| Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 9,993,236 – 9,993,350 |
| Length | 114 |
| Max. P | 0.655771 |
| Location | 9,993,236 – 9,993,350 |
|---|---|
| Length | 114 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 117 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 77.43 |
| Mean single sequence MFE | -30.43 |
| Consensus MFE | -24.81 |
| Energy contribution | -23.73 |
| Covariance contribution | -1.08 |
| Combinations/Pair | 1.26 |
| Mean z-score | -0.90 |
| Structure conservation index | 0.82 |
| SVM decision value | 0.26 |
| SVM RNA-class probability | 0.655771 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 9993236 114 + 22407834 --AAUCCUUCCUCCUCCCUCUUCU-CCUUGCAGAUGCCGUACCUGAAUCCAGCCCGCUCCCUGGGUCCUUCGUUUGUGCUUAACAAAUGGGACAGCCAUUGGGUGUACUGGUUCGGA --......................-....((....)).....(((((.((((..(((((..(((((((..(((((((.....)))))))))))..)))..)))))..))))))))). ( -32.60) >DroVir_CAF1 28518 111 + 1 --UUGGAUCUUGUC---UCUGAUU-GAUUGCAGAUGCCAUAUCUGAACCCGGCGCGUUCUUUGGGUCCAUCGUUUGUGCUCAACAAAUGGGACAACCAUUGGGUAUACUGGUUCGGU --.(((((((.(((---.......-)))...)))).)))...(((((((.((.(..(((..(((((((..(((((((.....)))))))))))..)))..)))..).))))))))). ( -32.20) >DroPse_CAF1 23112 113 + 1 ACGAUUCUCA---UUCGAUUCUUU-CCUUGCAGAUGCCCUACCUGAAUCCGGCUCGCUCCCUGGGUCCUUCGUUUGUGCUCAACAAAUGGGACAACCAUUGGGUCUACUGGUUCGGA .(((......---.))).......-....((....)).....(((((.((((...((((..(((((((..(((((((.....)))))))))))..)))..))))...))))))))). ( -29.40) >DroGri_CAF1 28001 111 + 1 --UAUGUUUUUGCA---UUUGAUC-CAUUGCAGAUGCCCUAUCUGAAUCCAGCUCGCUCUUUGGGUCCAUCGUUUGUGCUUAACAAAUGGGAUAAUCAUUGGGUAUAUUGGUUCGGA --.........(((---((((...-.....)))))))....((((((.((((...((((..(((((((..(((((((.....)))))))))))..)))..))))...)))))))))) ( -31.90) >DroMoj_CAF1 34802 112 + 1 --UCUUAUUUUCCC---UCUUCUUCCAUUGCAGAUGCCCUAUCUGAAUCCGGCGCGCUCCUUGGGUCCAUCGUUUGUGCUGAACAAAUGGGAUAAUCAUUGGGUGUAUUGGUUUGGU --............---.......(((...((((((...))))))...((((..(((((..(((((((..(((((((.....)))))))))))..)))..)))))..))))..))). ( -28.10) >DroAna_CAF1 24605 109 + 1 --AAUGCUUA-UCC----UUGCCU-CCUUUCAGAUGCCCUACUUGAAUCCUGCCCGCUCCCUGGGUCCUUCGUUUGUGCUGAACAAAUGGGACCACCACUGGGUGUACUGGUUCGGA --...((...-...----..)).(-((..((((((((((........(((.(((((.....)))))....(((((((.....))))))))))........)))))).))))...))) ( -28.39) >consensus __UAUGCUUUUGCC___UUUGAUU_CAUUGCAGAUGCCCUACCUGAAUCCGGCCCGCUCCCUGGGUCCAUCGUUUGUGCUCAACAAAUGGGACAACCAUUGGGUGUACUGGUUCGGA ..........................................(((((.((((...((((..(((((((..(((((((.....)))))))))))..)))..))))...))))))))). (-24.81 = -23.73 + -1.08)
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