Locus 3564

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 10,392,022 – 10,392,133
Length 111
Max. P 0.623739
window5635

overview

Window 5

Location 10,392,022 – 10,392,133
Length 111
Sequences 6
Columns 114
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 91.79
Mean single sequence MFE -46.28
Consensus MFE -39.00
Energy contribution -39.87
Covariance contribution 0.86
Combinations/Pair 1.10
Mean z-score -1.72
Structure conservation index 0.84
SVM decision value 0.18
SVM RNA-class probability 0.623739
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 10392022 111 - 22407834
GGUGGCAGGCCGUUGUUGGCCUGGUUGACGGGUAGGGAUAUGGUCAUGGUGCUGAUGGUCUGCGAUGAUGGCGGCACCAGUUGCGCUGGCUG---GCUAUGAUAGCUGCUGCCG
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>DroSec_CAF1 6933 111 - 1
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>DroSim_CAF1 6849 111 - 1
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>DroEre_CAF1 7328 111 - 1
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>DroYak_CAF1 7439 111 - 1
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((..(((((((((.....(((((.....)))))......))))))...((((((.(.((((....)))).)))))))..((..((((....)---)).)..))...)))..)). ( -44.60)
>DroAna_CAF1 6020 114 - 1
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>consensus
GGUGGCAGGCCGUUGUUGGCCUGGUUGACGGGUAGGGAUAUGGUCAUGGUGCUGAUGGUCUGCGACGAUGGCGGCACCAGUUGCGCUGGCUG___GCUGUGAUAGCUGCUGCCG
((..((((((((.((((.(((((.....)))))...))))))))).((((((((.(.(((......))).)))))))))(((((((.(((.....)))))).)))))))..)). (-39.00 = -39.87 +   0.86)

alignment

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secondary structure

Postscript

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