Locus 2723

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 7,649,822 – 7,649,920
Length 98
Max. P 0.608562
window4336

overview

Window 6

Location 7,649,822 – 7,649,920
Length 98
Sequences 5
Columns 104
Reading direction forward
Mean pairwise identity 90.84
Mean single sequence MFE -32.96
Consensus MFE -24.04
Energy contribution -25.32
Covariance contribution 1.28
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -1.86
Structure conservation index 0.73
SVM decision value 0.15
SVM RNA-class probability 0.608562
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 7649822 98 + 22407834
--GUAUAUUGCGGAUUGGUUGGGGCUUUUGGUUCGAGGGUCCUGCCGGCAUUUCCUAGUAUUCAUUAGGCCAAAUGUGGCUGACUAGUUGGAAAG----GUAUU
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>DroSec_CAF1 22329 98 + 1
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--..(((((.(.((((((((((((((((((...))))))))))((.(.(((((((((((....))))))..)))))).)).)))))))).)...)----)))). ( -30.80)
>DroSim_CAF1 22511 98 + 1
--GUAUAUUGCGGAUUGGUUGGGGCUUUCGGUUCGAGGGUCCUGCCGUCAUUUCCUAGUAUUCAUUAGGCCAAAUGUUGCUGACUAGUUGGAAAG----GUAUC
--..(((((.(.((((((((((((((((((...))))))))))((...(((((((((((....))))))..)))))..)).)))))))).)...)----)))). ( -29.80)
>DroEre_CAF1 31192 98 + 1
--GUGUACUGCGGAUUGGUUGGGGCUUUCGGUUCGAGGGUCCUGCCGGCAUUUGCCAGUAUUCAUUAGGCUAAAUGUUGCUGACUAGCUGGAACG----GUAUU
--..(((((((((.((((((((((((((((...))))))))))((.(((((((((((((....))).))).))))))))).)))))))))...))----)))). ( -32.50)
>DroYak_CAF1 23385 104 + 1
GAGUAUAUUGCGGAUUGGUUGGGGCUUUCGGUUCGAGGGUCCUGCCGGCAUUUCCCAGUAUUCAUUAGGCCAAAUGUUGCUGACUAGCCGGAAAGGCUAGUCUU
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>consensus
__GUAUAUUGCGGAUUGGUUGGGGCUUUCGGUUCGAGGGUCCUGCCGGCAUUUCCUAGUAUUCAUUAGGCCAAAUGUUGCUGACUAGUUGGAAAG____GUAUU
..........(.((((((((((((((((((...))))))))))((.(((((((((((((....))))))..))))))))).)))))))).)............. (-24.04 = -25.32 +   1.28)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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