Locus 2245

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 6,128,303 – 6,128,420
Length 117
Max. P 0.778747
window3601

overview

Window 1

Location 6,128,303 – 6,128,420
Length 117
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 76.16
Mean single sequence MFE -52.37
Consensus MFE -24.44
Energy contribution -27.28
Covariance contribution 2.84
Combinations/Pair 1.23
Mean z-score -2.07
Structure conservation index 0.47
SVM decision value 0.55
SVM RNA-class probability 0.778747
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 6128303 117 + 22407834
GGGCAGCCACUUGUCCGGCUGCGGUCUGCCCAGAUGGGAGACGAACACC---UUGGUCACAUCCUCCAGCUGGGUGCAGUUGUGGGGCAGCAGCAGGCUCCAUAUCUGGGCCUGCAAGCC
((((((....)))))).(((((.((((.(((....))))))).......---..........((..((((((....))))))..))))))).((((((.(((....)))))))))..... ( -53.20)
>DroVir_CAF1 4334 117 + 1
UGGCAGCCAUUUAUCCGGCUGCGGUCUGCCCAGCUGCGAGACAAACACC---UUUCCCAGUUCAUCGAGCCGCGUGCAAUUUUGGGGCAGCAACUGUUGCCAAAUGUGCGACUGCAACUG
..((((((........))))))((..((...(((((.((((........---)))).)))))...))..))(((((((...((..((((((....)))))).))..))).)).))..... ( -38.70)
>DroPse_CAF1 6661 117 + 1
GGGGAUCCAGCUCUCCGGGUGCGGUCUUCCCAGCUGUGACACAAAGACU---UGGGUCAUCUCGUCCAGGCUGCUGCAGUUGUGGGGCAGCAGCUUCUUCCAGAUCUCGGCCUGGAGGCU
((....))(((.(((((((((.(((((......(((.(((.....(((.---...))).....))))))((((((((.........)))))))).......))))).).))))))))))) ( -45.70)
>DroSim_CAF1 395 117 + 1
GGGCAGCCACUUGUCCGGCCGCGGUCUGCCCAGAUGGGAGACCAACACC---UUGGUCACGUCCUCCAGCUGGGUGCAGUUGUGGGGCAGUAGCAGGCUCCAUAUCUGCGCCUGCAAGCU
((((((((.(..........).)).)))))).((((...((((((....---)))))).))))....((((((((((((.((((((((........)))))))).))))))))...)))) ( -53.90)
>DroYak_CAF1 359 117 + 1
GGGCAGCCACUUGUCCGGCUCCGGUCUGCCCAGCUGGGAGACGAACAUC---UUGGCCACGUCCUCCAGCUGGGUGCAGUUGUGGGGCAACAGCAUGCUCCAUAUCUGGGCCUGCAAGUC
..((((((....(.(((....))).).((((((((((..((((......---.......))))..)))))))))).(((.(((((((((......))))))))).))))).))))..... ( -57.72)
>DroMoj_CAF1 4316 120 + 1
CGGCAGCCAUUUAUCCAGCUGCGGUCUACCUAGCUGGGAGACGAACACCAGCUGAGCCACUUGCUCCAGCUGGGUGCAGUUGGGUGGCAGCAGUUGGCGCCAAAUGGCCUGCUGCAGCUG
((((((((((((..((((((((.(.((((((((((((....)..((.((((((((((.....))).))))))))).)))))))))))).))))))))....)))))).))))))...... ( -65.00)
>consensus
GGGCAGCCACUUGUCCGGCUGCGGUCUGCCCAGCUGGGAGACGAACACC___UUGGCCACGUCCUCCAGCUGGGUGCAGUUGUGGGGCAGCAGCAGGCUCCAUAUCUGCGCCUGCAAGCC
..((((((........)))))).....((((((((.((((.......................))))))))))))((((.((((((((........)))))))).......))))..... (-24.44 = -27.28 +   2.84)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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