Locus 3402

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 9,846,017 – 9,846,115
Length 98
Max. P 0.980781
window5384 window5385

overview

Window 4

Location 9,846,017 – 9,846,115
Length 98
Sequences 6
Columns 114
Reading direction forward
Mean pairwise identity 78.99
Mean single sequence MFE -38.33
Consensus MFE -26.86
Energy contribution -27.12
Covariance contribution 0.25
Combinations/Pair 1.10
Mean z-score -4.55
Structure conservation index 0.70
SVM decision value 1.87
SVM RNA-class probability 0.980781
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 9846017 98 + 22407834
GUUUGAC---------GUACACAUGACGUAUGAGCAAUGUGCAUUCACUUGCAGCUGAAUUGCUCAUACGCCACGUG---G-UGAUUGC---GUGUCGGCAAAUCACACGUCAA
..(((((---------((.(((.((.((((((((((((.((((......)))).....)))))))))))).)).)))---(-(((((((---......)).))))))))))))) ( -42.90)
>DroPse_CAF1 57792 101 + 1
ACAUGGUUUUCCUCUUUCCCACAUGACGUAUGAGCAAUGUGCAUUCAUUUGCAACUAGAUUGCUCAUACGCCAUGU----------UAU---GUGUCGGCGAGUCACACGUCAA
((((((....))........(((((.((((((((((((.((((......)))).....)))))))))))).)))))----------.))---))...((((.......)))).. ( -32.50)
>DroEre_CAF1 57315 98 + 1
AUUUGAC---------GUCCACAUGACGUAUGAGCAAUGUGCAUUCACUUGCAGCUGAAUUGCUCAUACGCCACGUG---G-UGAUUGC---GUGUCGGCAAAUCACACGUCAA
..(((((---------((.(((.((.((((((((((((.((((......)))).....)))))))))))).)).)))---(-(((((((---......)).))))))))))))) ( -42.10)
>DroYak_CAF1 57582 101 + 1
AUUUGAC---------GUCCACAUGACGUAUGAGCAAUGUGCAUUCACUUGCAGCUGAAUUGCUCAUACGCCACGUGGUGG-UGAUUGC---GUGUCGGCAAAUCACACGUCAA
..(((((---------((((((.((.((((((((((((.((((......)))).....)))))))))))).)).))))..(-(((((((---......)).))))))))))))) ( -44.50)
>DroAna_CAF1 61189 100 + 1
CUUUGAC---------ACCCACAUGACGUAUGAGCAAUGUGCAUUCAUUUGCAGCCGGAUUGCUCAUAUGCC--GUG---GUUGACUACGGAGUGAUUGCAAAUCACACGUCAA
..(((((---------..........(((((((((((((((((......)))).)...))))))))))))((--(((---(....)))))).(((((.....)))))..))))) ( -35.50)
>DroPer_CAF1 58318 101 + 1
ACAUGGUUUUCCUCUUUCCCACAUGACGUAUGAGCAAUGUGCAUUCAUUUGCAACUAGAUUGCUCAUACGCCAUGU----------UAU---GUGUCGGCGAGUCACACGUCAA
((((((....))........(((((.((((((((((((.((((......)))).....)))))))))))).)))))----------.))---))...((((.......)))).. ( -32.50)
>consensus
AUUUGAC_________GCCCACAUGACGUAUGAGCAAUGUGCAUUCACUUGCAGCUGAAUUGCUCAUACGCCACGUG___G_UGAUUAC___GUGUCGGCAAAUCACACGUCAA
...((((............(((.((.((((((((((((.((((......)))).....)))))))))))).)).)))...............((((.((....)))))))))). (-26.86 = -27.12 +   0.25)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 5

Location 9,846,017 – 9,846,115
Length 98
Sequences 6
Columns 114
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 78.99
Mean single sequence MFE -42.08
Consensus MFE -31.27
Energy contribution -32.77
Covariance contribution 1.50
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -5.44
Structure conservation index 0.74
SVM decision value 1.58
SVM RNA-class probability 0.965181
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 9846017 98 - 22407834
UUGACGUGUGAUUUGCCGACAC---GCAAUCA-C---CACGUGGCGUAUGAGCAAUUCAGCUGCAAGUGAAUGCACAUUGCUCAUACGUCAUGUGUAC---------GUCAAAC
(((((((((((((.((......---)))))))-)---(((((((((((((((((((...(.((((......)))))))))))))))))))))))).))---------))))).. ( -47.40)
>DroPse_CAF1 57792 101 - 1
UUGACGUGUGACUCGCCGACAC---AUA----------ACAUGGCGUAUGAGCAAUCUAGUUGCAAAUGAAUGCACAUUGCUCAUACGUCAUGUGGGAAAGAGGAAAACCAUGU
...((((((..(((.((.....---...----------((((((((((((((((((...((.(((......))))))))))))))))))))))).))...)))..)...))))) ( -36.30)
>DroEre_CAF1 57315 98 - 1
UUGACGUGUGAUUUGCCGACAC---GCAAUCA-C---CACGUGGCGUAUGAGCAAUUCAGCUGCAAGUGAAUGCACAUUGCUCAUACGUCAUGUGGAC---------GUCAAAU
(((((((.(((((.((......---)))))))-(---(((((((((((((((((((...(.((((......)))))))))))))))))))))))))))---------))))).. ( -48.80)
>DroYak_CAF1 57582 101 - 1
UUGACGUGUGAUUUGCCGACAC---GCAAUCA-CCACCACGUGGCGUAUGAGCAAUUCAGCUGCAAGUGAAUGCACAUUGCUCAUACGUCAUGUGGAC---------GUCAAAU
(((((((((((((.((......---)))))))-)..((((((((((((((((((((...(.((((......)))))))))))))))))))))))))))---------))))).. ( -51.60)
>DroAna_CAF1 61189 100 - 1
UUGACGUGUGAUUUGCAAUCACUCCGUAGUCAAC---CAC--GGCAUAUGAGCAAUCCGGCUGCAAAUGAAUGCACAUUGCUCAUACGUCAUGUGGGU---------GUCAAAG
((((((.(((((.....))))).).........(---(((--(((.((((((((((...(.((((......))))))))))))))).)))..))))..---------))))).. ( -32.10)
>DroPer_CAF1 58318 101 - 1
UUGACGUGUGACUCGCCGACAC---AUA----------ACAUGGCGUAUGAGCAAUCUAGUUGCAAAUGAAUGCACAUUGCUCAUACGUCAUGUGGGAAAGAGGAAAACCAUGU
...((((((..(((.((.....---...----------((((((((((((((((((...((.(((......))))))))))))))))))))))).))...)))..)...))))) ( -36.30)
>consensus
UUGACGUGUGAUUUGCCGACAC___GCAAUCA_C___CACGUGGCGUAUGAGCAAUCCAGCUGCAAAUGAAUGCACAUUGCUCAUACGUCAUGUGGAC_________GUCAAAU
.((((((((.........))))...............(((((((((((((((((((...(.((((......))))))))))))))))))))))))............))))... (-31.27 = -32.77 +   1.50)

alignment

Postscript

secondary structure

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