Locus 3102

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 8,819,327 – 8,819,419
Length 92
Max. P 0.598177
window4936

overview

Window 6

Location 8,819,327 – 8,819,419
Length 92
Sequences 6
Columns 107
Reading direction forward
Mean pairwise identity 90.65
Mean single sequence MFE -34.01
Consensus MFE -29.27
Energy contribution -29.66
Covariance contribution 0.39
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -1.52
Structure conservation index 0.86
SVM decision value 0.13
SVM RNA-class probability 0.598177
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 8819327 92 + 22407834
UGUCCAGUUCGGUGUCCAGAG-----GAG-------AGCAGCAAAAACUUGCUGUGACACUUGUUAGACGGGCUGACAGCUGCUGGACUUUGGCCAGGA---GCCGG
((((.((((((.......(((-----...-------.(((((((....)))))))....)))......))))))))))(((.((((.(....))))).)---))... ( -33.92)
>DroSec_CAF1 27530 92 + 1
UGUCCAGUUCGGUGUCCAGAG-----GAG-------AGCAGCAAAAACUUGCUGUGACACUUGUUAGACGGGCUGACAGCUGCUGGACUUUGGCCAGAA---GCCGG
.(((((((.(((((((.....-----...-------.(((((((....)))))))))))))((((((.....)))))))..)))))))..((((.....---)))). ( -33.50)
>DroSim_CAF1 27287 92 + 1
UGUCCAGUUCGGUGUCCAGAG-----GAG-------AGCAGCAAAAACUUGCUGUGACACUUGUUAGACGGGCUGACAGCUGCUGGACUUUGGCCAGGA---GCCGG
((((.((((((.......(((-----...-------.(((((((....)))))))....)))......))))))))))(((.((((.(....))))).)---))... ( -33.92)
>DroEre_CAF1 32033 92 + 1
UGUCCAGUUCGGUGUCCAGAG-----GAG-------AGCAGCAAAAACUUGCUGUGACACUUGUUAGACGGGCUGACAGCUGCUGGACUUUGGCCAGGA---GCCGG
((((.((((((.......(((-----...-------.(((((((....)))))))....)))......))))))))))(((.((((.(....))))).)---))... ( -33.92)
>DroYak_CAF1 30071 92 + 1
UGUCCAGUUCGGUGUCCAGAG-----GAG-------AGCAACAAAAACUUGCUGUGACACUUGUUAGACGGGCUGACAGCUGCUGGACUUUGGCCAGGA---GCCGG
.(((((((.((((((((((..-----(((-------...........))).))).))))))((((((.....)))))))..)))))))..((((.....---)))). ( -30.80)
>DroAna_CAF1 29622 106 + 1
UGUCCAGUUCGGUGUCCAGACCUACAGAGGGUACAGUACAAC-AAAACUUGCUGUGACACUUGUUAGACGGUCUGACAGCUGCUGGACAUUGGCCAAAAGGGGACAG
(((((...(((((((((((.(((....))).(((((((....-......))))))).((.(((((((.....))))))).)))))))))))))((....))))))). ( -38.00)
>consensus
UGUCCAGUUCGGUGUCCAGAG_____GAG_______AGCAGCAAAAACUUGCUGUGACACUUGUUAGACGGGCUGACAGCUGCUGGACUUUGGCCAGGA___GCCGG
.(((((((.(((((((.....................(((((((....)))))))))))))((((((.....)))))))..)))))))..((((........)))). (-29.27 = -29.66 +   0.39)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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