Locus 2504

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 6,902,527 – 6,902,625
Length 98
Max. P 0.500000
window4007

overview

Window 7

Location 6,902,527 – 6,902,625
Length 98
Sequences 6
Columns 103
Reading direction forward
Mean pairwise identity 76.49
Mean single sequence MFE -32.28
Consensus MFE -18.20
Energy contribution -17.73
Covariance contribution -0.47
Combinations/Pair 1.45
Mean z-score -1.50
Structure conservation index 0.56
SVM decision value -0.06
SVM RNA-class probability 0.500000
Prediction OTHER

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 6902527 98 + 22407834
CAGAGCAUCACACUACUGGGCUACGGAACUGGAGCUGUGCUGGCCAACAUUCUAGUUGUGUCUCCAGUGGCAAGUGGUAGGG--AUUACU---UAAAUUUAUA
......(((((.((((((((..(((.((((((((.(((........))))))))))).))).))))))))...)))))....--......---.......... ( -28.60)
>DroVir_CAF1 135244 95 + 1
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(((.(((..((((((((((.(((((((((((...)))))).((((((....))))))........)))))))))))).).))....))))---))...----- ( -43.10)
>DroGri_CAF1 121853 97 + 1
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..((((((...((..((.((((((((....(((....))).((((((....)))))).......))))))))))..)))))))).....-........----- ( -36.40)
>DroEre_CAF1 101168 96 + 1
CAGAGCAUCACACUCCUGGGCUACGGAACUGGAGCUGUGCUGGCCAACAUACUGGUUGUGUCUCCAGUGGCAAGUGGUAUGG--AUUACC---UACAU--AAA
.....((.((((((((.(..(....)..).)))).)))).))(((.....(((((........))))))))..((((((...--..))))---.))..--... ( -29.50)
>DroWil_CAF1 110729 96 + 1
CAGAGUAUCACACUAUUGGGCUAUGGUACGGGCGCUGUGCUAGCCAAUAUAUUGGUUGUCUCACCAGUGGCAAGUGGUAAGC--AAUGGA---GAAAA--AUG
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>DroYak_CAF1 99227 96 + 1
CAGAGCAUCACACUCCUGGGCUACGGAACUGGAGCUGUGCUGGCCAACAUACUGGUUGUGUCUCCAGUGGCAAGUGGUGAGG--AUUACC---UAAAU--AUA
.....((.((((((((.(..(....)..).)))).)))).))((((...((((((........)))))).....)))).(((--....))---)....--... ( -29.40)
>consensus
CAGAGCAUCACACUACUGGGCUACGGAACUGGAGCUGUGCUGGCCAACAUACUGGUUGUGUCUCCAGUGGCAAGUGGUAAGG__AUUACC___UAAAU__AUA
...........((((((..((((((((.....(((...)))(((((......))))).....))).))))).))))))......................... (-18.20 = -17.73 +  -0.47)

alignment

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secondary structure

Postscript

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