Locus 1951

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 5,266,306 – 5,266,416
Length 110
Max. P 0.993187
window3158 window3159

overview

Window 8

Location 5,266,306 – 5,266,416
Length 110
Sequences 5
Columns 110
Reading direction forward
Mean pairwise identity 89.09
Mean single sequence MFE -29.26
Consensus MFE -21.49
Energy contribution -21.17
Covariance contribution -0.32
Combinations/Pair 1.19
Mean z-score -2.46
Structure conservation index 0.73
SVM decision value 1.09
SVM RNA-class probability 0.913072
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 5266306 110 + 22407834
CUAUUGAUUUUACAGAACUCAAUUGUUCCGAUCACUGAGUUCUAAUCAGUAUUCGUCAUUUAUAGAUCGGAGCUUAAUCUGAGAGGUAUUGGAACCUCUGACCGGAAUAU
..((((((((....))).)))))(((((((.((..(((((((..(((.(((.........))).)))..))))))).....((((((......)))))))).))))))). ( -29.90)
>DroSec_CAF1 43009 110 + 1
CUAUUGAUUUUACAGAACUCAAUUGUUCCGAUCACUGAGUUCUAAUCAGCUUCGGUCAUUUGUAGAUCGGAGCUUAAUCUGAGAGGUAUUGGAACCUCUGGCCGGAAUAU
..((((((((....))).)))))(((((((..((..(.((((((((.((((((((((.......))))))))))....((....)).)))))))))..))..))))))). ( -34.70)
>DroSim_CAF1 47645 110 + 1
CUAUUGAUUUUACAGAACUCAAUUGUUCCGAUCACUGAGUUCUAAUCAGCUUCGGUCAUUUAUAGAUCGGAGCUUAAUCUGAGAGGUAUUGGAACCUCUUACCGGAAUAU
....(((((....((((((((..((.......)).)))))))))))))(((((((((.......)))))))))....((((((((((......))))))...)))).... ( -33.60)
>DroEre_CAF1 36325 109 + 1
GUAUUGAUUUUACAAAACUCAAUUAGU-CGAUCACUGAGUUUUAAUCAGCAUCUGCCAUUUACAGAUCAGAGCUUAAUCUGAAAGGUACUGGUACCUCUAGCCGGAAUAU
...((((((....((((((((......-.......))))))))))))))..((((.(.........(((((......))))).(((((....)))))...).)))).... ( -21.42)
>DroYak_CAF1 45456 110 + 1
AUAUUGAUUUUACAAAACUCAAUUGUUCCGAUCACUGAGUUCUAAUCAGUAUUCGGCAUUUAUAGAUCAGAGCUUGAUCUGGAAGGUAUUAGAACCUCUAGUCGGAAUAU
..(((((.((.....)).)))))((((((((.....(((((((.(((.(((.........))).))).)))))))...(((((.(((......)))))))))))))))). ( -26.70)
>consensus
CUAUUGAUUUUACAGAACUCAAUUGUUCCGAUCACUGAGUUCUAAUCAGCAUCCGUCAUUUAUAGAUCGGAGCUUAAUCUGAGAGGUAUUGGAACCUCUAGCCGGAAUAU
..((((((((....))).)))))(((((((.....((((((((.(((.................))).)))))))).....((((((......))))))...))))))). (-21.49 = -21.17 +  -0.32)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 9

Location 5,266,306 – 5,266,416
Length 110
Sequences 5
Columns 110
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 89.09
Mean single sequence MFE -27.60
Consensus MFE -22.84
Energy contribution -22.36
Covariance contribution -0.48
Combinations/Pair 1.23
Mean z-score -2.46
Structure conservation index 0.83
SVM decision value 2.38
SVM RNA-class probability 0.993187
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 5266306 110 - 22407834
AUAUUCCGGUCAGAGGUUCCAAUACCUCUCAGAUUAAGCUCCGAUCUAUAAAUGACGAAUACUGAUUAGAACUCAGUGAUCGGAACAAUUGAGUUCUGUAAAAUCAAUAG
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>DroSec_CAF1 43009 110 - 1
AUAUUCCGGCCAGAGGUUCCAAUACCUCUCAGAUUAAGCUCCGAUCUACAAAUGACCGAAGCUGAUUAGAACUCAGUGAUCGGAACAAUUGAGUUCUGUAAAAUCAAUAG
...........((((((......))))))..((((.((((.((.((.......)).)).))))...(((((((((((..........)))))))))))...))))..... ( -28.80)
>DroSim_CAF1 47645 110 - 1
AUAUUCCGGUAAGAGGUUCCAAUACCUCUCAGAUUAAGCUCCGAUCUAUAAAUGACCGAAGCUGAUUAGAACUCAGUGAUCGGAACAAUUGAGUUCUGUAAAAUCAAUAG
...........((((((......))))))..((((.((((.((.((.......)).)).))))...(((((((((((..........)))))))))))...))))..... ( -28.80)
>DroEre_CAF1 36325 109 - 1
AUAUUCCGGCUAGAGGUACCAGUACCUUUCAGAUUAAGCUCUGAUCUGUAAAUGGCAGAUGCUGAUUAAAACUCAGUGAUCG-ACUAAUUGAGUUUUGUAAAAUCAAUAC
......((((.(((((((....)))))))((((......))))((((((.....))))))))))..(((((((((((.....-....)))))))))))............ ( -29.30)
>DroYak_CAF1 45456 110 - 1
AUAUUCCGACUAGAGGUUCUAAUACCUUCCAGAUCAAGCUCUGAUCUAUAAAUGCCGAAUACUGAUUAGAACUCAGUGAUCGGAACAAUUGAGUUUUGUAAAAUCAAUAU
.(((...((((.(((((......)))))..((((((.....)))))).......((((.((((((.......)))))).))))........))))..))).......... ( -23.10)
>consensus
AUAUUCCGGCCAGAGGUUCCAAUACCUCUCAGAUUAAGCUCCGAUCUAUAAAUGACCGAUGCUGAUUAGAACUCAGUGAUCGGAACAAUUGAGUUCUGUAAAAUCAAUAG
......((((.((((((......)))))).(((((.......))))).............))))..(((((((((((..........)))))))))))............ (-22.84 = -22.36 +  -0.48)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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