Locus 286

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 815,556 – 815,692
Length 136
Max. P 0.940521
window454 window455 window456 window457

overview

Window 4

Location 815,556 – 815,668
Length 112
Sequences 6
Columns 112
Reading direction forward
Mean pairwise identity 79.64
Mean single sequence MFE -46.40
Consensus MFE -27.81
Energy contribution -27.23
Covariance contribution -0.58
Combinations/Pair 1.35
Mean z-score -1.72
Structure conservation index 0.60
SVM decision value 0.26
SVM RNA-class probability 0.659018
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 815556 112 + 22407834
GAGGCGUCAAACAGAUUGUAGUUACCCAGACUAGAUGUUGGCGUGGUGGGCGUUGUCACCAUGUUUAGGUGAGUGGGCGUGGCCGGCAGGCUGCCCACUGCAACGCCCCCGC
...(((((((.((...(.(((((.....))))).))))))))))((.(((((((((((((.......))))(((((((..((((....)))))))))))))))))))))).. ( -54.30)
>DroVir_CAF1 2268 112 + 1
GAAGCGUCAAAGAGAUUAUAAUUGCUCAAACUGGUCGUUGGCGUUGUGGGCGUUGUGGCCAUGUUUACAUGCGUGGGCGUGGCUGGCAAGCUGCCCAUGGGCACGCCAACAU
((.(((................))))).........((((((((((((((((((((((((((((((((....)))))))))))).))))..))))))))...)))))))).. ( -44.09)
>DroEre_CAF1 2103 112 + 1
GAGGCGUCAAAGAGAUUGUAGUUACCCAGACUGGAAGUUGGCGUGGUGGGCGUUGUCACCAUGUUUAGGUGGGUGGGCGUGGCCGGCAGGCUGCCCACCGCAACGCCCCCGC
...(((((((.....((.(((((.....))))).)).)))))))((.(((((((((((((.......))))(((((((..((((....)))))))))))))))))))))).. ( -58.00)
>DroYak_CAF1 2101 112 + 1
GAGGCGUCGAACAGAUUGUAGUUACCGAGACUGGAUGUUGGCGUGGUGGGCGUUGUCACCAUGUUUAGGUGGGUGGGCGUGGCCGGCAGACUGCCCACUGCAACGCCCCCGC
...(((((.((((...(.(((((.....))))).))))))))))((.(((((((((((((.......))))(((((((((.(....)..)).)))))))))))))))))).. ( -48.10)
>DroMoj_CAF1 2192 112 + 1
GAUGCAUCAAAUAGAUUAUAGUUGCUUAAUGUGGUAGUUGGUGUCGUGGGCGUUGUGACCAUGUUAACAUGAGUGGGCGUGGCUGGUAAACUGGUCAUUGGUACACCAACAU
......................((((......))))(((((((((....((((..(.((((((....)))).)).)))))(((..(....)..)))....).)))))))).. ( -28.20)
>DroAna_CAF1 2162 112 + 1
GAGGCAUCGAACAUGUUGUAGUUUCCGAAACUCGAGGUGGGCGUCGUGGGUGUUGUGACCAUGUUGAGGUGCGACGGCGUAGCCGGCAGGCUGCCCACUGCCACGCCCCCGC
(((...((((((........)))..)))..)))..((.((((((.(..(..(((((.(((.......))))))))((.((((((....)))))))).)..).)))))))).. ( -45.70)
>consensus
GAGGCGUCAAACAGAUUGUAGUUACCCAAACUGGAAGUUGGCGUGGUGGGCGUUGUCACCAUGUUUAGGUGAGUGGGCGUGGCCGGCAGGCUGCCCACUGCAACGCCCCCGC
.......................................(((((((((((((((((..(((((((((......)))))))))...))))..))))))))...)))))..... (-27.81 = -27.23 +  -0.58)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 5

Location 815,556 – 815,668
Length 112
Sequences 6
Columns 112
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 79.64
Mean single sequence MFE -37.20
Consensus MFE -20.86
Energy contribution -21.62
Covariance contribution 0.76
Combinations/Pair 1.33
Mean z-score -1.86
Structure conservation index 0.56
SVM decision value 0.18
SVM RNA-class probability 0.622737
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 815556 112 - 22407834
GCGGGGGCGUUGCAGUGGGCAGCCUGCCGGCCACGCCCACUCACCUAAACAUGGUGACAACGCCCACCACGCCAACAUCUAGUCUGGGUAACUACAAUCUGUUUGACGCCUC
((((((((((((..((((((.(((....)))...))))))(((((.......))))))))))))).)).......((..(((..((........))..)))..))..))... ( -45.30)
>DroVir_CAF1 2268 112 - 1
AUGUUGGCGUGCCCAUGGGCAGCUUGCCAGCCACGCCCACGCAUGUAAACAUGGCCACAACGCCCACAACGCCAACGACCAGUUUGAGCAAUUAUAAUCUCUUUGACGCUUC
.(((((((((.....(((((.(.(((...(((..((....))(((....))))))..)))))))))..)))))))))....(((.(((..........)))...)))..... ( -30.70)
>DroEre_CAF1 2103 112 - 1
GCGGGGGCGUUGCGGUGGGCAGCCUGCCGGCCACGCCCACCCACCUAAACAUGGUGACAACGCCCACCACGCCAACUUCCAGUCUGGGUAACUACAAUCUCUUUGACGCCUC
((((((((((((.(((((((.(((....)))...)))))))((((.......)))).)))))))).)).............(((.(((..........)))...)))))... ( -47.70)
>DroYak_CAF1 2101 112 - 1
GCGGGGGCGUUGCAGUGGGCAGUCUGCCGGCCACGCCCACCCACCUAAACAUGGUGACAACGCCCACCACGCCAACAUCCAGUCUCGGUAACUACAAUCUGUUCGACGCCUC
((((((((((((..((((((.(((....)))...)))))).((((.......)))).)))))))).)).............(((.(((..........)))...)))))... ( -40.80)
>DroMoj_CAF1 2192 112 - 1
AUGUUGGUGUACCAAUGACCAGUUUACCAGCCACGCCCACUCAUGUUAACAUGGUCACAACGCCCACGACACCAACUACCACAUUAAGCAACUAUAAUCUAUUUGAUGCAUC
..((((((((.....(((((((((.((.................)).))).))))))...((....))))))))))...........(((.(............).)))... ( -21.23)
>DroAna_CAF1 2162 112 - 1
GCGGGGGCGUGGCAGUGGGCAGCCUGCCGGCUACGCCGUCGCACCUCAACAUGGUCACAACACCCACGACGCCCACCUCGAGUUUCGGAAACUACAACAUGUUCGAUGCCUC
((((.((((((((....(((.....))).)))))))).))))...(((((((((((...........)))................(....).....)))))).))...... ( -37.50)
>consensus
GCGGGGGCGUUGCAGUGGGCAGCCUGCCGGCCACGCCCACCCACCUAAACAUGGUCACAACGCCCACCACGCCAACAUCCAGUCUGGGUAACUACAAUCUGUUUGACGCCUC
(((.((((((...(((((((.(((....)))...)))))))..........((....))))))))....)))........................................ (-20.86 = -21.62 +   0.76)

alignment

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secondary structure

Postscript

dotplot

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Window 6

Location 815,593 – 815,692
Length 99
Sequences 6
Columns 99
Reading direction forward
Mean pairwise identity 85.32
Mean single sequence MFE -50.18
Consensus MFE -38.79
Energy contribution -40.35
Covariance contribution 1.56
Combinations/Pair 1.18
Mean z-score -2.82
Structure conservation index 0.77
SVM decision value 0.71
SVM RNA-class probability 0.829372
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 815593 99 + 22407834
UUGGCGUGGUGGGCGUUGUCACCAUGUUUAGGUGAGUGGGCGUGGCCGGCAGGCUGCCCACUGCAACGCCCCCGCUCACUGCGGAUGCGAUGGAGGAUG
...((((...(((((((((((((.......))))(((((((..((((....))))))))))))))))))))((((.....))))))))........... ( -50.40)
>DroSec_CAF1 2138 99 + 1
UUGGCGUGGUGGGCGUUGUCACCAUGUUUAGGUGAGUGGGCGUGGCCGGCAGGCUGCCCACUGCAAUGCCCCCGCUCACUGCGGAUGCGGUGGAGGAUG
.....((((.(((((((((((((.......))))(((((((..((((....))))))))))))))))))))))))(((((((....)))))))...... ( -53.80)
>DroSim_CAF1 2138 99 + 1
UUGGCGUGGUGGGCGUUGUCACCAUGUUUAGGUGAGUGGGCGUGGCCGGCAGGCUGCCCACUGCAAUGCCCCCGCUCACUGCGGAUGCGGUGGAGGAUG
.....((((.(((((((((((((.......))))(((((((..((((....))))))))))))))))))))))))(((((((....)))))))...... ( -53.80)
>DroEre_CAF1 2140 99 + 1
UUGGCGUGGUGGGCGUUGUCACCAUGUUUAGGUGGGUGGGCGUGGCCGGCAGGCUGCCCACCGCAACGCCCCCGCUCACUGCGGAUGCGGAAGAGGAUG
.(((.((((.(((((((((((((.......))))(((((((..((((....)))))))))))))))))))))))))))((((....))))......... ( -54.20)
>DroYak_CAF1 2138 99 + 1
UUGGCGUGGUGGGCGUUGUCACCAUGUUUAGGUGGGUGGGCGUGGCCGGCAGACUGCCCACUGCAACGCCCCCGCUGACUACGGAAACGGAGGAGGAUG
.....((((.(((((((((((((.......))))(((((((((.(....)..)).))))))))))))))))))))...((.((....)).))....... ( -46.10)
>DroPer_CAF1 2203 92 + 1
UCGGUGUUGUGGGUGUCGUUACCAAAUGUACAUGGGUGGGCGUGGCGGGCAGACUGCCCACCCCCACUCCUACGCCCACAGCCGAUCCCGGG-------
(((((..(((((((((((((....)))).....(((((((.(((((((.....))).)))).)))))))..)))))))))))))).......------- ( -42.80)
>consensus
UUGGCGUGGUGGGCGUUGUCACCAUGUUUAGGUGAGUGGGCGUGGCCGGCAGGCUGCCCACUGCAACGCCCCCGCUCACUGCGGAUGCGGUGGAGGAUG
..((.((((.(((((((((((((.......))))(((((((..((((....)))))))))))))))))))))))))).((((....))))......... (-38.79 = -40.35 +   1.56)

alignment

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Window 7

Location 815,593 – 815,692
Length 99
Sequences 6
Columns 99
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 85.32
Mean single sequence MFE -42.23
Consensus MFE -34.38
Energy contribution -35.43
Covariance contribution 1.06
Combinations/Pair 1.18
Mean z-score -3.10
Structure conservation index 0.81
SVM decision value 1.29
SVM RNA-class probability 0.940521
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 815593 99 - 22407834
CAUCCUCCAUCGCAUCCGCAGUGAGCGGGGGCGUUGCAGUGGGCAGCCUGCCGGCCACGCCCACUCACCUAAACAUGGUGACAACGCCCACCACGCCAA
...........((..((((.....))))((((((((..((((((.(((....)))...))))))(((((.......))))))))))))).....))... ( -45.60)
>DroSec_CAF1 2138 99 - 1
CAUCCUCCACCGCAUCCGCAGUGAGCGGGGGCAUUGCAGUGGGCAGCCUGCCGGCCACGCCCACUCACCUAAACAUGGUGACAACGCCCACCACGCCAA
.......(((.((....)).))).(((.((((.(((..((((((.(((....)))...))))))(((((.......)))))))).))))....)))... ( -40.20)
>DroSim_CAF1 2138 99 - 1
CAUCCUCCACCGCAUCCGCAGUGAGCGGGGGCAUUGCAGUGGGCAGCCUGCCGGCCACGCCCACUCACCUAAACAUGGUGACAACGCCCACCACGCCAA
.......(((.((....)).))).(((.((((.(((..((((((.(((....)))...))))))(((((.......)))))))).))))....)))... ( -40.20)
>DroEre_CAF1 2140 99 - 1
CAUCCUCUUCCGCAUCCGCAGUGAGCGGGGGCGUUGCGGUGGGCAGCCUGCCGGCCACGCCCACCCACCUAAACAUGGUGACAACGCCCACCACGCCAA
...........((..((((.....))))((((((((.(((((((.(((....)))...)))))))((((.......)))).)))))))).....))... ( -47.50)
>DroYak_CAF1 2138 99 - 1
CAUCCUCCUCCGUUUCCGUAGUCAGCGGGGGCGUUGCAGUGGGCAGUCUGCCGGCCACGCCCACCCACCUAAACAUGGUGACAACGCCCACCACGCCAA
..........(((..((((.....))))((((((((..((((((.(((....)))...)))))).((((.......)))).))))))))...))).... ( -38.20)
>DroPer_CAF1 2203 92 - 1
-------CCCGGGAUCGGCUGUGGGCGUAGGAGUGGGGGUGGGCAGUCUGCCCGCCACGCCCACCCAUGUACAUUUGGUAACGACACCCACAACACCGA
-------.......((((.((((((.((.((.((((((((((((.....)))))))...)))))))...(((.....)))...)).))))))...)))) ( -41.70)
>consensus
CAUCCUCCACCGCAUCCGCAGUGAGCGGGGGCGUUGCAGUGGGCAGCCUGCCGGCCACGCCCACCCACCUAAACAUGGUGACAACGCCCACCACGCCAA
...........((..((((.....))))((((((((.(((((((.(((....)))...)))))))((((.......)))).)))))))).....))... (-34.38 = -35.43 +   1.06)

alignment

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