribution | -30.28 |
| Covariance contribution | 2.22 |
| Combinations/Pair | 1.29 |
| Mean z-score | -1.86 |
| Structure conservation index | 0.71 |
| SVM decision value | 0.34 |
| SVM RNA-class probability | 0.696391 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 10415189 114 + 22407834 ACUGGAGGGAUCCAGCACUUCAGAACAU---CCAGCGGCUGGUGGAAGUCCGCAGUUCAGUUUGGCUGUUCAGUACAUCGAAUUGUACAACGAGGACAUCUUCGAUCUGCUGGACCC ......(((.(((((((..((.(((((.---(((((.((((.(((....)))))))...).)))).))))).(((((......)))))...((((....))))))..)))))))))) ( -45.00) >DroSec_CAF1 454 114 + 1 ACUGGAGGGAUCCAGCUCUUCAGAACAC---CCAGCGGCUGGUGGAAGUCCGCAGUUCAGUCUGGCUGUUCAGUACAUCGAAUUGUACAACGAGGACAUCUUCGAUCUGCUGGACCC ......(((.((((((......(((((.---(((((.((((.(((....)))))))...).)))).))))).(((((......)))))..(((((....)))))....))))))))) ( -45.50) >DroSim_CAF1 413 114 + 1 ACUGGAGGGAUCCAGCUCUUCAGAACAC---UCAGCGGCUGGUGGAGGUCCGCAGUUCAGUCUGGCUGUUCAGUACAUCGAAUUGUACAACGAGGACAUCUUCGAUCUGCUGGACCC ......(((.((((((......(((((.---.((((.((((.(((....)))))))...).)))..))))).(((((......)))))..(((((....)))))....))))))))) ( -43.20) >DroEre_CAF1 413 114 + 1 ACUGGAGGGAUCCAGCUCUGCAGAACUU---CCAGUAGCUGGUGGAAGUCCGCAGUUUAGUCUGGCUGUUCAGUACAUCGAAUUGUACAACGAGGAUAUCUUUGAUCUGCUGGACCC ......(((.((((((......((((..---((((.(((((.(((....))))))))....))))..)))).(((((......)))))..(((((....)))))....))))))))) ( -42.80) >DroYak_CAF1 413 114 + 1 ACUGGAGGGGUCCUGCUCUUCAGAACUU---UCAGCGGCUGGUGGGAGUCCGCAGUUCAGUCUGGCUGUUCAAUACAUCGAAUUGUACAACGAGGACAUCUUUGAUCUGCUGGACCC .......((((((.((...((((((((.---...((((((......)).))))))))).((((.(.(((.((((.......)))).))).)..)))).....)))...)).)))))) ( -35.90) >DroMoj_CAF1 432 108 + 1 GUUGCAGC-AUC--------CAGAAGACAGUGAUACCUCCGCCACAAAUUCGCAGUUCAGCGUGGCUGUUCAGUUUAUAGAAUUGUAUAAUGAAGACAUUAUUGAUUUACUGGAUCC ........-(((--------(((.((((((((((..((.((((((......((......)))))))(((.((((((...)))))).)))..).))..))))))).))).)))))).. ( -23.30) >consensus ACUGGAGGGAUCCAGCUCUUCAGAACAC___CCAGCGGCUGGUGGAAGUCCGCAGUUCAGUCUGGCUGUUCAGUACAUCGAAUUGUACAACGAGGACAUCUUCGAUCUGCUGGACCC .((((((((......))))))))........(((((((.(.(.(((.((((((((((......))))))...(((((......))))).....)))).))).).).))))))).... (-28.07 = -30.28 + 2.22)
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