Locus 2399

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 6,529,560 – 6,529,705
Length 145
Max. P 0.815642
window3860 window3861

overview

Window 0

Location 6,529,560 – 6,529,665
Length 105
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 76.84
Mean single sequence MFE -42.60
Consensus MFE -21.59
Energy contribution -21.45
Covariance contribution -0.14
Combinations/Pair 1.32
Mean z-score -2.05
Structure conservation index 0.51
SVM decision value 0.66
SVM RNA-class probability 0.815642
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 6529560 105 + 22407834
UGCCGCCG------------UUGCCGCCGCAUAAGGAGUUCCGUAUCCGGAGUAGAAGGGCGGCG---GCGUGUACUGCUGCAUGCUGUUGUAGUAGUAGUAGUCAUGUUUGCCGUCGUA
.((((((.------------((((..(((.(((.((....)).))).))).))))...))))))(---(((((.((((((((.(((((...))))))))))))))))....)))...... ( -42.20)
>DroPse_CAF1 1594 105 + 1
GGCAGCCG------------UGGCAGCCGCAUAGGGGGCUCCGUAUCCGGAAUAGAAAGGCGGCG---GCGUAUACUGCUGCAUGCUGUUGUAGUAGUAGUAGUCGUGCUUUCCGUCGUA
(((.((((------------(.((.(((.(....).)))((((....))))........)).)))---))((((((((((((.(((((...))))))))))))).)))).....)))... ( -43.30)
>DroGri_CAF1 2197 105 + 1
UGCC------------GCACUCGCAGCGGCAUACGGUGUCCCAUAGCCGGAGUAGAACGGCGGCG---GCGUAUAUUGCUGCAUGCUGUUGUAGUAGUAAUAAUCAUGUUUGCUAUCGUA
((((------------((.......))))))..((((........))))...((.((((((((((---(((.....)))))).))))))).))(((((((.........))))))).... ( -38.40)
>DroWil_CAF1 3481 102 + 1
GGCAGCCG---------------CCGCUGCAUACGGUGUCCCAUAGCCGGAAUAGAAAGGAGGCG---GUGUAUACUGUUGCAUGCUGUUGUAGUAAUAAUAGUCAUGUUUCCCAUCAUA
.(((((..---------------..)))))...((((........)))).....((..(((((((---((....))))))((((((((((((....))))))).))))).)))..))... ( -30.90)
>DroMoj_CAF1 105255 117 + 1
CGCAGCCGCCGCCGCCGUGCUGGCCGCCGCAUACGGCGUGCCGUAGCCGGAGUAGAACGGCGGCG---GCGUGUACUGCUGCAUGCUGUUGUAGUAGUAGUAGUCGUGCUUGCUGUCGUA
((((((((((((((((((.(((.(((..((.(((((....))))))))))..))).)))))))))---))).((((.(((((.(((((......)))))))))).))))..)))).)).. ( -64.00)
>DroAna_CAF1 2020 99 + 1
GGCCGUC---------------------GUAUACGGAGUUCCGUAGCUGGAAUAGAAUGGCGGCGGGGGCGUGUACUGCUGCAUGCUGUUGUAGUAGUAGUAGUCGUGUUUGCUAUCGUA
..((((.---------------------....)))).((((((....))))))...(((..((((((.(((..(((((((((.(((....))))))))))))..))).))))))..))). ( -36.80)
>consensus
GGCAGCCG____________U_GCCGCCGCAUACGGAGUUCCGUAGCCGGAAUAGAAAGGCGGCG___GCGUAUACUGCUGCAUGCUGUUGUAGUAGUAGUAGUCAUGUUUGCCAUCGUA
.................................((((........)))).........((.((((...(((..(((((((((.(((....))))))))))))..)))...)))).))... (-21.59 = -21.45 +  -0.14)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 1

Location 6,529,588 – 6,529,705
Length 117
Sequences 6
Columns 117
Reading direction forward
Mean pairwise identity 82.79
Mean single sequence MFE -50.80
Consensus MFE -33.74
Energy contribution -33.77
Covariance contribution 0.03
Combinations/Pair 1.26
Mean z-score -2.73
Structure conservation index 0.66
SVM decision value 0.64
SVM RNA-class probability 0.808111
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 6529588 117 + 22407834
CCGUAUCCGGAGUAGAAGGGCGGCGGCGUGUACUGCUGCAUGCUGUUGUAGUAGUAGUAGUCAUGUUUGCCGUCGUAGACCGCUGCUGCUGCCGCUGCCACUGCCGAAGAGUUGACC
(((....))).((((...((((((((((.(((((((((((......)))))))))((((((...((((((....)))))).)))))))))))))))))).))))............. ( -49.60)
>DroVir_CAF1 82792 117 + 1
CCAUAGCCGGAAUAAAACGGCGGCGGCGUAUACUGCUGCAUGCUGUUGUAGUAGUAAUAGUCAUGCUUGCUGUCGUAGACAGCAGCCGCGGCAGCCGCUGCCGCCGAGCUGUUAACA
..((((((((.......((((((((((...((((((((((......))))))))))...(((.((.((((((((...)))))))).)).))).))))))))))))).)))))..... ( -58.21)
>DroPse_CAF1 1622 117 + 1
CCGUAUCCGGAAUAGAAAGGCGGCGGCGUAUACUGCUGCAUGCUGUUGUAGUAGUAGUAGUCGUGCUUUCCGUCGUACACGGCCGCAGCCGCGGCGGCCACUGCCGACGAGUUGACA
(((....)))....(.((((((.((((...((((((((((......))))))))))...)))))))))).)((((.((.(((((((....)))))(((....)))..)).)))))). ( -49.40)
>DroGri_CAF1 2225 117 + 1
CCAUAGCCGGAGUAGAACGGCGGCGGCGUAUAUUGCUGCAUGCUGUUGUAGUAGUAAUAAUCAUGUUUGCUAUCGUAUACAGCGGCAGCGGCAGCUGCCACAGCCGAGGAGUUCACG
((...((((........))))((((((......((((((.(((((((((((((((((.........)))))))....))))))))))))))))))))))........))........ ( -47.90)
>DroWil_CAF1 3506 117 + 1
CCAUAGCCGGAAUAGAAAGGAGGCGGUGUAUACUGUUGCAUGCUGUUGUAGUAAUAAUAGUCAUGUUUCCCAUCAUAGACAGCAGCAGCGGCUGCAGCCACCGCCGAUGAGGCCACA
.....(((...((........(((((((....((((.((.((((((((((....)....((((((........))).))).))))))))))).)))).))))))).))..))).... ( -38.70)
>DroMoj_CAF1 105295 117 + 1
CCGUAGCCGGAGUAGAACGGCGGCGGCGUGUACUGCUGCAUGCUGUUGUAGUAGUAGUAGUCGUGCUUGCUGUCGUAGACGGCGGCUGCGGCCGCUGCUGCCGCCGAGCUGUUCACG
(((....))).((.(((((((((((((...((((((((((......))))))))))((((.((.(((.(((((((....)))))))...))))))))).))))))..))))))))). ( -61.00)
>consensus
CCAUAGCCGGAAUAGAACGGCGGCGGCGUAUACUGCUGCAUGCUGUUGUAGUAGUAAUAGUCAUGCUUGCCGUCGUAGACAGCAGCAGCGGCAGCUGCCACCGCCGAGGAGUUCACA
((......))........(((((.(((...(((((((((.(((....))))))))))))......................(((((....))))).))).)))))............ (-33.74 = -33.77 +   0.03)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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