Locus 2491

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 6,859,850 – 6,859,944
Length 94
Max. P 0.696509
window3987

overview

Window 7

Location 6,859,850 – 6,859,944
Length 94
Sequences 6
Columns 94
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 79.86
Mean single sequence MFE -35.80
Consensus MFE -21.07
Energy contribution -21.38
Covariance contribution 0.31
Combinations/Pair 1.45
Mean z-score -1.86
Structure conservation index 0.59
SVM decision value 0.34
SVM RNA-class probability 0.696509
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 6859850 94 - 22407834
CGGUUGCAAUUGAGCGGCUGAAUUGUGUCGGACGCUCUGCAGCAACAGCUGCUGCAUUAGAUGUCCUAGCUCGUCGUACGCUUGCUGCUCUAAU
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>DroPse_CAF1 81192 94 - 1
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>DroSec_CAF1 64199 94 - 1
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>DroEre_CAF1 63923 94 - 1
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>DroYak_CAF1 62008 94 - 1
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>DroPer_CAF1 73356 94 - 1
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.((((((((.(((((.(((.(((.((((.....)))).))).))).((((((....)))))).)))))(((......))).))))))))..... ( -37.80)
>consensus
CGGUUGCAAUUGGGCAGCUGAAUUGUGUCGGACGCUCUGCAGCAACAGCUGCUGCAUCAGAUGUCCCAGCUCGUCGUACGCCUGCUGCUCUAAC
.((((((((...((((((((..((((..(((.....)))..))))))))))))((....((((........))))....))))))))))..... (-21.07 = -21.38 +   0.31)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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