Locus 2632

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	7,353,920 – 7,354,055
Length	135
Max. P	0.971212

overview

Window 8

Location	7,353,920 – 7,354,015
Length	95
Sequences	6
Columns	95
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	95.43
Mean single sequence MFE	-25.58
Consensus MFE	-24.18
Energy contribution	-23.68
Covariance contribution	-0.50
Combinations/Pair	1.14
Mean z-score	-1.40
Structure conservation index	0.95
SVM decision value	1.67
SVM RNA-class probability	0.971212
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 7353920 95 + 22407834
CCAGAUUCCAGUGGCUUUAUCUUGGGCGCGUUAAUGAGAUUUGCUUGUAUCUGAAGCCAUUCGGCAGAUGCGUAUCAGUGGAUUUCAAUUAAUUG
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>DroVir_CAF1 191008 94 + 1
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.......-..(((.((.......)).)))((((((((((((..(((((((((...(((....))))))))))....))..)))))).)))))).. ( -25.00)
>DroPse_CAF1 172288 95 + 1
CCAGAUUCCAGUGGCUUUAUCUUGGGCUCGUUAAUGAGAUUUGCUUGUAUCUGAAGCCAUUCGGUAGAUGCAUAUCAGCGGAUUUCAAUUAAUUG
...((..((((.((.....))))))..))(((((((((((((((((((((((...(((....))))))))))....)))))))))).)))))).. ( -26.50)
>DroGri_CAF1 161020 94 + 1
ACAGAUU-CAGUGGCUUUAUCUUGGGCGCGUUAAUGAGAUUUGCUUGUAUCUGGAGCCAUUCGGUAGAUGCAUAUCAGUGGGUUUCAAUUAAUUG
.......-..(((.((.......)).)))((((((((((((..(((((((((...(((....))))))))))....))..)))))).)))))).. ( -25.00)
>DroMoj_CAF1 202788 94 + 1
ACAGAUU-CAGUGGCUUUAUCUUGGGCGCGUUAAUGAGAUUUGCUUGUAUCUGGAGCCAUUCGGUAGAUGCGUAUCAGUGGGUUUCAAUUAAUUG
.......-..(((.((.......)).)))((((((((((((..(((((((((...(((....))))))))))....))..)))))).)))))).. ( -24.30)
>DroPer_CAF1 174220 95 + 1
CCAGAUUCCAGUGGCUUUAUCUUGGGCUCGUUAAUGAGAUUUGCUUGUAUCUGAAGCCAUUCGGUAGAUGCAUAUCAGCGGAUUUCAAUUAAUUG
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>consensus
ACAGAUU_CAGUGGCUUUAUCUUGGGCGCGUUAAUGAGAUUUGCUUGUAUCUGAAGCCAUUCGGUAGAUGCAUAUCAGUGGAUUUCAAUUAAUUG
..........(((.((.......)).)))(((((((((((..((((((((((...(((....))))))))))....)))..))))).)))))).. (-24.18 = -23.68 +  -0.50)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	7,353,935 – 7,354,055
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	94.39
Mean single sequence MFE	-30.23
Consensus MFE	-27.19
Energy contribution	-26.63
Covariance contribution	-0.55
Combinations/Pair	1.16
Mean z-score	-1.25
Structure conservation index	0.90
SVM decision value	0.37
SVM RNA-class probability	0.708711
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 7353935 120 + 22407834
UUUAUCUUGGGCGCGUUAAUGAGAUUUGCUUGUAUCUGAAGCCAUUCGGCAGAUGCGUAUCAGUGGAUUUCAAUUAAUUGUGGCGACGCUUAUUAGUCAUCCAUCUAACAAACUAAACAC
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>DroVir_CAF1 191022 120 + 1
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>DroGri_CAF1 161034 120 + 1
UUUAUCUUGGGCGCGUUAAUGAGAUUUGCUUGUAUCUGGAGCCAUUCGGUAGAUGCAUAUCAGUGGGUUUCAAUUAAUUGUGGUGACGCUUAUUAGUCAUCCAUCUAACAAACUAAACUG
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>DroWil_CAF1 205091 120 + 1
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>DroMoj_CAF1 202802 120 + 1
UUUAUCUUGGGCGCGUUAAUGAGAUUUGCUUGUAUCUGGAGCCAUUCGGUAGAUGCGUAUCAGUGGGUUUCAAUUAAUUGUGGCGACGCUUAUUAGUCAUCCAUCUAACAAACUAAACUG
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>DroPer_CAF1 174235 120 + 1
UUUAUCUUGGGCUCGUUAAUGAGAUUUGCUUGUAUCUGAAGCCAUUCGGUAGAUGCAUAUCAGCGGAUUUCAAUUAAUUGUGGCGACGCUUAUUAGUCAUCCAUCUAACAAACUAAACAC
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>consensus
UUUAUCUUGGGCGCGUUAAUGAGAUUUGCUUGUAUCUGAAGCCAUUCGGUAGAUGCAUAUCAGUGGAUUUCAAUUAAUUGUGGCGACGCUUAUUAGUCAUCCAUCUAACAAACUAAACAG
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alignment

secondary structure

dotplot

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