Locus 3477

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 10,118,825 – 10,118,925
Length 100
Max. P 0.758613
window5499

overview

Window 9

Location 10,118,825 – 10,118,925
Length 100
Sequences 6
Columns 111
Reading direction forward
Mean pairwise identity 81.80
Mean single sequence MFE -22.62
Consensus MFE -14.62
Energy contribution -16.15
Covariance contribution 1.53
Combinations/Pair 1.15
Mean z-score -2.16
Structure conservation index 0.65
SVM decision value 0.50
SVM RNA-class probability 0.758613
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 10118825 100 + 22407834
UACGUCAACAUUGCCAUUGACUUAAUCUACGAUGGGUUAAUAAAUCAGAUCUUGUCUGCAUUGUGUAUUAAGUCCAUCUUAGAUUUCU----CCAUUCAA---ACAA----
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>DroSec_CAF1 45412 100 + 1
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>DroSim_CAF1 48637 100 + 1
UACGUCAACAUUGCCAUUGACUUAAUCUACGUUGGGUUAAUAAAUCAGAUCUUGUCUGCAUUGUGUAUUAAGUCCAUCUUAGAUUUCU----CCAUUCAA---ACAA----
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>DroEre_CAF1 43717 100 + 1
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>DroYak_CAF1 46307 103 + 1
UACGUCAACAUGGCCAUUGACUGACUCUGCGAUGGGUUAAUAAAUCAGAUCUUGUCUGCUUUCUGCAUUAAGCCCAUCUUAGAUUGCU----CCACACAAAACACAA----
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>DroAna_CAF1 49001 106 + 1
UACAUCAAUAUUGACUUUGACUUAAUCAGGGCUAAGUUAAUAAAUCUGGU-UUGUUUGC-UUGUUUAUUUUCCCAAUCUAAGAUAGGUUAGACGAGCCGA---AAAACCCC
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>consensus
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