Locus 3478

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 10,122,458 – 10,122,555
Length 97
Max. P 0.907655
window5500

overview

Window 0

Location 10,122,458 – 10,122,555
Length 97
Sequences 6
Columns 102
Reading direction forward
Mean pairwise identity 66.89
Mean single sequence MFE -46.55
Consensus MFE -19.41
Energy contribution -20.97
Covariance contribution 1.56
Combinations/Pair 1.66
Mean z-score -1.94
Structure conservation index 0.42
SVM decision value 1.05
SVM RNA-class probability 0.907655
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 10122458 97 + 22407834
-----CCUCCGGAUGAGGCGGUGGUCGUGUCGGUGGCCGAAGCGGCUGCGGUGGUGGUUUCUCCAUCGGCACUGGCCGCUGUGGUUACCUCUGCGGCAGCUG
-----((((.....))))((((.((((((..((((((((.((((((((.(.((((((.....)))))).).).))))))).))))))))..)))))).)))) ( -49.10)
>DroPse_CAF1 43399 102 + 1
UGGAGGUUGUAGAUGCAACCGUUGUCGUGUCAGAGGUGGCAGAGGCAGCGGUUGUCUCAGCGCCAGCGCCAGCGGCUGCCGUAGUCUCUUCGGCGGCCACUG
(((..((((.((..((((((((((((.(((((....)))))..)))))))))))))))))).)))....(((.((((((((.((...)).)))))))).))) ( -50.80)
>DroSec_CAF1 48987 94 + 1
--------CCAGAUGAGGCGGUGGUCGUGUCGGUGCCUGAAGCAGCUGCGGUGGUGGUUUCUCCAUCGGCACUGGCCGCUGUGGUUGCCUCUGCGGCAGCUG
--------.........((((((((((((((((((...(((((.(((.....))).)))))..))))))))).)))))))))(((((((.....))))))). ( -45.70)
>DroEre_CAF1 47212 102 + 1
CAGUGCUUCCAGAUGCGGCGGUGGUCGUAUCGGUGCCUGCAGUGGCGGCGGUGGUGCUUUCUGCGGCGCCACCGGCAAUUGUGCUCGAUUCUGCGUCAGCUG
(((.((..((.((((((((....)))))))))).)))))((((((((.((((((((((......)))))))))).)......((........)))))).))) ( -46.90)
>DroYak_CAF1 49691 102 + 1
AGUUGCUUCCGGAUGAGGCGGUGGUCGUGUCGCUGGCUGAAGCGGCGGCGGUGGUGGUUUCUUCAGCGGCACUGGCCGCAGUGGUCGUGUCCGUGUCAGUUG
....(((.((((((..(((.((((((((((((((((..(((((.((.......)).))))).)))))))))).))))))....)))..))))).)..))).. ( -44.50)
>DroPer_CAF1 43370 96 + 1
UGGAGGUUGUAGAUGCAACCGUUGUUGUGUCAGAGGUGGCAGAGGCAGUGGUUGUCUCAGCGC------CAGCGGCUGCCGUAGUCUCUUCGGCGGCCACUG
....(((.((.((.((((((((((((.(((((....)))))..)))))))))))).)).))))------)((.((((((((.((...)).)))))))).)). ( -42.30)
>consensus
_GG_GCUUCCAGAUGAGGCGGUGGUCGUGUCGGUGGCUGAAGCGGCAGCGGUGGUGGUUUCUCCAGCGGCACCGGCCGCUGUGGUCGCUUCUGCGGCAGCUG
..................((((.((((((..((((((((..(((((..(((((.((((......)))).))))))))))..))))))))..)))))).)))) (-19.41 = -20.97 +   1.56)

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