Locus 2575

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	7,135,467 – 7,135,558
Length	91
Max. P	0.972880

overview

Window 7

Location	7,135,467 – 7,135,558
Length	91
Sequences	6
Columns	114
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	80.47
Mean single sequence MFE	-33.37
Consensus MFE	-22.10
Energy contribution	-22.02
Covariance contribution	-0.08
Combinations/Pair	1.15
Mean z-score	-3.60
Structure conservation index	0.66
SVM decision value	1.70
SVM RNA-class probability	0.972880
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 7135467 91 + 22407834
--CU-ACGCUCCUGCUGUUGCUGCAUAAUUGAUAAAUGUUUACAAAUUAUUAUGUUGCACAUACAGCAGUGGCAGCAGCAAC------------------AUGGA--GCCCACC
--..-..((((((((((((((..(((((((..(((....)))..))))))..(((((......))))))..)))))))))..------------------..)))--))..... ( -32.40)
>DroPse_CAF1 102253 101 + 1
UGCUGUUGCUGUUGCUGUUGCUGCAUAAUUGAUAAAUGUUUACAAAUUAUUAUGUUGCACAUACAGCAGUGGCAACAACAACAGGAA-----------CCAUCGA--GGCCACC
((.((((((..((((((((((.(((((((.(((...((....)).)))))))))).)))...)))))))..)))))).))...((..-----------((.....--))))... ( -32.30)
>DroSim_CAF1 79586 109 + 1
--CU-CCGCUCCUGCUGUUGCUGCAUAAUUGAUAAAUGUUUACAAAUUAUUAUGUUGCACAUACAGCAGUGGCAGCAGCACCAGCAGCAGCCACAUCGCGAUGGA--GCCCACC
--..-..((((((((((((((.(((((((.(((...((....)).)))))))))).)))...))))))(((((.((.((....)).)).)))))........)))--))..... ( -37.70)
>DroYak_CAF1 84157 105 + 1
--CU-CCGCUCCUGCUGUUGCUGCAUAAUUGAUAAAUGUUUACAAAUUAUUAUGUUGCACAUACAGCAGUGGCAGCAGCAGCAGUACC------AUCGCCAUGGAAUGGCCACC
--..-......(((((((((((((...((((....((((..(((........)))...))))....)))).)))))))))))))....------...(((((...))))).... ( -36.10)
>DroAna_CAF1 82407 110 + 1
--CUGCCGCUCCUGCUGUUGCUGCAUAAUUGAUAAAUGUUUACAAAUUAUUAUGUUGCACAUACAGCAGCGGUGCCAGCAACAGCGGCAGCAACAACACAGUGGA--GGCCACC
--((((((((..(((((..(((((((((((..(((....)))..))))))..(((((......))))))))))..)))))..))))))))..........((((.--..)))). ( -39.70)
>DroPer_CAF1 93163 90 + 1
-----------UUGCUGUUGCUGCAUAAUUGAUAAAUGUUUACAAAUUAUUAUGUUGCACAUACAGCAGUGGCAACAACAACAGGAA-----------CCAUCGA--GGCCACC
-----------.(((((((((.(((((((.(((...((....)).)))))))))).)))...))))))(((((..(...........-----------.....).--.))))). ( -21.99)
>consensus
__CU_CCGCUCCUGCUGUUGCUGCAUAAUUGAUAAAUGUUUACAAAUUAUUAUGUUGCACAUACAGCAGUGGCAGCAGCAACAGCAA___________CCAUGGA__GGCCACC
............((((((((((((((((((..(((....)))..))))))..(((((......))))))))))))))))).................................. (-22.10 = -22.02 +  -0.08)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	7,135,467 – 7,135,558
Length	91
Sequences	6
Columns	114
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	80.47
Mean single sequence MFE	-35.12
Consensus MFE	-19.47
Energy contribution	-20.13
Covariance contribution	0.67
Combinations/Pair	1.12
Mean z-score	-3.19
Structure conservation index	0.55
SVM decision value	1.45
SVM RNA-class probability	0.954966
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 7135467 91 - 22407834
GGUGGGC--UCCAU------------------GUUGCUGCUGCCACUGCUGUAUGUGCAACAUAAUAAUUUGUAAACAUUUAUCAAUUAUGCAGCAACAGCAGGAGCGU-AG--
..((.((--(((.(------------------((((.((((((...(((.......))).....((((((.((((....)))).)))))))))))).)))))))))).)-).-- ( -31.90)
>DroPse_CAF1 102253 101 - 1
GGUGGCC--UCGAUGG-----------UUCCUGUUGUUGUUGCCACUGCUGUAUGUGCAACAUAAUAAUUUGUAAACAUUUAUCAAUUAUGCAGCAACAGCAACAGCAACAGCA
((.((((--.....))-----------))))((((((((((((...(((((((((.....))).((((((.((((....)))).))))))))))))...))))))))))))... ( -34.00)
>DroSim_CAF1 79586 109 - 1
GGUGGGC--UCCAUCGCGAUGUGGCUGCUGCUGGUGCUGCUGCCACUGCUGUAUGUGCAACAUAAUAAUUUGUAAACAUUUAUCAAUUAUGCAGCAACAGCAGGAGCGG-AG--
......(--(((..(((...)))(((.((((((.(((((((((.((........))))).....((((((.((((....)))).)))))))))))).)))))).)))))-))-- ( -38.80)
>DroYak_CAF1 84157 105 - 1
GGUGGCCAUUCCAUGGCGAU------GGUACUGCUGCUGCUGCCACUGCUGUAUGUGCAACAUAAUAAUUUGUAAACAUUUAUCAAUUAUGCAGCAACAGCAGGAGCGG-AG--
.((.(((((...))))).))------....(((((.((((((....(((((((((.....))).((((((.((((....)))).)))))))))))).)))))).)))))-..-- ( -36.40)
>DroAna_CAF1 82407 110 - 1
GGUGGCC--UCCACUGUGUUGUUGCUGCCGCUGUUGCUGGCACCGCUGCUGUAUGUGCAACAUAAUAAUUUGUAAACAUUUAUCAAUUAUGCAGCAACAGCAGGAGCGGCAG--
(((((..--.))))).........((((((((.((((((.....(((((..((((.....))))((((((.((((....)))).)))))))))))..)))))).))))))))-- ( -42.60)
>DroPer_CAF1 93163 90 - 1
GGUGGCC--UCGAUGG-----------UUCCUGUUGUUGUUGCCACUGCUGUAUGUGCAACAUAAUAAUUUGUAAACAUUUAUCAAUUAUGCAGCAACAGCAA-----------
((.((((--.....))-----------))))((((((((((((...(((.......))).....((((((.((((....)))).)))))))))))))))))).----------- ( -27.00)
>consensus
GGUGGCC__UCCAUGG___________CUCCUGUUGCUGCUGCCACUGCUGUAUGUGCAACAUAAUAAUUUGUAAACAUUUAUCAAUUAUGCAGCAACAGCAGGAGCGG_AG__
.((((.....))))..................(((.((((((....(((((((((.....))).((((((.((((....)))).)))))))))))).)))))).)))....... (-19.47 = -20.13 +   0.67)

alignment

secondary structure

dotplot

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