| Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 8,050,600 – 8,050,720 |
| Length | 120 |
| Max. P | 0.578103 |
| Location | 8,050,600 – 8,050,720 |
|---|---|
| Length | 120 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 80.22 |
| Mean single sequence MFE | -46.82 |
| Consensus MFE | -28.84 |
| Energy contribution | -28.65 |
| Covariance contribution | -0.19 |
| Combinations/Pair | 1.52 |
| Mean z-score | -1.58 |
| Structure conservation index | 0.62 |
| SVM decision value | 0.09 |
| SVM RNA-class probability | 0.578103 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 8050600 120 + 22407834 AAGCUAGCGAGCUGCAACGAUGUCCGGAACCAUGUCAUGUAUACACACAGUGCUCCAGUUGUCUGGAGCACGCCCAUUGUGGUUGGUGCGCCCGCGAGGGUUUUAAUGGUGAUGGCAUUU .((((....)))).....((((.(((..(((((.....((((.((((..(((((((((....)))))))))......))))....))))((((....))))....)))))..))))))). ( -46.90) >DroVir_CAF1 6775 120 + 1 AGUCUAGCGAACUGGAACGUUGUCCCGAACCGUGUCAUGUGUAUACCCAGUGUUCCAGCUGUCUGGAGCAUGCACAUUGCGGCUGGUGUGCUCGCGAGGGCUUCAAUGGCGACGGCAUUU ..(((((....)))))..(((((((((.((((.(((((((((.......(((((((((....)))))))))))))))...)))))))..((((....)))).....))).)))))).... ( -43.91) >DroGri_CAF1 7499 120 + 1 UCUCCAGUGAGCUGAAACGUUGCCCGGAACCGUGUCAUGUGUAUACACAGUGUUCGAGCUGCUUGGAGCAUGCCCAUUGUGGUUGGUGUGCUCGUGAGGGCUUCAAUGGCGAUGGUAUUU .((((((..((((..((((..((.((....)).))..((((....)))).))))..))))..)))))).....(((((((.(((((...((((....)))).))))).)))))))..... ( -43.00) >DroWil_CAF1 7565 120 + 1 AGUCAAAUGAGUUGGAACGUUGCCCGGAACCUUGUCAUGUUUAUGGUAAAUGUUCGGAUUGCCUGCAGCAUGCCCAUUGCGGUUGGUGUGCCCGUGAGGGUUACAAUGGCGAUGGCAUUU ..........((((((((((((((..((((........))))..))).)))))))((....))..))))(((((.(((((.((((....((((....))))..)))).)))))))))).. ( -43.50) >DroMoj_CAF1 6824 120 + 1 AGUCCACUGAGCUGGAACGUUGCCCCGAGCCGUGCCAUGUGUACACCCAGUGCUCCACCUGCCUGGAGCAUGCGCAUUGCGGCUGGUGUGCACGGGAGGGCUUCAAUGGCGACGGCAUCU ..((((......)))).(((((((..(((((.(.((.((((((((((.(((((((((......))))))...(((...))))))))))))))))))).)))))....)))))))...... ( -55.80) >DroAna_CAF1 8915 120 + 1 AGGCCAGCGAACUAGAGCGAUGCCCGGAACCGUGUCACGUCUACACCCAGUGUUCCAGCUGCCUGGAGCACGCCCAUUGUGGUUGGUGUGCCCGCGAGGGUCACAACGGCGACGGCAUUU ..(((.((....((((.((.(((.((....)).).))))))))......(((((((((....))))))))))).....((.((((.(((((((....))).)))).)))).))))).... ( -47.80) >consensus AGUCCAGCGAGCUGGAACGUUGCCCGGAACCGUGUCAUGUGUACACCCAGUGUUCCAGCUGCCUGGAGCAUGCCCAUUGCGGUUGGUGUGCCCGCGAGGGCUUCAAUGGCGACGGCAUUU .................(((((((....((((.(((.............(((((((((....)))))))))((.....)))))))))..((((....))))......)))))))...... (-28.84 = -28.65 + -0.19)
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