| Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 9,798,181 – 9,798,289 |
| Length | 108 |
| Max. P | 0.659294 |
| Location | 9,798,181 – 9,798,289 |
|---|---|
| Length | 108 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 112 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 84.47 |
| Mean single sequence MFE | -35.17 |
| Consensus MFE | -30.98 |
| Energy contribution | -31.07 |
| Covariance contribution | 0.09 |
| Combinations/Pair | 1.26 |
| Mean z-score | -1.51 |
| Structure conservation index | 0.88 |
| SVM decision value | 0.26 |
| SVM RNA-class probability | 0.659294 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 9798181 108 - 22407834 CAUCAUGUUCAUGGUCGCCUCGUCGGUGGUGCUGACAGUAGUGGUGCUCAACUACCACCAUCGCACAGCGGACAUUCACGAGAUGCCACCGUGGGUGAGUCCC----CCAUC ..((((..(((((((.(((((((..(((.(((((...(..((((((.........))))))..).)))))..)))..)))))..)).))))))))))).....----..... ( -37.30) >DroVir_CAF1 8118 104 - 1 UAUCAUGUUCAUGGUUGCGUCGUCUGUGGUGCUAACGGUUGUGGUACUCAACUAUCAUCAUCGCACAGCGGAUAUACACGAGAUGCCACCGUGGGUAUGUUAG----A---- ...((((..((((((.(((((((((((.((((....(((.((((((......)))))).))))))).))))))........))))).))))))..))))....----.---- ( -37.20) >DroGri_CAF1 7556 108 - 1 UAUCAUGUUCAUGGUUGCAUCGUCUGUGGUGCUCACGGUUGUGGUGCUUAACUAUCAUCAUCGCACAGCGGAUAUACAUGAGAUGCCACCGUGGGUAAGUGCC----AAGAA .....((..((((((.(((((((((((.((((....(((.(((((.....))))).)))...)))).))))))........))))).))))))..))......----..... ( -35.20) >DroWil_CAF1 11538 108 - 1 CAUCAUGUUCAUGGUUGCAUCAUCUGUGGUGUUAACGGUUGUGGUACUCAACUAUCAUCAUCGCACAGCGGAUAUACACGAGAUGCCACCGUGGGUAAGUACC----CCAAA .....((..((((((.(((((((((((.(((....((((.((((((......)))))).))))))).))))))........))))).))))))..))......----..... ( -33.00) >DroMoj_CAF1 7966 104 - 1 CAUCAUGUUCAUGGUUGCAUCGUCUGUGGUGCUAACGGUUGUGGUGCUUAACUAUCAUCAUCGUACAGCGGAUAUACACGAGAUGCCCCCGUGGGUAAGUCAC----A---- .....((..(((((..(((((.((((((.((((.(((((.((((((......)))))).)))))..))))....)))).)))))))..)))))..))......----.---- ( -32.10) >DroAna_CAF1 7404 112 - 1 CAUCAUGUUCAUGGUCGCAUCGUCGGUGGUGCUGACUGUUGUGGUGCUCAACUAUCACCAUCGCACGGCGGAUAUCCACGAAAUGCCCCCGUGGGUGAGUCACUAACCAAUC ...........((((.((.((((((((((((.(((..((((.......))))..))).)))))).)))))).((((((((.........)))))))).)).))))....... ( -36.20) >consensus CAUCAUGUUCAUGGUUGCAUCGUCUGUGGUGCUAACGGUUGUGGUGCUCAACUAUCAUCAUCGCACAGCGGAUAUACACGAGAUGCCACCGUGGGUAAGUCAC____A_A__ .....((..((((((.(((((((((((.((((....(((.(((((.....))))).)))...)))).))))))........))))).))))))..))............... (-30.98 = -31.07 + 0.09)
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