Locus 233

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	675,324 – 675,433
Length	109
Max. P	0.999939

overview

Window 1

Location	675,324 – 675,419
Length	95
Sequences	5
Columns	95
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	96.42
Mean single sequence MFE	-35.14
Consensus MFE	-32.66
Energy contribution	-33.26
Covariance contribution	0.60
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-1.40
Structure conservation index	0.93
SVM decision value	1.03
SVM RNA-class probability	0.902782
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 675324 95 + 22407834
GGGGCGGUGCAAAAGGCCACGACGAUGGCGUCCCCGUCCCAAGUGAGCCAACUGAACCACCACAGGCGGUUCAAUCAGCAGCCCACCGGCACCAC
(((.(((((.....((((((...(((((.....)))))....))).)))...((((((.((...)).))))))..........))))).).)).. ( -36.40)
>DroSec_CAF1 63560 95 + 1
GGGGCGGUGCAAGAAGCCACGACGAUGGCGUCCCCGUCCCAAGUGAGCCAACUGAACCACCACAGGCGGUUCAAUCAGCAGCCCACCGGCACCAC
(((((((.(...((.((((......)))).))))))))))..(((.((....((((((.((...)).))))))....)).(((....)))..))) ( -35.50)
>DroSim_CAF1 68319 95 + 1
GGGGCGGUGCAAGAAGCCACGACGAUGGCGUCCCCGUCCCAAGUGAGCCAACUGAACCACCACAGGCGGUUCAAUCAGCAGCCCACCGGCACCAC
(((((((.(...((.((((......)))).))))))))))..(((.((....((((((.((...)).))))))....)).(((....)))..))) ( -35.50)
>DroEre_CAF1 72733 95 + 1
GGGGCGGUGCAAGAAGCCACGAUGAUGGCGUCCCCGUCCCAAGUGAGCCAACUGAACCACCACAGGCGGUUCAAUCAGCAGCCCACCGGCACCAC
(((((((.(...((.((((......)))).))))))))))..(((.((....((((((.((...)).))))))....)).(((....)))..))) ( -35.50)
>DroYak_CAF1 68584 95 + 1
GGGGCGGUGCAAGAAGCCACGAUGAUGGCGUCCGCGUCCCAAGCGAGCCAACUGAACCACCACGGGCGGUUCAUACAGCAGCCCACCGGCACCAC
(((.(((((...((.((((......)))).))(((.......))).((....((((((.((...)).))))))....))....))))).).)).. ( -32.80)
>consensus
GGGGCGGUGCAAGAAGCCACGACGAUGGCGUCCCCGUCCCAAGUGAGCCAACUGAACCACCACAGGCGGUUCAAUCAGCAGCCCACCGGCACCAC
(((((((.....((.((((......)))).)).)))))))..(((.((....((((((.((...)).))))))....)).(((....)))..))) (-32.66 = -33.26 +   0.60)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	675,324 – 675,419
Length	95
Sequences	5
Columns	95
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	96.42
Mean single sequence MFE	-47.62
Consensus MFE	-46.12
Energy contribution	-46.40
Covariance contribution	0.28
Combinations/Pair	1.06
Mean z-score	-2.65
Structure conservation index	0.97
SVM decision value	4.69
SVM RNA-class probability	0.999939
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 675324 95 - 22407834
GUGGUGCCGGUGGGCUGCUGAUUGAACCGCCUGUGGUGGUUCAGUUGGCUCACUUGGGACGGGGACGCCAUCGUCGUGGCCUUUUGCACCGCCCC
(((((((....(((((((..(((((((((((...)))))))))))..)).......((.((....))))........)))))...)))))))... ( -49.00)
>DroSec_CAF1 63560 95 - 1
GUGGUGCCGGUGGGCUGCUGAUUGAACCGCCUGUGGUGGUUCAGUUGGCUCACUUGGGACGGGGACGCCAUCGUCGUGGCUUCUUGCACCGCCCC
((((((((((((((((...((((((((((((...))))))))))))))))))).)))..((((((.(((((....)))))))))))))))))... ( -48.40)
>DroSim_CAF1 68319 95 - 1
GUGGUGCCGGUGGGCUGCUGAUUGAACCGCCUGUGGUGGUUCAGUUGGCUCACUUGGGACGGGGACGCCAUCGUCGUGGCUUCUUGCACCGCCCC
((((((((((((((((...((((((((((((...))))))))))))))))))).)))..((((((.(((((....)))))))))))))))))... ( -48.40)
>DroEre_CAF1 72733 95 - 1
GUGGUGCCGGUGGGCUGCUGAUUGAACCGCCUGUGGUGGUUCAGUUGGCUCACUUGGGACGGGGACGCCAUCAUCGUGGCUUCUUGCACCGCCCC
((((((((((((((((...((((((((((((...))))))))))))))))))).)))..((((((.(((((....)))))))))))))))))... ( -48.40)
>DroYak_CAF1 68584 95 - 1
GUGGUGCCGGUGGGCUGCUGUAUGAACCGCCCGUGGUGGUUCAGUUGGCUCGCUUGGGACGCGGACGCCAUCAUCGUGGCUUCUUGCACCGCCCC
(((((((.((.((((..(....(((((((((...)))))))))(.((((((((.......))))..)))).)...)..)))))).)))))))... ( -43.90)
>consensus
GUGGUGCCGGUGGGCUGCUGAUUGAACCGCCUGUGGUGGUUCAGUUGGCUCACUUGGGACGGGGACGCCAUCGUCGUGGCUUCUUGCACCGCCCC
(((((((.((((((((...((((((((((((...)))))))))))))))))))).......((((.(((((....))))).)))))))))))... (-46.12 = -46.40 +   0.28)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	675,341 – 675,433
Length	92
Sequences	5
Columns	92
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	96.74
Mean single sequence MFE	-40.60
Consensus MFE	-38.28
Energy contribution	-38.28
Covariance contribution	0.00
Combinations/Pair	1.07
Mean z-score	-2.53
Structure conservation index	0.94
SVM decision value	4.10
SVM RNA-class probability	0.999795
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 675341 92 - 22407834
AGUUACUUUCCUUGGUGGUGCCGGUGGGCUGCUGAUUGAACCGCCUGUGGUGGUUCAGUUGGCUCACUUGGGACGGGGACGCCAUCGUCGUG
.....((.((((.(((((.(((....))).((..(((((((((((...)))))))))))..))))))).)))).)).((((....))))... ( -41.80)
>DroSec_CAF1 63577 92 - 1
AGUUACUUUCCUUGGUGGUGCCGGUGGGCUGCUGAUUGAACCGCCUGUGGUGGUUCAGUUGGCUCACUUGGGACGGGGACGCCAUCGUCGUG
.....((.((((.(((((.(((....))).((..(((((((((((...)))))))))))..))))))).)))).)).((((....))))... ( -41.80)
>DroSim_CAF1 68336 92 - 1
AGUUACUUUCCUUGGUGGUGCCGGUGGGCUGCUGAUUGAACCGCCUGUGGUGGUUCAGUUGGCUCACUUGGGACGGGGACGCCAUCGUCGUG
.....((.((((.(((((.(((....))).((..(((((((((((...)))))))))))..))))))).)))).)).((((....))))... ( -41.80)
>DroEre_CAF1 72750 92 - 1
ACUUACUUUCCUUGGUGGUGCCGGUGGGCUGCUGAUUGAACCGCCUGUGGUGGUUCAGUUGGCUCACUUGGGACGGGGACGCCAUCAUCGUG
............(((((((.((((((((((...((((((((((((...))))))))))))))))))).)))...(....))))))))..... ( -40.30)
>DroYak_CAF1 68601 92 - 1
AGUUACUUUCCUUGGUGGUGCCGGUGGGCUGCUGUAUGAACCGCCCGUGGUGGUUCAGUUGGCUCGCUUGGGACGCGGACGCCAUCAUCGUG
............(((((((((((((((((.(((...(((((((((...)))))))))...)))..))))...)).))).))))))))..... ( -37.30)
>consensus
AGUUACUUUCCUUGGUGGUGCCGGUGGGCUGCUGAUUGAACCGCCUGUGGUGGUUCAGUUGGCUCACUUGGGACGGGGACGCCAUCGUCGUG
............(((((((.((((((((((...((((((((((((...))))))))))))))))))).)))...(....))))))))..... (-38.28 = -38.28 +   0.00)

alignment

secondary structure

dotplot

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