Locus 3186

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	9,107,496 – 9,107,655
Length	159
Max. P	0.985366

overview

Window 1

Location	9,107,496 – 9,107,615
Length	119
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	89.46
Mean single sequence MFE	-34.60
Consensus MFE	-29.42
Energy contribution	-29.10
Covariance contribution	-0.32
Combinations/Pair	1.06
Mean z-score	-2.09
Structure conservation index	0.85
SVM decision value	1.98
SVM RNA-class probability	0.984509
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 9107496 119 - 22407834
AAUUUGGCACAGCGGUGAGAUGGCGAAGUAGUCUCUUCAUGGCCAGUCAUUAAUGCAGAUGGGUGGCCAUCAAAUCAGCUCAACUCGACACCAACAAACAACUGCGUGUACAAG-CCCAU
..((((((((.((((((((.((((((((......))))(((((((.(((((......))))).))))))).......)).)).)))(....)........))))))))).))))-..... ( -37.50)
>DroSec_CAF1 9669 107 - 1
AAUUUGGCACAGCGGUGAGAUGGCGAAGCAGACUCUUCAUGGCCAGUCAUUAAUGCAGAUGGGUGGCCAUCAAAUCUGCUCAACUCGACACCAACAAAC------------AAG-CCCAU
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>DroSim_CAF1 9740 119 - 1
AAUUUGGCACAGCGGUGAGAUGGCGAAGCAGACUCUUCAUGGCCAGUCAUUAAUGCAGAUGGGUGGCCAUCAAAUCAGCUCAACUCGACACCAACAAACAACUGUGUGUACAAG-UCCAU
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>DroEre_CAF1 9837 114 - 1
AAUUUGGCACAGCGGUGAGAUGGCGAAGCAGACUCUUCAUGGCCAGUCAUUAAUGCAGAUGGGUGGCCAUCAAAUCAGCUCAACUCGACACCAACAGGCAACUA------CACUUGCCAU
....(((((....((((((.((((((((......))))(((((((.(((((......))))).))))))).......)).)).)))...)))...((....)).------....))))). ( -37.40)
>DroYak_CAF1 14497 111 - 1
AAUUUGGCACAGCGGUGAGAUGGCGAAGCAGACUCUUCAUGGCCAGUCAUUAAUGCAGAUGGUUGGCCAUCAAAUCAGCUCAACUCGACACCAACAAACAACUA------GAA---GCAC
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>consensus
AAUUUGGCACAGCGGUGAGAUGGCGAAGCAGACUCUUCAUGGCCAGUCAUUAAUGCAGAUGGGUGGCCAUCAAAUCAGCUCAACUCGACACCAACAAACAACUA______CAAG_CCCAU
..((((((...))((((((.((((((((......))))(((((((.(((((......))))).))))))).......)).)).)))...)))..))))...................... (-29.42 = -29.10 +  -0.32)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	9,107,535 – 9,107,655
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	98.67
Mean single sequence MFE	-35.32
Consensus MFE	-33.42
Energy contribution	-33.62
Covariance contribution	0.20
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-1.67
Structure conservation index	0.95
SVM decision value	1.48
SVM RNA-class probability	0.957412
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 9107535 120 + 22407834
AGCUGAUUUGAUGGCCACCCAUCUGCAUUAAUGACUGGCCAUGAAGAGACUACUUCGCCAUCUCACCGCUGUGCCAAAUUAAAUGCAUAAUUACUUGGUAAUUGGAUUUGUGGCCGGCUC
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>DroSec_CAF1 9696 120 + 1
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(((((((((.(((((((..(((........)))..)))))))...))))))))).............((((.((((...(((((.((..(((((...))))))).))))))))))))).. ( -39.10)
>DroSim_CAF1 9779 120 + 1
AGCUGAUUUGAUGGCCACCCAUCUGCAUUAAUGACUGGCCAUGAAGAGUCUGCUUCGCCAUCUCACCGCUGUGCCAAAUUAAAUGCAUAAUUACUUGGUAAUUGGAUUUGUGGCCGGCUC
(((.(((((.(((((((..(((........)))..)))))))...))))).))).............((((.((((...(((((.((..(((((...))))))).))))))))))))).. ( -34.50)
>DroEre_CAF1 9871 120 + 1
AGCUGAUUUGAUGGCCACCCAUCUGCAUUAAUGACUGGCCAUGAAGAGUCUGCUUCGCCAUCUCACCGCUGUGCCAAAUUAAAUGCAUAAUUACUUGGUAAUUGGAUUUGUGGCCGGCUC
(((.(((((.(((((((..(((........)))..)))))))...))))).))).............((((.((((...(((((.((..(((((...))))))).))))))))))))).. ( -34.50)
>DroYak_CAF1 14528 120 + 1
AGCUGAUUUGAUGGCCAACCAUCUGCAUUAAUGACUGGCCAUGAAGAGUCUGCUUCGCCAUCUCACCGCUGUGCCAAAUUAAAUGCAUAAUUACUUGGUAAUUGGAUUUGUGGCCGGCUC
(((.(((((.(((((((..(((........)))..)))))))...))))).))).............((((.((((...(((((.((..(((((...))))))).))))))))))))).. ( -34.30)
>consensus
AGCUGAUUUGAUGGCCACCCAUCUGCAUUAAUGACUGGCCAUGAAGAGUCUGCUUCGCCAUCUCACCGCUGUGCCAAAUUAAAUGCAUAAUUACUUGGUAAUUGGAUUUGUGGCCGGCUC
(((((.....(((((((..(((........)))..)))))))((((......))))(((((....(((...((((((((((......))))...))))))..)))....)))))))))). (-33.42 = -33.62 +   0.20)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	9,107,535 – 9,107,655
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	98.67
Mean single sequence MFE	-35.92
Consensus MFE	-34.58
Energy contribution	-34.78
Covariance contribution	0.20
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-1.80
Structure conservation index	0.96
SVM decision value	2.00
SVM RNA-class probability	0.985366
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 9107535 120 - 22407834
GAGCCGGCCACAAAUCCAAUUACCAAGUAAUUAUGCAUUUAAUUUGGCACAGCGGUGAGAUGGCGAAGUAGUCUCUUCAUGGCCAGUCAUUAAUGCAGAUGGGUGGCCAUCAAAUCAGCU
.....((((((..(((.((((((...)))))).((((((.....((((...((.(((((..(((......)))..))))).))..))))..)))))))))..))))))............ ( -38.40)
>DroSec_CAF1 9696 120 - 1
GAGCCGGCCACAAAUCCAAUUACCAAGUAAUUAUGCAUUUAAUUUGGCACAGCGGUGAGAUGGCGAAGCAGACUCUUCAUGGCCAGUCAUUAAUGCAGAUGGGUGGCCAUCAAAUCUGCU
.....((((((..(((.((((((...)))))).((((((....(((((.((..((.(((...((...))...))).)).))))))).....)))))))))..))))))............ ( -36.00)
>DroSim_CAF1 9779 120 - 1
GAGCCGGCCACAAAUCCAAUUACCAAGUAAUUAUGCAUUUAAUUUGGCACAGCGGUGAGAUGGCGAAGCAGACUCUUCAUGGCCAGUCAUUAAUGCAGAUGGGUGGCCAUCAAAUCAGCU
.....((((((..(((.((((((...)))))).((((((....(((((.((..((.(((...((...))...))).)).))))))).....)))))))))..))))))............ ( -36.00)
>DroEre_CAF1 9871 120 - 1
GAGCCGGCCACAAAUCCAAUUACCAAGUAAUUAUGCAUUUAAUUUGGCACAGCGGUGAGAUGGCGAAGCAGACUCUUCAUGGCCAGUCAUUAAUGCAGAUGGGUGGCCAUCAAAUCAGCU
.....((((((..(((.((((((...)))))).((((((....(((((.((..((.(((...((...))...))).)).))))))).....)))))))))..))))))............ ( -36.00)
>DroYak_CAF1 14528 120 - 1
GAGCCGGCCACAAAUCCAAUUACCAAGUAAUUAUGCAUUUAAUUUGGCACAGCGGUGAGAUGGCGAAGCAGACUCUUCAUGGCCAGUCAUUAAUGCAGAUGGUUGGCCAUCAAAUCAGCU
(.(((((((((......((((((...)))))).((((((....(((((.((..((.(((...((...))...))).)).))))))).....))))))).)))))))))............ ( -33.20)
>consensus
GAGCCGGCCACAAAUCCAAUUACCAAGUAAUUAUGCAUUUAAUUUGGCACAGCGGUGAGAUGGCGAAGCAGACUCUUCAUGGCCAGUCAUUAAUGCAGAUGGGUGGCCAUCAAAUCAGCU
.....((((((..(((.((((((...)))))).((((((....(((((.((((.((...)).))((((......)))).))))))).....)))))))))..))))))............ (-34.58 = -34.78 +   0.20)

alignment

secondary structure

dotplot

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