Locus 1947

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 5,260,501 – 5,260,620
Length 119
Max. P 0.999893
window3153

overview

Window 3

Location 5,260,501 – 5,260,620
Length 119
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 97.38
Mean single sequence MFE -33.02
Consensus MFE -32.71
Energy contribution -33.02
Covariance contribution 0.31
Combinations/Pair 1.05
Mean z-score -2.18
Structure conservation index 0.99
SVM decision value 4.42
SVM RNA-class probability 0.999893
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 5260501 119 - 22407834
AAGAUUUAUUGACAUAAUGAAGACUAAUUCGCGCGUCUGUGGCCGAGCAUUUUGACAAUUAUUUAUGUUGUAUUAAGUUGUUUGGCGGCAGCGCGUGUAACGAUGUAAUUAAUUGCCAU-
..(((((((((.......(((......)))(((((.((((.(((((((((((..(((((.......)))))...))).)))))))).)))))))))....))))).)))).........- ( -35.60)
>DroPse_CAF1 38583 120 - 1
AAGAUUUAUUGACAUAAUGAAGACUAAUUCGCGCGUCUGUGGCCGCACAUUUUGACAAUUAUUUAUGUUGUAUUAAGUUGUUUGGCGGCUGCGCGUGUAACGAUGUAAUUAAUUGCCAUU
..(((((((((.......(((......)))((((((..(..(((((((((((..(((((.......)))))...))).)))...)))))..)))))))..))))).)))).......... ( -28.50)
>DroSim_CAF1 38815 119 - 1
AAGAUUUAUUGACAUAAUGAAGAAUAAUUCGCGCGUCUGUGGCCGAGCAUUUUGACAAUUAUUUAUGUUGUAUUAAGUUGUUUGGCGGCAGCGCGUGGAACGAUGUAAUUAAUUGCCAU-
..(((((((((.(.....)........((((((((.((((.(((((((((((..(((((.......)))))...))).)))))))).)))))))))))).))))).)))).........- ( -37.00)
>DroYak_CAF1 39509 119 - 1
AAGAUUUAUUGACAUAAUGAAGACUAAUUCGCGCGUCUGUGGCCGAGCAUUUUGACAAUUAUUUAUGUUGUAUUAAGUUGUUUGGCGGCAGCGCGUGUAACGAUGUAAUUAAUUGCCAU-
..(((((((((.......(((......)))(((((.((((.(((((((((((..(((((.......)))))...))).)))))))).)))))))))....))))).)))).........- ( -35.60)
>DroAna_CAF1 18765 119 - 1
AAGAUUUAUUGACAUAAUGAAGACUAAUUCGCGCGUCUGUGGUCGAGCAUUUUGACAAUUAUUUAUGUUGUAUUAAGUUGUUUGGCGGCAGCGCGUGUAACGAUGUAAUUAAUUGCCAU-
..(((((((((.......(((......)))(((((.((((.(((((((((((..(((((.......)))))...))).)))))))).)))))))))....))))).)))).........- ( -32.90)
>DroPer_CAF1 38658 120 - 1
AAGAUUUAUUGACAUAAUGAAGACUAAUUCGCGCGUCUGUGGCCGCACAUUUUGACAAUUAUUUAUGUUGUAUUAAGUUGUUUGGCGGCUGCGCGUGUAACGAUGUAAUUAAUUGCCAUU
..(((((((((.......(((......)))((((((..(..(((((((((((..(((((.......)))))...))).)))...)))))..)))))))..))))).)))).......... ( -28.50)
>consensus
AAGAUUUAUUGACAUAAUGAAGACUAAUUCGCGCGUCUGUGGCCGAGCAUUUUGACAAUUAUUUAUGUUGUAUUAAGUUGUUUGGCGGCAGCGCGUGUAACGAUGUAAUUAAUUGCCAU_
..(((((((((.......(((......)))(((((.((((.(((((((((((..(((((.......)))))...))).)))))))).)))))))))....))))).)))).......... (-32.71 = -33.02 +   0.31)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:15:42 2006