Locus 2748

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 7,728,341 – 7,728,455
Length 114
Max. P 0.841136
window4368

overview

Window 8

Location 7,728,341 – 7,728,455
Length 114
Sequences 6
Columns 119
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 81.82
Mean single sequence MFE -34.18
Consensus MFE -22.97
Energy contribution -23.33
Covariance contribution 0.36
Combinations/Pair 1.18
Mean z-score -2.41
Structure conservation index 0.67
SVM decision value 0.75
SVM RNA-class probability 0.841136
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 7728341 114 - 22407834
UAUAUUC-----AAACAGAUCACGUUGGUAUGAUGCCAUUACAUGUGGAUGAGAAGCAUCAUAUGCAGUUUCUGUAUCUCUGCUUCUCAUACUUGUUUGGACGUUUUACGACGACUCCA
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>DroPse_CAF1 12135 119 - 1
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>DroSim_CAF1 19300 114 - 1
AUUAUUC-----AAACAGAUCACGUGGGUAUGAUGCCAUUACAUGUGGAUGAGAAGCAUCAUAUGCAAUUCCUGUAUCUCUGCUUCUCCUACCUGUUUGGUCGGUUUACGACGACUCCA
......(-----((((((.(((((((...(((....)))..)))))))..((((((((....(((((.....)))))...))))))))....)))))))((((.....))))....... ( -36.90)
>DroEre_CAF1 14360 114 - 1
CUUUUUC-----AAACAGACCACGUGGGUAUGAUGCCAUUGCACGUGGAUGAGAAGCAUCAUAUGCAGUUCCUGUAUCUCUGCUUCUCCUACUUGUUCGGACGGUUUACGACGACCCCA
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>DroYak_CAF1 11543 114 - 1
CUUAUUC-----AAACAGAUCACGUGGGUAUGAUGCCAUUACAUGUGGAUGAGAAGCAUCAUAUGCAGUUCCUGUAUCUCUGUUUCUCCUACUUGUUUGGACGAUUUACGACAACGCCA
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>DroPer_CAF1 12054 119 - 1
UAUAUUCCUUCCUUGCAGAUCACGUGGGCAUGCUGCCGUUUCAUGUGGAUGAGAAGCAUGAUUUGCAGUACUUGUAUCUCAGCUUCUCGUACCUCUUUGGCCGCUUUAGUACUGUGCCC
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>consensus
UAUAUUC_____AAACAGAUCACGUGGGUAUGAUGCCAUUACAUGUGGAUGAGAAGCAUCAUAUGCAGUUCCUGUAUCUCUGCUUCUCCUACCUGUUUGGACGCUUUACGACGACGCCA
...............((((((((((((((.....)))....)))))))..((((((((....((((((...))))))...)))))))).......)))).................... (-22.97 = -23.33 +   0.36)

alignment

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secondary structure

Postscript

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