Locus 2287

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 6,179,276 – 6,179,383
Length 107
Max. P 0.992071
window3673

overview

Window 3

Location 6,179,276 – 6,179,383
Length 107
Sequences 5
Columns 110
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 96.12
Mean single sequence MFE -44.30
Consensus MFE -40.54
Energy contribution -40.54
Covariance contribution -0.00
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -1.84
Structure conservation index 0.92
SVM decision value 2.31
SVM RNA-class probability 0.992071
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 6179276 107 - 22407834
CACUCGCGCUGCGCGGAUUGCGUAU--CCGUAUCUGUCGGAUCUCUUGGCGAUUGGCUGCCAGCCGAUUAAGCCUGAGAUGGGU-AACUGCGUUGAUUCGCGACCGCGUU
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>DroSec_CAF1 15601 107 - 1
CACUCGCGCUGCGCGGAUUGCGUAU--CCGUAUCUGUCGGAUCUCGUGGCGAUUGGCUGCCAGCCGAUUAAGCCUGAGAUGGGU-AGCUGCGUUGAUUCGCGACCGCGUU
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>DroSim_CAF1 25061 109 - 1
CACUCGCGCUGCGCGGAUUGCGUAUCUCCGUAUCUGUCGGAUCUCGUGGCGAUUGGCUGCCAGCCGAUUAAGCCUGAGAUGGGU-AACUGCGUUGAUUCGCGACCGCGUU
..........((((((.(((((.(((..((((..(..(.(.(((((.((((((((((.....)))))))..))))))))).)..-)..))))..))).))))))))))). ( -45.30)
>DroEre_CAF1 15420 107 - 1
CACUCGCGCUGCGCGGAUUGCGUAU--CCGUAUCUGUCGGAUCUCUUGGCGAUUGGCUGCCAGCCGAUUAAGCCUGAGAUGGGU-AACUGCGAUGAUUCGCGACCGCGAU
...(((((...((((((((((((((--(((.......))))((((..((((((((((.....)))))))..))).)))).....-...)))).)))))))))..))))). ( -44.40)
>DroYak_CAF1 26441 108 - 1
CACUCGCGCUGCGCGGAUUGCGUAU--CCGUAUCUGUCGGAUCUCUGGGCGAUUGGCUGCCAGCCGAUUAAGCCUGAGAUGGAAAAACUGCGUUGAUUCGCGACCGCGUU
....((((...((((((((((((((--(((.......))))((((.(((((((((((.....)))))))..)))))))).........)))).)))))))))..)))).. ( -43.40)
>consensus
CACUCGCGCUGCGCGGAUUGCGUAU__CCGUAUCUGUCGGAUCUCUUGGCGAUUGGCUGCCAGCCGAUUAAGCCUGAGAUGGGU_AACUGCGUUGAUUCGCGACCGCGUU
....((((...(((((((((((((...(((.......)))(((((..((((((((((.....)))))))..))).)))))........)))).)))))))))..)))).. (-40.54 = -40.54 +  -0.00)

alignment

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secondary structure

Postscript

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