Locus 3225

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	9,242,339 – 9,242,453
Length	114
Max. P	0.831901

overview

Window 3

Location	9,242,339 – 9,242,453
Length	114
Sequences	6
Columns	114
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	78.89
Mean single sequence MFE	-37.48
Consensus MFE	-22.62
Energy contribution	-24.10
Covariance contribution	1.48
Combinations/Pair	1.32
Mean z-score	-1.93
Structure conservation index	0.60
SVM decision value	0.72
SVM RNA-class probability	0.831901
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 9242339 114 + 22407834
AGAGCUAUCCAAAUUGCUGGACAGCGUAAUGGAGUAUUAUCCAGAUGAUACUCCCAUCGUGACAAAUGCCCCAUCCGAGGCCUCGGCAAUCAACGACAUUCAAAAAUCGCUGAU
.......((((......))))(((((....((((((((((....))))))))))..((((......((((((......))....))))....))))...........))))).. ( -31.20)
>DroVir_CAF1 116813 114 + 1
GGAGCUGUCCAAGCUGCUGGACAGCGUUAUGGACUAUUAUACGGAUGACACGCCCAUUGUGCCCGCAGCUCCCUCAGAGGCUUCAGCCAUCAGCGACAUACAAAAGUCGUUGAU
(((((((((((.((((.....))))....))))).......(((..(.((((.....)))))))).))))))......(((....)))(((((((((........))))))))) ( -41.20)
>DroPse_CAF1 87873 114 + 1
GGAGUUGUCCAAGCUGCUGGACAGCGUCAUGGAAUACUAUCCGGACGACGCCCCUAUUGUGGCAAACGCCCCCUCGGCGGCCUCCGCCAUCAGCGACAUACAGAAGUCGCUGAU
((.(((((((..((((.....)))).....(((......))))))))))(((.(....).)))........))..(((((...)))))(((((((((........))))))))) ( -47.80)
>DroGri_CAF1 121734 114 + 1
GGAGCUGUCGAAGCUGCUGGACAGCUUUAUGGAUUAUUAUCCGGAUGACACGCCCAUUGGAAGUGCGGCACCCUCAGAGGCUUCGGCCAUCAGCGAUAUACAGAAAUCGCUGAU
.(((.(((((((((((.....))))))).(((((....)))))...)))).((((((.....))).)))...)))...(((....)))(((((((((........))))))))) ( -44.30)
>DroWil_CAF1 131421 114 + 1
AGAGCUCUCCAAGCUGCUCGAUAGUGUAAUGGAAUACUAUCCCGAUGAUACACCAAUUGUAACGAAUGCUCCAUCAGAAGCCUCUGCCAUUAGCGAUAUACAGAAAUCCCUUAU
.((((..........))))((((((((......))))))))...............(((((...(.((((....((((....)))).....)))).).)))))........... ( -19.90)
>DroAna_CAF1 72165 114 + 1
GGAGUUGUCCAAGCUGUUGGACAGCGUAAUGGAGUAUUAUCCGGAUGACACGCCCAUCGUGACCAUCGCACCCUCAGCGGCCUCGGCCAUCAGUGAUAUUCAGAAGUCGCUGAU
((.(((((((((....)))))))))((..((((......))))((((.((((.....))))..))))))..)).....(((....)))(((((((((........))))))))) ( -40.50)
>consensus
GGAGCUGUCCAAGCUGCUGGACAGCGUAAUGGAAUAUUAUCCGGAUGACACGCCCAUUGUGACAAACGCACCCUCAGAGGCCUCGGCCAUCAGCGACAUACAGAAAUCGCUGAU
...((((((((......))))))))....((((......))))((((.......))))....................(((....)))(((((((((........))))))))) (-22.62 = -24.10 +   1.48)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	9,242,339 – 9,242,453
Length	114
Sequences	6
Columns	114
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	78.89
Mean single sequence MFE	-41.27
Consensus MFE	-22.07
Energy contribution	-23.55
Covariance contribution	1.48
Combinations/Pair	1.27
Mean z-score	-2.09
Structure conservation index	0.53
SVM decision value	0.52
SVM RNA-class probability	0.768746
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 9242339 114 - 22407834
AUCAGCGAUUUUUGAAUGUCGUUGAUUGCCGAGGCCUCGGAUGGGGCAUUUGUCACGAUGGGAGUAUCAUCUGGAUAAUACUCCAUUACGCUGUCCAGCAAUUUGGAUAGCUCU
(((((((((........)))))))))..((((....))))((((((...(((((..(((((.....)))))..)))))..))))))...(((((((((....)))))))))... ( -41.70)
>DroVir_CAF1 116813 114 - 1
AUCAACGACUUUUGUAUGUCGCUGAUGGCUGAAGCCUCUGAGGGAGCUGCGGGCACAAUGGGCGUGUCAUCCGUAUAAUAGUCCAUAACGCUGUCCAGCAGCUUGGACAGCUCC
((((.((((........)))).))))(((....)))......((((((((((((((.......))))...))))......(((((....((((.....)))).))))))))))) ( -41.40)
>DroPse_CAF1 87873 114 - 1
AUCAGCGACUUCUGUAUGUCGCUGAUGGCGGAGGCCGCCGAGGGGGCGUUUGCCACAAUAGGGGCGUCGUCCGGAUAGUAUUCCAUGACGCUGUCCAGCAGCUUGGACAACUCC
(((((((((........)))))))))((((((.(((.(....).))).))))))......((((((((((..(((......))))))))))(((((((....))))))).))). ( -55.00)
>DroGri_CAF1 121734 114 - 1
AUCAGCGAUUUCUGUAUAUCGCUGAUGGCCGAAGCCUCUGAGGGUGCCGCACUUCCAAUGGGCGUGUCAUCCGGAUAAUAAUCCAUAAAGCUGUCCAGCAGCUUCGACAGCUCC
(((((((((........)))))))))(((((((((..(((.(((((((((.((......))))).).)))))((((....))))...........)))..))))))...))).. ( -41.40)
>DroWil_CAF1 131421 114 - 1
AUAAGGGAUUUCUGUAUAUCGCUAAUGGCAGAGGCUUCUGAUGGAGCAUUCGUUACAAUUGGUGUAUCAUCGGGAUAGUAUUCCAUUACACUAUCGAGCAGCUUGGAGAGCUCU
...((((.(((((.......((.....))((..(((((((((((.((((..((....))..)))).)))))))((((((..........))))))))))..)).))))).)))) ( -29.00)
>DroAna_CAF1 72165 114 - 1
AUCAGCGACUUCUGAAUAUCACUGAUGGCCGAGGCCGCUGAGGGUGCGAUGGUCACGAUGGGCGUGUCAUCCGGAUAAUACUCCAUUACGCUGUCCAACAGCUUGGACAACUCC
.((((((.((((.(..((((...))))..))))).))))))(((((((((((.((((.....))))))))).(((......))).....))(((((((....))))))))))). ( -39.10)
>consensus
AUCAGCGACUUCUGUAUAUCGCUGAUGGCCGAGGCCUCUGAGGGAGCAUUGGUCACAAUGGGCGUGUCAUCCGGAUAAUACUCCAUUACGCUGUCCAGCAGCUUGGACAGCUCC
(((((((((........)))))))))(((....)))......(((((..........(((((..((((.....))))....))))).....(((((((....)))))))))))) (-22.07 = -23.55 +   1.48)

alignment

secondary structure

dotplot

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