Locus 2345

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 6,353,952 – 6,354,071
Length 119
Max. P 0.570173
window3781

overview

Window 1

Location 6,353,952 – 6,354,071
Length 119
Sequences 6
Columns 119
Reading direction forward
Mean pairwise identity 77.65
Mean single sequence MFE -42.27
Consensus MFE -15.38
Energy contribution -16.60
Covariance contribution 1.23
Combinations/Pair 1.36
Mean z-score -2.40
Structure conservation index 0.36
SVM decision value 0.07
SVM RNA-class probability 0.570173
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 6353952 119 + 22407834
ACUUCGCCUCCGCCAGGCGUUGCCAGUUGAGGCGAUUCCGGUUGCAGAUCGUUAUGACCGGAAAUGGUAUGCGGUAAACCGGAAACCGCGUGCUAUCCACCACCGUCUGGAAGUGGGCG
....((((..(.((((((((((((......)))))((((((((((.....))...))))))))((((((((((((.........)))))))))))).......)))))))..)..)))) ( -51.10)
>DroVir_CAF1 9421 119 + 1
CUUUAGCCAAAUCCAAACGCUGCCAGUUGAGGCGAUUGUGAUUGCAUAUGGUGAUGACCGGAAAUGCAAUGCGGUAAACCGGAAAACGCGUGCUAUCGACCACAGUCUGAAAUUUGCCA
.....(.(((((.........(((......)))((((((((((((((.((((....))))...))))))).(((((.((((.....)).))..)))))..)))))))....))))).). ( -32.40)
>DroGri_CAF1 2448 119 + 1
UCUUGGCCCGGUCCAAACGUUGCCAAUUGAGGCGAUUGUGAUUGCAAAUGGUGAUGACCGGAAACGGUAUGCGAUAAACCGGAUAACGAGUGCUAUCCACCACAGUUUGGAAUUUGCCA
...((((....(((((((((((((......))))))((((((((((..........((((....)))).)))))).....(((((........)))))..)))))))))))....)))) ( -42.90)
>DroWil_CAF1 1288 119 + 1
GUUUGGCCUCCGCCAGACGCUGCCAAUUCAAGCGAUUAUUAUUACAGAUUGUAAUGACUGGAAAUGGUAUACGAUAUACCGGAUAUCGUGUGCUAUCCACCACAGUUUGAAAAUGUCCU
(((((((....)))))))........(((((((.....(((((((.....))))))).((((..(((((((((((((.....))))))))))))))))).....)))))))........ ( -40.10)
>DroMoj_CAF1 12691 119 + 1
GCUUGGCCAGGGGCAAACGCUGCCAAUUCAGGCGAUUGUGAUUGCAUAUGGUGAUGACCGGAAAUGCAAUACGAUAGACCGGAUAACGCGUGCUAUCCACAACAGUUUGAAAGUUGCCA
...((((....((((.....))))..(((((((..((((((((((((.((((....))))...)))))))..(((((((((.....)).)).))))))))))..)))))))....)))) ( -40.80)
>DroAna_CAF1 1571 119 + 1
CUUUGGCCUGCGGCAGCCGCUCCCAGUUCAGCCUAUUCCGAUUACAAAUGGUGAUCACUGGAAAGGGUAUCCGGUACACCGGGUAUCGGGUACUAUCCACCACCGUCUGGAAGUUGGCA
..((((...((((...))))..))))....(((..((((((((((.....))))))..((((...((((((((((((.....)))))))))))).)))).........))))...))). ( -46.30)
>consensus
CCUUGGCCUGCGCCAAACGCUGCCAAUUCAGGCGAUUGUGAUUGCAAAUGGUGAUGACCGGAAAUGGUAUGCGAUAAACCGGAUAACGCGUGCUAUCCACCACAGUCUGAAAGUUGCCA
.............(((((...(((......))).......(((((.....)))))....(((..(((((((((.............))))))))))))......))))).......... (-15.38 = -16.60 +   1.23)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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