Locus 3563

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	10,390,619 – 10,390,736
Length	117
Max. P	0.987377

overview

Window 3

Location	10,390,619 – 10,390,736
Length	117
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	95.03
Mean single sequence MFE	-29.97
Consensus MFE	-26.78
Energy contribution	-27.00
Covariance contribution	0.22
Combinations/Pair	1.07
Mean z-score	-2.03
Structure conservation index	0.89
SVM decision value	1.95
SVM RNA-class probability	0.983794
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 10390619 117 + 22407834
AAUCCCCCAGCCGUGUUCAAUUCGCCGCAGGCCCACAACCAUAACCACACAGUACAAGCACAGCACAGUGCACUGUCCACGGCUGGACCGCUUGGCCAUCACU---CGCUCAACCACACG
......(((((((((........(((...)))................(((((....((((......))))))))).)))))))))...(.(((((.......---.)).))).)..... ( -31.00)
>DroSec_CAF1 5530 117 + 1
AAUCCCCCAGCCGUGUUCAAUUCGCCGCAGGCCCACAACCAUAACCACACAGUACAAGCACAGCACAGUGCACUGUCCACGGCUGGACCGCUUGGCCAUCACU---CGCUCAACCACACG
......(((((((((........(((...)))................(((((....((((......))))))))).)))))))))...(.(((((.......---.)).))).)..... ( -31.00)
>DroSim_CAF1 5450 117 + 1
AAUCCCCCAGCCGUGUUCAAUUCGCCGCAGGCCCACAACCAUAACCACACAGUACAAGCACAGCACAGUGCACUGUCCACGGCUGGACCGCUUGGCCAUCACU---CGCUCAACCACACG
......(((((((((........(((...)))................(((((....((((......))))))))).)))))))))...(.(((((.......---.)).))).)..... ( -31.00)
>DroEre_CAF1 5931 117 + 1
AAUCCCCCAGCCGUGUUCAACUCUCCGCAGGCCCACAACCAUAACCACACAGUACAAGCACAGCACAGUGCACUGUCCACGGCUGGACCGCUUGGCCAUCACU---CGCUCAACCACACG
......(((((((((..............((.......))........(((((....((((......))))))))).)))))))))...(.(((((.......---.)).))).)..... ( -29.30)
>DroYak_CAF1 6042 117 + 1
AAUCCCCCAGCCGUGUUCAAUUCGCCGCAGGCCCACAACCAUAACCACACAGUACAAGCACAGCACAGUGCACUGUCCACGGCUGGACCGCUUGGCCAUCACU---CGCUCAACCACACG
......(((((((((........(((...)))................(((((....((((......))))))))).)))))))))...(.(((((.......---.)).))).)..... ( -31.00)
>DroAna_CAF1 4656 114 + 1
AAUACCCCAGCCGUGUUCAACUCGCCGCAGCCCCACAA------CCACGCAGUACAAGCUCAGCACAGUGCAUUGUCCACGGCUGGACCGCUUGGCCAUCACUCAUCGCUCAACCAUACG
......(((((((((..(((..(((.((.((.......------....))(((....)))..))...)))..)))..)))))))))...(.(((((.((.....)).)).))).)..... ( -26.50)
>consensus
AAUCCCCCAGCCGUGUUCAAUUCGCCGCAGGCCCACAACCAUAACCACACAGUACAAGCACAGCACAGUGCACUGUCCACGGCUGGACCGCUUGGCCAUCACU___CGCUCAACCACACG
......(((((((((........(((...)))................(((((....((((......))))))))).)))))))))...(.(((((...........)).))).)..... (-26.78 = -27.00 +   0.22)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	10,390,619 – 10,390,736
Length	117
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	95.03
Mean single sequence MFE	-45.08
Consensus MFE	-43.11
Energy contribution	-44.08
Covariance contribution	0.97
Combinations/Pair	1.05
Mean z-score	-1.48
Structure conservation index	0.96
SVM decision value	2.08
SVM RNA-class probability	0.987377
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 10390619 117 - 22407834
CGUGUGGUUGAGCG---AGUGAUGGCCAAGCGGUCCAGCCGUGGACAGUGCACUGUGCUGUGCUUGUACUGUGUGGUUAUGGUUGUGGGCCUGCGGCGAAUUGAACACGGCUGGGGGAUU
(((.(((((.....---......))))).))).((((((((((.((((....))))((((((((..(((((((....))))).))..)))..)))))........))))))))))..... ( -45.30)
>DroSec_CAF1 5530 117 - 1
CGUGUGGUUGAGCG---AGUGAUGGCCAAGCGGUCCAGCCGUGGACAGUGCACUGUGCUGUGCUUGUACUGUGUGGUUAUGGUUGUGGGCCUGCGGCGAAUUGAACACGGCUGGGGGAUU
(((.(((((.....---......))))).))).((((((((((.((((....))))((((((((..(((((((....))))).))..)))..)))))........))))))))))..... ( -45.30)
>DroSim_CAF1 5450 117 - 1
CGUGUGGUUGAGCG---AGUGAUGGCCAAGCGGUCCAGCCGUGGACAGUGCACUGUGCUGUGCUUGUACUGUGUGGUUAUGGUUGUGGGCCUGCGGCGAAUUGAACACGGCUGGGGGAUU
(((.(((((.....---......))))).))).((((((((((.((((....))))((((((((..(((((((....))))).))..)))..)))))........))))))))))..... ( -45.30)
>DroEre_CAF1 5931 117 - 1
CGUGUGGUUGAGCG---AGUGAUGGCCAAGCGGUCCAGCCGUGGACAGUGCACUGUGCUGUGCUUGUACUGUGUGGUUAUGGUUGUGGGCCUGCGGAGAGUUGAACACGGCUGGGGGAUU
(((.(((((.....---......))))).))).((((((((((..((..((.((.(((.(.(((..(((((((....))))).))..)))).))).)).))))..))))))))))..... ( -44.30)
>DroYak_CAF1 6042 117 - 1
CGUGUGGUUGAGCG---AGUGAUGGCCAAGCGGUCCAGCCGUGGACAGUGCACUGUGCUGUGCUUGUACUGUGUGGUUAUGGUUGUGGGCCUGCGGCGAAUUGAACACGGCUGGGGGAUU
(((.(((((.....---......))))).))).((((((((((.((((....))))((((((((..(((((((....))))).))..)))..)))))........))))))))))..... ( -45.30)
>DroAna_CAF1 4656 114 - 1
CGUAUGGUUGAGCGAUGAGUGAUGGCCAAGCGGUCCAGCCGUGGACAAUGCACUGUGCUGAGCUUGUACUGCGUGG------UUGUGGGGCUGCGGCGAGUUGAACACGGCUGGGGUAUU
(((.(((((..((.....))...))))).))).((((((((((..((((......(((((((((....(..((...------.))..))))).))))).))))..))))))))))..... ( -45.00)
>consensus
CGUGUGGUUGAGCG___AGUGAUGGCCAAGCGGUCCAGCCGUGGACAGUGCACUGUGCUGUGCUUGUACUGUGUGGUUAUGGUUGUGGGCCUGCGGCGAAUUGAACACGGCUGGGGGAUU
(((.(((((..((.....))...))))).))).((((((((((..((((......(((((((((..(((((((....))))).))..)))..)))))).))))..))))))))))..... (-43.11 = -44.08 +   0.97)

alignment

secondary structure

dotplot

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