Locus 2300

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	6,220,171 – 6,220,332
Length	161
Max. P	0.998196

overview

Window 2

Location	6,220,171 – 6,220,270
Length	99
Sequences	6
Columns	105
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	76.09
Mean single sequence MFE	-24.00
Consensus MFE	-8.29
Energy contribution	-9.23
Covariance contribution	0.95
Combinations/Pair	1.06
Mean z-score	-2.52
Structure conservation index	0.35
SVM decision value	0.66
SVM RNA-class probability	0.813930
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 6220171 99 + 22407834
AAGGCAAAAGCAAACAGCAAAACCAAAGUGAAGCAUGAGCAAUCUGCAAUGAAUUGCACAAAUUCUAUAUGC-----ACA-UAUAUGUGCAUGAUGGUUGGUUUU
.........((.....))((((((((......(((.((....)))))...(((((.....)))))..(((((-----(((-....))))))))....)))))))) ( -24.40)
>DroSec_CAF1 56787 104 + 1
AAGGCAAAAGCAAACAGCAAAACCAAAGUGAAGCAUGAGCAAUCUGCAAUGAAUUGCACAAAUGCUAUAUGCUGUAUGUA-UAUAUGUGCAUGAUGGUUGGUUUU
.........((.....))((((((((.....((((((((((...(((((....)))))....)))).)))))).((((((-(....)))))))....)))))))) ( -27.00)
>DroSim_CAF1 68410 104 + 1
AAGGCAAAAGCAAACAGCAAAACCAAAGUGAAGCAUGAGCAAUCUGCAAUGAAUUGCACAAAUGCUCUAUGCUAUAUGUA-UGUAUGUGCAUGAUGGUUGGUUUU
.........((.....))((((((((.....((((((((((...(((((....)))))....))))).))))).((((((-(....)))))))....)))))))) ( -29.50)
>DroEre_CAF1 55434 97 + 1
AAGGCAAAAGCAAACAGCAAAACCAAAGUGAAGCAUGAGCAAUCUGCAAUGCAUUGCACAAAUGCCA-------UGUGUA-UGUAUUUGCAUGAUGGUUGGUUUU
.........((.....))(((((((..(..(.((((..((.....)).)))).)..)......((((-------((((((-......))))).)))))))))))) ( -25.00)
>DroYak_CAF1 68168 89 + 1
AAGGCAAAAGCAAACAGCAAAACCAAAGUGAAGCAUGAGCAAUG--CACUAU-------AUGUACAA-------UGUGUACUAUAUGUGCAUGAUGGUUGGUUUU
.........((.....))((((((((......((....)).(((--((((((-------(.((((..-------...)))))))).)))))).....)))))))) ( -22.90)
>DroAna_CAF1 27788 82 + 1
AUGGCGAAAGUAAACAGCACAACCAAACUGGAGCCAAAGCUAUUUGCGAUGCAUGGCACAAAUGCUAUA-----------------------AAUUCUUGUUUUU
...((....))(((((((((..((.....)).......((.....))).)))((((((....)))))).-----------------------......))))).. ( -15.20)
>consensus
AAGGCAAAAGCAAACAGCAAAACCAAAGUGAAGCAUGAGCAAUCUGCAAUGAAUUGCACAAAUGCUAUA_____U_UGUA_UAUAUGUGCAUGAUGGUUGGUUUU
...((....)).......((((((((......((....))....(((((....))))).......................................)))))))) ( -8.29 =  -9.23 +   0.95)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	6,220,197 – 6,220,307
Length	110
Sequences	6
Columns	116
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	75.53
Mean single sequence MFE	-30.97
Consensus MFE	-14.39
Energy contribution	-16.37
Covariance contribution	1.98
Combinations/Pair	1.21
Mean z-score	-3.51
Structure conservation index	0.46
SVM decision value	3.03
SVM RNA-class probability	0.998196
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 6220197 110 + 22407834
AGUGAAGCAUGAGCAAUCUGCAAUGAAUUGCACAAAUUCUAUAUGC-----ACA-UAUAUGUGCAUGAUGGUUGGUUUUGGCCAAAAUAAAUAUGAUCAAAGCUGAUUAUUUACAG
.((((((((.((....)))))...(((((.....)))))..(((((-----(((-....)))))))).((((..((((((..((.........))..))))))..))))))))).. ( -30.60)
>DroSec_CAF1 56813 115 + 1
AGUGAAGCAUGAGCAAUCUGCAAUGAAUUGCACAAAUGCUAUAUGCUGUAUGUA-UAUAUGUGCAUGAUGGUUGGUUUUGGCCAAAAUAAAUUUGAUCAAAGCUGAUUAUUUACAG
.((((((((((((((...(((((....)))))....)))).)))))).((((((-(....)))))))(((((..((((((..((((.....))))..))))))..))))))))).. ( -35.50)
>DroSim_CAF1 68436 115 + 1
AGUGAAGCAUGAGCAAUCUGCAAUGAAUUGCACAAAUGCUCUAUGCUAUAUGUA-UGUAUGUGCAUGAUGGUUGGUUUUGGCCAAAAUGAAUUUGAUCAAAGCUGAUUAUUUACAG
.((((((((((((((...(((((....)))))....))))).))))).((((((-(....)))))))(((((..((((((..((((.....))))..))))))..))))))))).. ( -38.00)
>DroEre_CAF1 55460 108 + 1
AGUGAAGCAUGAGCAAUCUGCAAUGCAUUGCACAAAUGCCA-------UGUGUA-UGUAUUUGCAUGAUGGUUGGUUUUGGCCAAAAUAAAUUUGAUCAAAGCUGAUUAUUUACAG
.(((((((....)).(((((((((((((.(((((.......-------))))))-)))).))))).)))(((..((((((..((((.....))))..))))))..))).))))).. ( -32.40)
>DroYak_CAF1 68194 100 + 1
AGUGAAGCAUGAGCAAUG--CACUAU-------AUGUACAA-------UGUGUACUAUAUGUGCAUGAUGGUUGGUUUUGGCCAAAAUAAAUUUGAUCAAAGCUGAUUAUUUACAG
.(((((((....)).(((--((((((-------(.((((..-------...)))))))).))))))..((((..((((((..((((.....))))..))))))..))))))))).. ( -31.70)
>DroAna_CAF1 27814 89 + 1
ACUGGAGCCAAAGCUAUUUGCGAUGCAUGGCACAAAUGCUAUA-----------------------AAUUCUUGUUUUUGGACAAA----AAUUGAUCAAAGCAUUUUGUUUGCAC
............((.....))..((((.((((.(((((((...-----------------------((((.(((((....))))).----))))......))))))))))))))). ( -17.60)
>consensus
AGUGAAGCAUGAGCAAUCUGCAAUGAAUUGCACAAAUGCUAUA_____U_UGUA_UAUAUGUGCAUGAUGGUUGGUUUUGGCCAAAAUAAAUUUGAUCAAAGCUGAUUAUUUACAG
.(((((((((..((((((......).)))))....)))).............................((((..((((((..((((.....))))..))))))..))))))))).. (-14.39 = -16.37 +   1.98)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	6,220,236 – 6,220,332
Length	96
Sequences	6
Columns	107
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	80.38
Mean single sequence MFE	-28.40
Consensus MFE	-17.52
Energy contribution	-19.05
Covariance contribution	1.53
Combinations/Pair	1.04
Mean z-score	-2.87
Structure conservation index	0.62
SVM decision value	1.36
SVM RNA-class probability	0.946102
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 6220236 96 + 22407834
UAUAUGC-----ACA-UAUAUGUGCAUGAUGGUUGGUUUUGGCCAAAAUAAAUAUGAUCAAAGCUGAUUAUUUACAGAGGGCAGCC-----GGAGUUGUUGACCCAA
..(((((-----(((-....))))))))(((((..((((((..((.........))..))))))..))))).......(((((((.-----......)))).))).. ( -29.60)
>DroVir_CAF1 45451 90 + 1
------------AUAACAUAUGG-C--AAUGUUUUG--UUGGUCAAAAUAGAUUUGAUCUAAGCUGAUUAUUUGCAUUGGCCAGCCAGGGCAAAGCAUUUGACCCAA
------------.........((-(--((....)))--))(((((((.......(((((......)))))(((((.((((....)))).)))))...)))))))... ( -22.80)
>DroSec_CAF1 56852 101 + 1
UAUAUGCUGUAUGUA-UAUAUGUGCAUGAUGGUUGGUUUUGGCCAAAAUAAAUUUGAUCAAAGCUGAUUAUUUACAGAGGGCAGCC-----GGAGUUGUUGACCCAA
......(((((((((-(....))))).((((((..((((((..((((.....))))..))))))..))))))))))).(((((((.-----......)))).))).. ( -31.00)
>DroSim_CAF1 68475 101 + 1
UCUAUGCUAUAUGUA-UGUAUGUGCAUGAUGGUUGGUUUUGGCCAAAAUGAAUUUGAUCAAAGCUGAUUAUUUACAGAGGGCAGCC-----GGAGUUGUUGACCCAA
((((((((((((...-.))))).))))((((((..((((((..((((.....))))..))))))..))))))...)))(((((((.-----......)))).))).. ( -29.90)
>DroEre_CAF1 55499 94 + 1
CA-------UGUGUA-UGUAUUUGCAUGAUGGUUGGUUUUGGCCAAAAUAAAUUUGAUCAAAGCUGAUUAUUUACAGAGGGCAGCC-----AGAGCUGUUGACCCAA
..-------.(((((-......)))))((((((..((((((..((((.....))))..))))))..))))))......(((((((.-----......)))).))).. ( -27.10)
>DroYak_CAF1 68224 95 + 1
AA-------UGUGUACUAUAUGUGCAUGAUGGUUGGUUUUGGCCAAAAUAAAUUUGAUCAAAGCUGAUUAUUUACAGAGGGCAGCC-----AGAGUUGUUGACCCAA
..-------.((((((.....))))))((((((..((((((..((((.....))))..))))))..))))))......(((((((.-----......)))).))).. ( -30.00)
>consensus
UA_______U_UGUA_UAUAUGUGCAUGAUGGUUGGUUUUGGCCAAAAUAAAUUUGAUCAAAGCUGAUUAUUUACAGAGGGCAGCC_____AGAGUUGUUGACCCAA
....................((((...((((((..((((((..((((.....))))..))))))..))))))))))..(((((((............)))).))).. (-17.52 = -19.05 +   1.53)

alignment

secondary structure

dotplot

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