| Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 8,553,701 – 8,553,810 |
| Length | 109 |
| Max. P | 0.846560 |
| Location | 8,553,701 – 8,553,810 |
|---|---|
| Length | 109 |
| Sequences | 5 |
| Columns | 119 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 87.49 |
| Mean single sequence MFE | -29.30 |
| Consensus MFE | -24.34 |
| Energy contribution | -24.46 |
| Covariance contribution | 0.12 |
| Combinations/Pair | 1.12 |
| Mean z-score | -1.73 |
| Structure conservation index | 0.83 |
| SVM decision value | 0.77 |
| SVM RNA-class probability | 0.846560 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 8553701 109 + 22407834 UGGGGUCUGCAAUAUACUAAAUAUACAAUA--GAGUGUAUGCAUAUUGGGUCGUGU--GUGCGACCACCAGCCGCAUUUCCGCUCAGAUAC------CAUAUCCCCCUUAUCUUCCACC .((((.........................--(((((.((((......((((((..--..)))))).......))))...))))).((((.------..))))))))............ ( -26.92) >DroSec_CAF1 63326 111 + 1 UGGGGUCUGCAAUAUACUAAAUAUACAAUAUAUAGUGUAUGCAUAAUGUGUCGUGU--GUGCGACCACCAGCCGCAUUUCCGCUGAGAUAC------CAUAUCCCCCUUAUCUUCCAAC .((((..((((.(((((((.((((...)))).)))))))))))....((((((((.--(((((.........)))))...)))...)))))------......))))............ ( -27.60) >DroSim_CAF1 64246 111 + 1 UGGGGUCUGCAAUAUACUAAAUAUACAAUAUAUAGUGUAUGCAUAUUGGGUCGUGU--GUGCGACCACCAGCCGCAUUUCCGCUGAGAUAC------CAUAUCCCCCUUAUCUUCCACC .((((..((((.(((((((.((((...)))).)))))))))))((((.((((((..--..))))))..((((.........)))).)))).------......))))............ ( -30.40) >DroEre_CAF1 64956 114 + 1 UGGGGUCUGCAAUAUACUAAAUAUACAAUA--UAGUGUAUGCAUAUUGGGUCGUGUGUGUGCGGCCACCAGUCGCAUUUCCGCUGAGAUAUCCCCACCCUAUCCCCCUUAUCUGCC--- .((((..((((.(((((((.((.....)).--)))))))))))...((((((..(((.(((((((.....)))))))...)))...))....)))).......)))).........--- ( -32.70) >DroYak_CAF1 64507 112 + 1 UGGGGUCUGCAAUAUACUAAAUAUACAACA--UAGUGUAUGCAUAUUGGGUCGUGU--GUGCGACCACCAGCCGCAUUUCCGCUGAGAUACUGAGAUAUUCCCUCCAUUAUCUUCC--- ((.((.(((((((((.....((((((....--..))))))..))))))((((((..--..))))))..))))).))........((((((..(((.......)))...))))))..--- ( -28.90) >consensus UGGGGUCUGCAAUAUACUAAAUAUACAAUA__UAGUGUAUGCAUAUUGGGUCGUGU__GUGCGACCACCAGCCGCAUUUCCGCUGAGAUAC______CAUAUCCCCCUUAUCUUCCA_C .((((..((((.(((((((.............))))))))))).....((((((......))))))..((((.(.....).)))).................))))............. (-24.34 = -24.46 + 0.12)
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