Locus 3371

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 9,772,702 – 9,772,822
Length 120
Max. P 0.609577
window5337

overview

Window 7

Location 9,772,702 – 9,772,822
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 79.06
Mean single sequence MFE -48.27
Consensus MFE -27.52
Energy contribution -28.25
Covariance contribution 0.73
Combinations/Pair 1.36
Mean z-score -1.73
Structure conservation index 0.57
SVM decision value 0.15
SVM RNA-class probability 0.609577
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 9772702 120 - 22407834
AGGACAUCAGUCGCCAUGAGCGUUGGUUUUGGCUAGUGGUCGUGAUCCUGGCCAUCAUCACCUCCAUUGUGCUGGUGGUGGUGUCCUGGUACUGGAGCCAGGAAACGCCAACGGUCACAG
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>DroVir_CAF1 71790 120 - 1
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>DroGri_CAF1 74963 120 - 1
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>DroEre_CAF1 54170 120 - 1
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>DroYak_CAF1 56287 120 - 1
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>DroAna_CAF1 62358 120 - 1
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>consensus
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.((...(((((((....((((....))))))))))).........(((((((((((((((((...........))))))))))(((.......))))))))))....))........... (-27.52 = -28.25 +   0.73)

alignment

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secondary structure

Postscript

dotplot

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