| Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 8,052,515 – 8,052,635 |
| Length | 120 |
| Max. P | 0.981927 |
| Location | 8,052,515 – 8,052,635 |
|---|---|
| Length | 120 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 89.22 |
| Mean single sequence MFE | -45.32 |
| Consensus MFE | -39.32 |
| Energy contribution | -39.63 |
| Covariance contribution | 0.31 |
| Combinations/Pair | 1.22 |
| Mean z-score | -2.68 |
| Structure conservation index | 0.87 |
| SVM decision value | 1.90 |
| SVM RNA-class probability | 0.981927 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 8052515 120 + 22407834 AUCUGUUUGUGUUCUUCUCAGUGUUCUUCUCCUGCUUUUUCCUCUUCCUCGCCGUCUGCGUGAUCGUGUGGAAGGUGAAGCAGGCAGCGGAUCUGAGACGAGCUAGAAGACAGCAUGUGG ..((((((..((((.((((((...(((.((((((((((....((((((.(((.(((.....))).))).)))))).)))))))).)).))).)))))).))))....))))))....... ( -49.20) >DroPse_CAF1 54346 120 + 1 AUCUGUUUGUGUUCUUCUCGGUGUUCUUCUCCUGCUUUUUCCUCUUCCUGGCUGUCUGUGUGAUUGUCUGGAAGGUGAAGCAGACGGCGGACCUGAGACGGGCCAGACGACAGCAUGUUG ....(((((.((((.((((((.((((.((..(((((((....((((((.(((.(((.....))).))).)))))).)))))))..)).)))))))))).)))))))))(((.....))). ( -46.00) >DroWil_CAF1 9381 120 + 1 AUCUCUUUGUCUUCUUUUCGGUGUUCUUUUCCUGCUUUUUCCUCUUCCUGGCCGUUUGUGUUAUCGUGUGGAAGGUUAAGCAGGCAGCUGAUUUGAGACGAGCUCGACGUCAACAUGUCG .....((((((((....(((((........(((((((.....((((((..((.((.......)).))..))))))..)))))))..)))))...))))))))..((((((....)))))) ( -31.60) >DroYak_CAF1 9430 120 + 1 ACCUGUUUGUGUUCUUCUCAGUGUUCUUCUCCUGCUUUUUCCUCUUCCUCGCCGUCUGCGUGAUUGUGUGGAAGGUGAAGCAGGCAGCGGAUCUGAGACGAGCUAGAAGACAGCAUGUGG ..((((((..((((.((((((...(((.((((((((((....((((((.(((.(((.....))).))).)))))).)))))))).)).))).)))))).))))....))))))....... ( -49.40) >DroAna_CAF1 10720 120 + 1 ACUUGUUCGUGUUCUUCUCGGUGUUCUUCUCCUGCUUUUUCCUCUUCCUCGCCGUCUGUGUGAUCGUGUGGAAGGUGAAGCAGGCGGCGGACCUGAGACGAGCCAGACGGCAGCAUGUGG .......(((((((.((((((.((((.((.((((((((....((((((.(((.(((.....))).))).)))))).)))))))).)).)))))))))).))(((....))).)))))... ( -49.70) >DroPer_CAF1 75050 120 + 1 AUCUGUUUGUGUUCUUCUCGGUGUUCUUCUCCUGCUUUUUCCUCUUCCUGGCUGUCUGUGUGAUUGUCUGGAAGGUGAAGCAGACGGCGGACCUGAGACGGGCCAGACGACAGCAUGUUG ....(((((.((((.((((((.((((.((..(((((((....((((((.(((.(((.....))).))).)))))).)))))))..)).)))))))))).)))))))))(((.....))). ( -46.00) >consensus AUCUGUUUGUGUUCUUCUCGGUGUUCUUCUCCUGCUUUUUCCUCUUCCUCGCCGUCUGUGUGAUCGUGUGGAAGGUGAAGCAGGCAGCGGACCUGAGACGAGCCAGACGACAGCAUGUGG ..(((((...((((.((((((.((((.((.((((((((....((((((.(((.(((.....))).))).)))))).)))))))).)).)))))))))).)))).....)))))....... (-39.32 = -39.63 + 0.31)
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