| Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 817,461 – 817,563 |
| Length | 102 |
| Max. P | 0.689497 |
| Location | 817,461 – 817,563 |
|---|---|
| Length | 102 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 104 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 79.48 |
| Mean single sequence MFE | -39.28 |
| Consensus MFE | -20.84 |
| Energy contribution | -21.48 |
| Covariance contribution | 0.65 |
| Combinations/Pair | 1.35 |
| Mean z-score | -2.07 |
| Structure conservation index | 0.53 |
| SVM decision value | 0.33 |
| SVM RNA-class probability | 0.689497 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 817461 102 - 22407834 GCCGGUCCGAGGUUUCGGCUGCCUGAUGGCCAUCAUUAU--GGCUGUCAGUAGUUCCAGCGUACUGCUAUGGGGCACCUUCCCCCAAGAGGAUGGCGACUCAUU ((((.(((..((....((((((.((((((((((....))--))))))))))))))))(((.....))).(((((.......)))))...)))))))........ ( -38.90) >DroSec_CAF1 4003 102 - 1 GCCGGUCCGCAGUGUCGGCUGCCUGAUGGCCAUCAUUAU--GGCUGUCAGUAGUUCCAGCGUACUGCUAUGGGGCACCUUUCCCCAAGAGGAUGGCGACUCAUU ((((.(((((((((.(((((((.((((((((((....))--))))))))))))).....))))))))..(((((.......)))))...)))))))........ ( -44.90) >DroSim_CAF1 4005 102 - 1 GCCUGUCCGCAGUGUCGGCUGCCUGAUGGCCAUCAUUAU--GGCUGUCAGUAGUUCCAGCGUACUGCUAUGGGGCACCUUUCCCCAAGAGGAUGGCGACUCAUU (((.((((((((((.(((((((.((((((((((....))--))))))))))))).....))))))))..(((((.......)))))...)))))))........ ( -44.90) >DroEre_CAF1 4006 102 - 1 GGCGGUGCGGAGUUUCGGCUGCCUGAUGGCCAUCUUUAU--GGCUGUCAGUAGUUCCAGUAUGCUGCUAUGGGGCACCUUUGCCCAAGCAGAUGGUGACUCAUU ((((((.(((....)))))))))((((((((((....))--))))))))(.(((((((.....(((((...(((((....))))).))))).))).)))))... ( -43.40) >DroYak_CAF1 4006 102 - 1 GCCGGUGCGUAGUUUCGGUUGCCUGAUGGCCAUCGUUAU--GGCUGUCAGUAGUUUCAGUAUGCUGCUAUGGGGCAACUUUGCCCAAGAGGAUGGCGACUCAUU ((((.((.((((....(((((((((((((((((....))--)))))))((((((........))))))...)))))))))))).))......))))........ ( -36.60) >DroPer_CAF1 4072 102 - 1 CCAGGUGCGCUCCUUUGGCUACCUAGUGGCUCUGUUCAUCUUCCUGAUGGUAAUA--ACCAUCUUGCUGUGGGGCAUCUAUCCGAACAUCGAUGGCGAUUCGAC ..((((((.(..(...((((((...))))))..............((((((....--)))))).....)..).))))))...(((..((((....))))))).. ( -27.00) >consensus GCCGGUCCGCAGUUUCGGCUGCCUGAUGGCCAUCAUUAU__GGCUGUCAGUAGUUCCAGCAUACUGCUAUGGGGCACCUUUCCCCAAGAGGAUGGCGACUCAUU (((((.........)))))....((((.((((((..............((((((........)))))).(((((.......)))))....)))))).).))).. (-20.84 = -21.48 + 0.65)
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