| Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 6,495,304 – 6,495,415 |
| Length | 111 |
| Max. P | 0.965964 |
| Location | 6,495,304 – 6,495,415 |
|---|---|
| Length | 111 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 77.35 |
| Mean single sequence MFE | -44.34 |
| Consensus MFE | -23.19 |
| Energy contribution | -21.87 |
| Covariance contribution | -1.32 |
| Combinations/Pair | 1.56 |
| Mean z-score | -2.54 |
| Structure conservation index | 0.52 |
| SVM decision value | 1.59 |
| SVM RNA-class probability | 0.965964 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 6495304 111 + 22407834 GUGGAGCUGCCCAACGACUGUCU------GCCGAAUAUCAAUGAUCUUCGCCAGAUCUUUGAUGACUCGCAGGCAGGUUUGAGGAGCUCCCACAAUGGCAGCGAUGCCG---CUAUGCAU ((((((((.(((((...((((((------((.((.((((((.(((((.....))))).))))))..))))))))))..))).)))))).))))...((((....)))).---........ ( -46.00) >DroVir_CAF1 17344 114 + 1 GUGGAGCUGCCCAGCGAGUGUUU------GCCAAACAUAAACGAUCUGCGCCAGAUCUUUGAUGACAAUCAGGCGGGCGUGCGCAGUUCGCACAAUGGCUGCGAUUCAGCGGCAGCUCAU ...(((((((((.(((..(((((------(((..........((((((...))))))..((((....))))))))))))..)))...(((((.......)))))....).)))))))).. ( -47.90) >DroGri_CAF1 20989 114 + 1 GUUGAGCUGCCCAGCGAUUGUCU------GCCGAAUAUCAACGAUUUGCGGCAGAUUUUCGAUGAUACACAGGCGGGUUUGCGCAACUCGCACAAUGGCUGCGAUGCGGCAAUGGUGCAU ((((.((.((((.((((..((((------((((...(((...)))...))))))))..))..((.....)).))))))..)).))))..((((....(((((...)))))....)))).. ( -46.10) >DroWil_CAF1 19019 117 + 1 GUUGAGCUACCAAGCGAUUGUUUAGCCAAGCCCAACAUCAAUGAUUUACGUCAGAUUUUUGAUGACUCUCAGGCGGGACUUCGUAGUUCCCACAAUGGCAGUGAUGCCG---CUGUCCAU .(((.((((.(((....)))..)))))))(((...((((((.(((((.....))))).)))))).......)))((((((....))))))....(((((((((....))---))).)))) ( -31.90) >DroMoj_CAF1 17308 114 + 1 GUUGAGCUGCCCAGCGAGUGUUU------GCCGAACAUCAAUGAUCUGCGCCAGAUCUUUGAUGAUGGCCAGGCGGGUUUGCGCAGCUCGCACAAUGGCUGCGAUUCGGCGGCAGUGCAU ...(((((((...((((((((((------((((..((((((.((((((...)))))).)))))).))).))))))..))))))))))))((((....(((((......))))).)))).. ( -51.00) >DroAna_CAF1 18880 111 + 1 GUGGAGCUUCCCAACGACUGCUU------GCCGAAUAUAAACGAUCUGCGACAGAUCUUUGAUGACUCGCAGGCGGGACUAAGGAGCUCCCAUAACGGCAGCGAUGCCG---CUGUCCAU (.((((((((.......((((((------((.((.(((.((.((((((...)))))).)).)))..))))))))))......))))))))).....(((((((....))---)))))... ( -43.12) >consensus GUGGAGCUGCCCAGCGACUGUUU______GCCGAACAUCAACGAUCUGCGCCAGAUCUUUGAUGACUCGCAGGCGGGUUUGCGCAGCUCCCACAAUGGCAGCGAUGCCG___CUGUGCAU ((((((((((.(((...((((((............((((((.(((((.....))))).))))))......))))))..))).)))))))).))....((((...........)))).... (-23.19 = -21.87 + -1.32)
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