Locus 3005

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 8,575,422 – 8,575,529
Length 107
Max. P 0.624928
window4782

overview

Window 2

Location 8,575,422 – 8,575,529
Length 107
Sequences 5
Columns 107
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 96.36
Mean single sequence MFE -29.00
Consensus MFE -26.18
Energy contribution -26.86
Covariance contribution 0.68
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -1.23
Structure conservation index 0.90
SVM decision value 0.19
SVM RNA-class probability 0.624928
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 8575422 107 - 22407834
GUCGGUGCAGUGUCGUUGCCAUCUCAUAAAAGAUGCACAUUGUAUCUCAUAGUAUGCAGAGUAUCUACGGCAUUCAACUCCUACCGCUGGCUCCCAGUGCAGUUCAC
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>DroSec_CAF1 11065 107 - 1
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>DroSim_CAF1 16389 107 - 1
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>DroEre_CAF1 11438 107 - 1
GUCGGUGCUGUGUCGUUGCCAUCUCAUAAAAGAUGCACAUUGUAUCUCAUAGUAUGCAGAGUAUCUACGGCAUUCAACUCCAUCCUCUGGCUAACAGUGCAGUUCAC
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>DroYak_CAF1 12201 107 - 1
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>consensus
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alignment

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secondary structure

Postscript

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