Locus 2130

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 5,750,480 – 5,750,573
Length 93
Max. P 0.576727
window3441

overview

Window 1

Location 5,750,480 – 5,750,573
Length 93
Sequences 6
Columns 111
Reading direction forward
Mean pairwise identity 82.48
Mean single sequence MFE -35.85
Consensus MFE -24.24
Energy contribution -24.55
Covariance contribution 0.31
Combinations/Pair 1.24
Mean z-score -1.68
Structure conservation index 0.68
SVM decision value 0.09
SVM RNA-class probability 0.576727
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 5750480 93 + 22407834
CAACGCAAAGGAUAACGGCCAUCUGCAC------------GCAGCAGUGACGAGGAUUCGCCGAGUCCUCUGCC---AGAGAUGCGUCUCCUGGUGCGUUU--GU-UUUGA
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>DroSec_CAF1 26451 93 + 1
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>DroSim_CAF1 22226 93 + 1
CAACGCAAAGGAUAACGGCCAUCUGCAG------------GCAGCAGUGACGAGGAUUCGCCGAGUCCUCUGCC---GGAGAUGCGUCUCCUGGUGCGUUU--GU-UUUGA
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>DroEre_CAF1 23184 92 + 1
CAACGCAAAGGAUAACGGCCAUCUGCAG------------GCAGCAGUGACGAGGAUUCGCAGAGUCCUCUGCC---GGAGAUGCGUCUCUUGGUGCGUUU--GU--UUGA
.((((((.((((....((((((((.(.(------------((((......)((((((((...))))))))))))---).))))).)))))))..)))))).--..--.... ( -33.40)
>DroYak_CAF1 23050 92 + 1
CAACGCAAAGGAUAACGGCCAUCUGCAG------------GCAGCAGUGACGAGGAUACGCAGAGUCCUCUGCC---GGAGAUGCGUCUCCUGGUGCGUUU--GU--UUGA
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>DroPer_CAF1 39929 109 + 1
CACCGCGAAGGCUAAUGGCCGUUUGUGUGUGUUUGGAUUGGGAUCCUUCCAGGGGAAUCGCAACUUCCUCUGCGGCGGGAUAUGCGU--CGUGGUGCGUUUUUGUUUUCGA
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>consensus
CAACGCAAAGGAUAACGGCCAUCUGCAG____________GCAGCAGUGACGAGGAUUCGCAGAGUCCUCUGCC___GGAGAUGCGUCUCCUGGUGCGUUU__GU_UUUGA
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