| Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 5,338,027 – 5,338,136 |
| Length | 109 |
| Max. P | 0.922906 |
| Location | 5,338,027 – 5,338,136 |
|---|---|
| Length | 109 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 88.36 |
| Mean single sequence MFE | -41.92 |
| Consensus MFE | -32.35 |
| Energy contribution | -32.72 |
| Covariance contribution | 0.37 |
| Combinations/Pair | 1.17 |
| Mean z-score | -3.66 |
| Structure conservation index | 0.77 |
| SVM decision value | 1.15 |
| SVM RNA-class probability | 0.922906 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 5338027 109 - 22407834 --GGCGAUAACGAAUCGCCAUCGAUGUUGGGC-GCUUGAGAGGUCCAAAUAUUUGGCAAC------GGUUCACAGUUUGUGAUCAUCGAGCGCUCGAAUCGGA--GGAGACAUAUGUAAA --((((((.....)))))).(((((.((((((-((((((..(((((((((..(((....)------))......))))).)))).))))))))))))))))).--(....)......... ( -43.20) >DroSec_CAF1 7863 108 - 1 --GGCGAUAACGAAUCGCCAGCGAUGUUGGGC-GCUUGAGAGGUCCAAAUAUUUGGCAAC------GGUUCACAGUUUGUGAUCAUCGAGCGCUCGAAUCGGA--GGAGACGUAUGUA-A --((((((.....))))))..((((.((((((-((((((..(((((((((..(((....)------))......))))).)))).))))))))))))))))..--(....).......-. ( -42.60) >DroSim_CAF1 8071 109 - 1 --GGCGAUAACGAAUCGCCAGCGAUGUUGGGC-GCUUGAGAGGUCCAAAUAUUUGGCAAC------GGUUCACAGUUUGUAAUCAUCGAGCGCUCGAAUCGGA--GGAGACGUAUUUAAA --((((((.....))))))..((((.((((((-(((((((..(.((((....)))))..)------((((.((.....)))))).))))))))))))))))..--(....)......... ( -38.30) >DroEre_CAF1 7985 107 - 1 --GGCGAUAACGAAUCGCCACCGAUGUUGGGC-GCUUGAGAGGUCCAAAUAUUUGGCAAC------GGUUC--AGUUUGUGAUCAUCGAGCGCUCGAAUCGGA--GGAGACGUAUGUAAA --((((((.....)))))).(((((.((((((-((((((..(((((((((..(((....)------))...--.))))).)))).))))))))))))))))).--(....)......... ( -47.30) >DroYak_CAF1 8246 108 - 1 --GGCGAUAACGAAUCGCCACCGAUGUUGGGUGGCUUGAGAGGUCCAAAUAUUUGGCAAC------GGUUC--AGUUUGUGAUCAUCGAGCGCUCGAAUCGGA--GGAGACGUAUGUAAA --((((((.....)))))).(((((.(((((((.(((((..(((((((((..(((....)------))...--.))))).)))).))))))))))))))))).--(....)......... ( -41.60) >DroAna_CAF1 7988 112 - 1 GAGGCGAUAAC-----GCCAACGAUUUUGGGC-GCCUAUGAUGUCCAAAUAUUUGGCAACGUCAACGGCUC--AGUUUGUGAUCAACACGCGCCCAAAACGGAGAGGAGACGUAUGUAAA ..((((....)-----)))..((.((((((((-(((..((((((((((....))))..))))))..)))..--.((.(((.....))).))))))))))))....(....)......... ( -38.50) >consensus __GGCGAUAACGAAUCGCCACCGAUGUUGGGC_GCUUGAGAGGUCCAAAUAUUUGGCAAC______GGUUC__AGUUUGUGAUCAUCGAGCGCUCGAAUCGGA__GGAGACGUAUGUAAA ..((((((.....))))))..((((.((((((.((((((..(((((((((....(((..........)))....))))).)))).))))))))))))))))....(....)......... (-32.35 = -32.72 + 0.37)
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