Locus 3386

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 9,807,349 – 9,807,469
Length 120
Max. P 0.969236
window5356

overview

Window 6

Location 9,807,349 – 9,807,469
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 94.72
Mean single sequence MFE -31.95
Consensus MFE -27.78
Energy contribution -27.70
Covariance contribution -0.08
Combinations/Pair 1.10
Mean z-score -2.19
Structure conservation index 0.87
SVM decision value 1.64
SVM RNA-class probability 0.969236
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 9807349 120 + 22407834
GCCCAGUAGGGCCAUCGAUGAGAUUAGCACACAUGGCACAAUUAAAUUGAAAAAAUAAUAUAAUGUACGGCGACGAAUUUGUAUAGUAAAGGUGAUAUCGACAUAUGGUUCUGGGCAGCA
((((((...((((((..(((.(((...(((.....((.((((...))))........((((((....((....))...)))))).))....)))..)))..))))))))))))))).... ( -28.60)
>DroVir_CAF1 25081 120 + 1
GCCCAGCAGGGCCAUCGAUGAUAUUAGCACGCAUGGCACAAUUAAAUUGAAAAAAUAAUAUAAAGUACGUCGGCGUAUUUGUAUAGUAAAGGUGAUAUCGACAUAUGGUUCUGGGCAGCA
((((((...((((((.(.((((((((.(..((...))....................(((((((.((((....)))))))))))......).)))))))).)..)))))))))))).... ( -32.10)
>DroPse_CAF1 17161 120 + 1
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(((((...(((((((..(((.(((...(((.....((.((((...))))........((((((.(((((....))))))))))).))....)))..)))..))))))))))))))).... ( -32.40)
>DroGri_CAF1 18211 120 + 1
GCCCAGCAGGGCCAUUGAUGAUAUUAGCACGCAUGGCACAAUUAAAUUGAAAAAAUAAUAUAAAGUACGUCGACGUAUUUGUAUAGUAAAGGUGAUAUCGACAUAUGGUUCUGGGCAGCA
((((((...((((((((.((((((((.(..((...))....................(((((((.((((....)))))))))))......).)))))))).)).)))))))))))).... ( -34.00)
>DroMoj_CAF1 19627 120 + 1
GCCCAGCAGAGCCAUCGAUGAUAUUAGCACGCAUGGUACAAUUAAAUUGAAAAAAUAAUAUAAUGUACGUCGGCGUAUUUGUAUAGUAAAGGUGAUAUCGACAUAGGGUUCUGGGCAGCA
(((((...(((((...(.((((((((.(((((...(((((.(((.((((......)))).))))))))....)))).((((.....))))).)))))))).)....)))))))))).... ( -32.20)
>DroPer_CAF1 17637 120 + 1
GCCCAAGAGGGCCAUCGAUGAGAUUAGCACACAGGGCACAAUUAAAUUGAAAAAAUAAUAUAAUGUACGGCGACGUAUUUGUAUAGUAAAGGUGAUAUCGACAUAUGGUUCUGGGCAGCA
(((((...(((((((..(((.(((...(((.....((.((((...))))........((((((.(((((....))))))))))).))....)))..)))..))))))))))))))).... ( -32.40)
>consensus
GCCCAGCAGGGCCAUCGAUGAGAUUAGCACACAUGGCACAAUUAAAUUGAAAAAAUAAUAUAAUGUACGGCGACGUAUUUGUAUAGUAAAGGUGAUAUCGACAUAUGGUUCUGGGCAGCA
(((((...((((((((((((......((.......))....................((((((.(((((....)))))))))))...........))))))....))))))))))).... (-27.78 = -27.70 +  -0.08)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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