Locus 2991

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 8,546,759 – 8,546,869
Length 110
Max. P 0.944770
window4755

overview

Window 5

Location 8,546,759 – 8,546,869
Length 110
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 92.84
Mean single sequence MFE -24.92
Consensus MFE -21.98
Energy contribution -22.78
Covariance contribution 0.81
Combinations/Pair 1.05
Mean z-score -1.91
Structure conservation index 0.88
SVM decision value 1.35
SVM RNA-class probability 0.944770
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 8546759 110 - 22407834
--------CAUAU--GUGUAUCUUGAACGCGUUUCGUUGUAUCUACUUAAGGCAGCUUAAAUAUUUGUGUAACAUAAUACAAAACAUACGGGCUUCUUUGGUUAUACUUAGAUACAUAGA
--------....(--((((((((..((((.....))))((((..(((.((((.(((((.....(((((((......)))))))......))))))))).))).))))..))))))))).. ( -25.20)
>DroSec_CAF1 56252 112 - 1
--------CAUAUUUGUGUAUCUUUAACGCGUUUCGUUGUAUCUACUUAAGGCAGCUUAAAUAUUUGUGUAACAUAAUACAAAACAUACGGGCUUCUUUGGUUAUACUUAGAUACAUAGA
--------....(((((((((((..((((.....))))((((..(((.((((.(((((.....(((((((......)))))))......))))))))).))).))))..))))))))))) ( -26.10)
>DroSim_CAF1 55976 112 - 1
--------CAUAUUUGUGUAUCUUGAACGCGUUUCGUUGUAUCUACUUAAGGCAGCUUAAAUAUUUGUGUAACAUAAUACAAAACAUACGGGCUUCUUUGGUUAUACUUAGAUACAUAGA
--------....(((((((((((..((((.....))))((((..(((.((((.(((((.....(((((((......)))))))......))))))))).))).))))..))))))))))) ( -26.30)
>DroEre_CAF1 57753 112 - 1
--------CAUAUUUGUGUAUCUUGAACGCGUUUCGUUGUAUCUACUUAAGGCAGCUUAAAUAUUUGUGUAACACAAUACAAAACAUACGGGCUUCUUUGGUUAUACUUAGAUACAUAGA
--------....(((((((((((..((((.....))))((((..(((.((((.(((((.....(((((((......)))))))......))))))))).))).))))..))))))))))) ( -26.30)
>DroWil_CAF1 39673 120 - 1
UCUCCGUUUCUAUUUGUAUAUCUUAAACGCGUUUCGCUGUAUCUACUUAAGACAGCUUAAAUAUUUGUGUAACAUAAUACAAAACAUACGGGCUUCUUUGGUUAUACUUAGAUGCAUAGC
.....((.((((...(((((........(((...))).......(((.((((.(((((.....(((((((......)))))))......))))))))).)))))))).)))).))..... ( -21.90)
>DroAna_CAF1 41135 111 - 1
--------UAUAU-UGUGUAUCUUAAACGCGUUUCGUUGUAUCUACUUAAGACAGCUUAAAUAUUUGUGUAACAUAAUACAAAACAUACGGGCUUCUUUGGAUAUACUUAGAUACAUUGC
--------.....-.((((((((..((((.....))))(((((((...((((.(((((.....(((((((......)))))))......))))))))))))))))....))))))))... ( -23.70)
>consensus
________CAUAUUUGUGUAUCUUGAACGCGUUUCGUUGUAUCUACUUAAGGCAGCUUAAAUAUUUGUGUAACAUAAUACAAAACAUACGGGCUUCUUUGGUUAUACUUAGAUACAUAGA
.............((((((((((..((((.....))))((((..(((.((((.(((((.....(((((((......)))))))......))))))))).))).))))..)))))))))). (-21.98 = -22.78 +   0.81)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:41:32 2006