Locus 2322

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	6,302,288 – 6,302,422
Length	134
Max. P	0.996879

overview

Window 1

Location	6,302,288 – 6,302,404
Length	116
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	89.76
Mean single sequence MFE	-32.47
Consensus MFE	-26.25
Energy contribution	-28.67
Covariance contribution	2.42
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-3.37
Structure conservation index	0.81
SVM decision value	1.50
SVM RNA-class probability	0.959249
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 6302288 116 + 22407834
CU-UCUGGCACAUUUUAAUACGUUACGUUACGUAACAAUUCGAUUUGCCAGCUUGCUUUAAUAGUUUUGCGGUUGGAAAGCCACAAAACGUAUUACGUAUACGUAAUAUUGCCCAGC---
..-.((((((.(((.......((((((...)))))).....))).))))))...((.......((((((.((((....)))).))))))((((((((....)))))))).)).....--- ( -33.70)
>DroPse_CAF1 247454 113 + 1
CU-CCUGGCACAUUUUAAUAUGUUACUCAACGUAACAAUUCGAUUUGCCUGCUUGCUUUAAUAGUUUUGCGGUUGGAAAGCCACAAAACGUAUUACGUAUACGUAAUAUUGCA---C---
..-...((((.(((..(((.((((((.....))))))))).))).))))....(((.......((((((.((((....)))).))))))((((((((....)))))))).)))---.--- ( -32.70)
>DroSec_CAF1 138283 116 + 1
CU-UCUGGCACAUUUUAAUACGUUACGUUACGUAACAAUUCGAUUUGCCAGCUUGCUUUAAUAGUUUUGUGGUUGGAAAGCCACAAAACGUAUUACGUAUACGUAAUAUUGCCCAGC---
..-.((((((.(((.......((((((...)))))).....))).))))))...((.......(((((((((((....)))))))))))((((((((....)))))))).)).....--- ( -37.60)
>DroEre_CAF1 138271 116 + 1
CU-UCUGGCACAUUUUAAUACGUUACGUUACGUAACAAUUCGAUUUGCCAGCUUGCUUUAAUAGUUUUGCGGUCGGAAAGCCACAAAACGUAUUACGUAUACGUAAUAUUGCCCAGC---
..-.((((((.(((.......((((((...)))))).....))).))))))...((.......((((((.(((......))).))))))((((((((....)))))))).)).....--- ( -30.60)
>DroWil_CAF1 251918 116 + 1
CUGUGUGGACAAUUUUGAUA----ACUAAACGUUACAAUUCGAUUUGCCGGCUUGCUUUAAUAGUUUUGCGGUUAGAAAGCCACAAAACGUAUUACGUAUACGUAAUAUUGCAGAGAGAC
(((.(..((.....(((.((----((.....))))))).....))..)))).((((.......((((((.((((....)))).))))))((((((((....)))))))).))))...... ( -27.50)
>DroPer_CAF1 246509 113 + 1
CU-CCUGGCACAUUUUAAUAUGUUACUCAACGUAACAAUUCGAUUUGCCUGCUUGCUUUAAUAGUUUUGCGGUUGGAAAGCCACAAAACGUAUUACGUAUACGUAAUAUUGCA---C---
..-...((((.(((..(((.((((((.....))))))))).))).))))....(((.......((((((.((((....)))).))))))((((((((....)))))))).)))---.--- ( -32.70)
>consensus
CU_UCUGGCACAUUUUAAUACGUUACGUAACGUAACAAUUCGAUUUGCCAGCUUGCUUUAAUAGUUUUGCGGUUGGAAAGCCACAAAACGUAUUACGUAUACGUAAUAUUGCACAGC___
....((((((.(((.......(((((.....))))).....))).))))))...((.......((((((.((((....)))).))))))((((((((....)))))))).))........ (-26.25 = -28.67 +   2.42)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	6,302,288 – 6,302,404
Length	116
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	89.76
Mean single sequence MFE	-33.55
Consensus MFE	-29.06
Energy contribution	-29.75
Covariance contribution	0.69
Combinations/Pair	1.09
Mean z-score	-3.53
Structure conservation index	0.87
SVM decision value	2.76
SVM RNA-class probability	0.996879
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 6302288 116 - 22407834
---GCUGGGCAAUAUUACGUAUACGUAAUACGUUUUGUGGCUUUCCAACCGCAAAACUAUUAAAGCAAGCUGGCAAAUCGAAUUGUUACGUAACGUAACGUAUUAAAAUGUGCCAGA-AG
---(((..((..(((((((....))))))).(((((((((........))))))))).......)).)))(((((.....((((((((((...))))))).)))......)))))..-.. ( -36.40)
>DroPse_CAF1 247454 113 - 1
---G---UGCAAUAUUACGUAUACGUAAUACGUUUUGUGGCUUUCCAACCGCAAAACUAUUAAAGCAAGCAGGCAAAUCGAAUUGUUACGUUGAGUAACAUAUUAAAAUGUGCCAGG-AG
---.---(((..(((((((....))))))).(((((((((........))))))))).......)))....((((.....(((((((((.....)))))).)))......))))...-.. ( -33.10)
>DroSec_CAF1 138283 116 - 1
---GCUGGGCAAUAUUACGUAUACGUAAUACGUUUUGUGGCUUUCCAACCACAAAACUAUUAAAGCAAGCUGGCAAAUCGAAUUGUUACGUAACGUAACGUAUUAAAAUGUGCCAGA-AG
---(((..((..(((((((....))))))).(((((((((........))))))))).......)).)))(((((.....((((((((((...))))))).)))......)))))..-.. ( -36.80)
>DroEre_CAF1 138271 116 - 1
---GCUGGGCAAUAUUACGUAUACGUAAUACGUUUUGUGGCUUUCCGACCGCAAAACUAUUAAAGCAAGCUGGCAAAUCGAAUUGUUACGUAACGUAACGUAUUAAAAUGUGCCAGA-AG
---(((..((..(((((((....))))))).(((((((((........))))))))).......)).)))(((((.....((((((((((...))))))).)))......)))))..-.. ( -36.40)
>DroWil_CAF1 251918 116 - 1
GUCUCUCUGCAAUAUUACGUAUACGUAAUACGUUUUGUGGCUUUCUAACCGCAAAACUAUUAAAGCAAGCCGGCAAAUCGAAUUGUAACGUUUAGU----UAUCAAAAUUGUCCACACAG
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>DroPer_CAF1 246509 113 - 1
---G---UGCAAUAUUACGUAUACGUAAUACGUUUUGUGGCUUUCCAACCGCAAAACUAUUAAAGCAAGCAGGCAAAUCGAAUUGUUACGUUGAGUAACAUAUUAAAAUGUGCCAGG-AG
---.---(((..(((((((....))))))).(((((((((........))))))))).......)))....((((.....(((((((((.....)))))).)))......))))...-.. ( -33.10)
>consensus
___GCUGGGCAAUAUUACGUAUACGUAAUACGUUUUGUGGCUUUCCAACCGCAAAACUAUUAAAGCAAGCUGGCAAAUCGAAUUGUUACGUAAAGUAACGUAUUAAAAUGUGCCAGA_AG
.......(((..(((((((....))))))).(((((((((........)))))))))...........)))((((.....(((((((((.....)))))).)))......))))...... (-29.06 = -29.75 +   0.69)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	6,302,327 – 6,302,422
Length	95
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	78.57
Mean single sequence MFE	-32.45
Consensus MFE	-20.78
Energy contribution	-22.12
Covariance contribution	1.33
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-3.13
Structure conservation index	0.64
SVM decision value	2.03
SVM RNA-class probability	0.985973
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 6302327 95 + 22407834
CGAUUUGCCAGCUUGCUUUAAUAGUUUUGCGGUUGGAAAGCCACAAAACGUAUUACGUAUACGUAAUAUUGCCCAGC------CAGCAGG----CAAAGU-UGCCC--------------
...((((((.(((.(((......((((((.((((....)))).))))))((((((((....)))))))).....)))------.))).))----))))..-.....-------------- ( -35.10)
>DroPse_CAF1 247493 110 + 1
CGAUUUGCCUGCUUGCUUUAAUAGUUUUGCGGUUGGAAAGCCACAAAACGUAUUACGUAUACGUAAUAUUGCA---C------CAGCAGAUGCACAGAGG-ACGCCACACAAGAGACAGA
.....(((((((((((.......((((((.((((....)))).))))))((((((((....)))))))).)))---.------.)))))..)))......-................... ( -30.70)
>DroSec_CAF1 138322 96 + 1
CGAUUUGCCAGCUUGCUUUAAUAGUUUUGUGGUUGGAAAGCCACAAAACGUAUUACGUAUACGUAAUAUUGCCCAGC------CAGCAGG----CAAAGUCUGCCC--------------
.((((((((.(((.(((......(((((((((((....)))))))))))((((((((....)))))))).....)))------.))).))----).))))).....-------------- ( -39.60)
>DroEre_CAF1 138310 95 + 1
CGAUUUGCCAGCUUGCUUUAAUAGUUUUGCGGUCGGAAAGCCACAAAACGUAUUACGUAUACGUAAUAUUGCCCAGC------CAGCAGG----CAGAGU-UGGCC--------------
......((((((((((.......((((((.(((......))).))))))((((((((....)))))))).))...((------(....))----).))))-)))).-------------- ( -34.00)
>DroWil_CAF1 251954 90 + 1
CGAUUUGCCGGCUUGCUUUAAUAGUUUUGCGGUUAGAAAGCCACAAAACGUAUUACGUAUACGUAAUAUUGCAGAGAGACGAACUGCAGC------------------------------
....((((.((.(((((((....((((((.((((....)))).))))))((((((((....)))))))).....)))).))).)))))).------------------------------ ( -24.60)
>DroPer_CAF1 246548 110 + 1
CGAUUUGCCUGCUUGCUUUAAUAGUUUUGCGGUUGGAAAGCCACAAAACGUAUUACGUAUACGUAAUAUUGCA---C------CAGCAGAUGCACAGAGG-ACGCCACACAAGAGACAGA
.....(((((((((((.......((((((.((((....)))).))))))((((((((....)))))))).)))---.------.)))))..)))......-................... ( -30.70)
>consensus
CGAUUUGCCAGCUUGCUUUAAUAGUUUUGCGGUUGGAAAGCCACAAAACGUAUUACGUAUACGUAAUAUUGCACAGC______CAGCAGG____CAGAGU_UGGCC______________
............(((((......((((((.((((....)))).))))))((((((((....))))))))...............)))))............................... (-20.78 = -22.12 +   1.33)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	6,302,327 – 6,302,422
Length	95
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	78.57
Mean single sequence MFE	-34.22
Consensus MFE	-21.31
Energy contribution	-21.17
Covariance contribution	-0.14
Combinations/Pair	1.09
Mean z-score	-3.68
Structure conservation index	0.62
SVM decision value	2.24
SVM RNA-class probability	0.990975
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 6302327 95 - 22407834
--------------GGGCA-ACUUUG----CCUGCUG------GCUGGGCAAUAUUACGUAUACGUAAUACGUUUUGUGGCUUUCCAACCGCAAAACUAUUAAAGCAAGCUGGCAAAUCG
--------------(((((-....))----)))((..------(((..((..(((((((....))))))).(((((((((........))))))))).......)).)))..))...... ( -37.10)
>DroPse_CAF1 247493 110 - 1
UCUGUCUCUUGUGUGGCGU-CCUCUGUGCAUCUGCUG------G---UGCAAUAUUACGUAUACGUAAUACGUUUUGUGGCUUUCCAACCGCAAAACUAUUAAAGCAAGCAGGCAAAUCG
..(((((((((((((((((-......((((((....)------)---)))).....)))).))).(((((.(((((((((........))))))))))))))..))))).)))))..... ( -36.00)
>DroSec_CAF1 138322 96 - 1
--------------GGGCAGACUUUG----CCUGCUG------GCUGGGCAAUAUUACGUAUACGUAAUACGUUUUGUGGCUUUCCAACCACAAAACUAUUAAAGCAAGCUGGCAAAUCG
--------------((((((...)))----)))((..------(((..((..(((((((....))))))).(((((((((........))))))))).......)).)))..))...... ( -37.20)
>DroEre_CAF1 138310 95 - 1
--------------GGCCA-ACUCUG----CCUGCUG------GCUGGGCAAUAUUACGUAUACGUAAUACGUUUUGUGGCUUUCCGACCGCAAAACUAUUAAAGCAAGCUGGCAAAUCG
--------------(((..-.....)----))(((..------(((..((..(((((((....))))))).(((((((((........))))))))).......)).)))..)))..... ( -34.90)
>DroWil_CAF1 251954 90 - 1
------------------------------GCUGCAGUUCGUCUCUCUGCAAUAUUACGUAUACGUAAUACGUUUUGUGGCUUUCUAACCGCAAAACUAUUAAAGCAAGCCGGCAAAUCG
------------------------------(((((((.........))))..(((((((....))))))).(((((((((........)))))))))......))).............. ( -24.10)
>DroPer_CAF1 246548 110 - 1
UCUGUCUCUUGUGUGGCGU-CCUCUGUGCAUCUGCUG------G---UGCAAUAUUACGUAUACGUAAUACGUUUUGUGGCUUUCCAACCGCAAAACUAUUAAAGCAAGCAGGCAAAUCG
..(((((((((((((((((-......((((((....)------)---)))).....)))).))).(((((.(((((((((........))))))))))))))..))))).)))))..... ( -36.00)
>consensus
______________GGCCA_ACUCUG____CCUGCUG______GCUGGGCAAUAUUACGUAUACGUAAUACGUUUUGUGGCUUUCCAACCGCAAAACUAUUAAAGCAAGCUGGCAAAUCG
................................((((...........(((..(((((((....))))))).(((((((((........)))))))))...........)))))))..... (-21.31 = -21.17 +  -0.14)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:25:14 2006