Locus 2460

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 6,738,966 – 6,739,083
Length 117
Max. P 0.871087
window3948

overview

Window 8

Location 6,738,966 – 6,739,083
Length 117
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 78.63
Mean single sequence MFE -43.58
Consensus MFE -23.47
Energy contribution -26.53
Covariance contribution 3.06
Combinations/Pair 1.26
Mean z-score -2.25
Structure conservation index 0.54
SVM decision value 0.87
SVM RNA-class probability 0.871087
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 6738966 117 - 22407834
CCUUCCUGUUCCAGCAUCAGCAGCUGGUGAACGAGGAUGGUCGCAUCCAGCACGACGGUGGCCAGCG---GCUGGAGCCGAUGGUCAAGAGCUGCCUCUCGCUGGUGGACAAGAUGAAGG
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>DroVir_CAF1 7973 117 - 1
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>DroGri_CAF1 6835 117 - 1
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>DroWil_CAF1 7584 114 - 1
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>DroMoj_CAF1 7048 117 - 1
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>DroAna_CAF1 6609 114 - 1
CCUUUCUCUUCCAGCACCAGCUCCUGGUCAACGAGGAUGGACGGGUGCAGCACGACG---GCCAGCG---GCUGGAUCCAAUGGUGAAGAGCUGCCUCUCCCUGAUCGAUAAAAUGAAGA
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>consensus
CCUUCCUCUACCAGCACCAGCAGCUGGUCAACGAGGAUGGACGCAUCCAGCACGA___UGGCCAGCG___GCUGGACCACAUGGUCAAGAGCUGCCUCACGCUGGUGGAGAAAAUGAAGA
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alignment

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secondary structure

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