| Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 5,188,267 – 5,188,360 |
| Length | 93 |
| Max. P | 0.872637 |
| Location | 5,188,267 – 5,188,360 |
|---|---|
| Length | 93 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 98 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 78.73 |
| Mean single sequence MFE | -24.88 |
| Consensus MFE | -16.05 |
| Energy contribution | -16.28 |
| Covariance contribution | 0.23 |
| Combinations/Pair | 1.29 |
| Mean z-score | -1.86 |
| Structure conservation index | 0.65 |
| SVM decision value | 0.88 |
| SVM RNA-class probability | 0.872637 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 5188267 93 - 22407834 UCUGACCAUGCAUAGCAUUCUGA--ACGGAAUGAGGGAUUAUUAGUACGGAUAGUUAUA---GACGUAGAUCUUAACCACUCACCGCUAUCAUGGUGA ....((((((.((((((((((..--..)))))(((((.(((....((((..((....))---..)))).....))))).)))...))))))))))).. ( -27.70) >DroSec_CAF1 65460 93 - 1 UCUGGCCAUGCAUAGCAUUCUGA--ACGGAAUGAGGGAUUAUUAGUACGGAUAGUUAUA---GACGUAGAUCUUAACCACUCACCGCUAUCAUGGUGA ....((((((.((((((((((..--..)))))(((((.(((....((((..((....))---..)))).....))))).)))...))))))))))).. ( -28.00) >DroSim_CAF1 38468 93 - 1 UCUGACCAUGCAUAGCAUUCUGA--ACGCAAUGAGGGAUUAUUAGUACGGAUAGUUAUA---GACGUAGAUCUUAACCACUCACCGCUAUCAUGGUGA ....((((((.(((((....((.--...)).((((((.(((....((((..((....))---..)))).....))))).))))..))))))))))).. ( -24.00) >DroEre_CAF1 67749 93 - 1 UCUGACCAUGCAUGGCAUUCUGA--ACGAAACAAAGGAUUAUGAGUAUGGGCAGCCAUA---GACCUAGGUCCCAACCACUCACCGCUAUCAUGGUGA ....((((((.((((((((((..--.........)))))..(((((.((((..(((.((---....)))))))))...)))))..))))))))))).. ( -27.10) >DroWil_CAF1 73247 93 - 1 UCUGGCCAUGCAUAGCGUUCUA---UUGGGAUAAAGUUUAAUCAAUAA--CUAAUUAUAUUCAACUGCGACUUAAAUGACUUACGGCUAUCAUGGUAA ....((((((.(((((((((..---(((((....((((.(((..((((--....))))))).))))....)))))..))...)).))))))))))).. ( -17.10) >DroYak_CAF1 67220 95 - 1 UCUGACCAUGCAUAGCAUUCUGCAUACGGAUUAAAGAAUUAUGAGUACGGGCAACCAUG---GACGUAGAUCACAAACACUUACCGCUAUCAUGGUGA ....((((((.(((((..((((....)))).....((.(((((..((.((....)).))---..))))).)).............))))))))))).. ( -25.40) >consensus UCUGACCAUGCAUAGCAUUCUGA__ACGGAAUAAAGGAUUAUUAGUACGGAUAGUUAUA___GACGUAGAUCUUAACCACUCACCGCUAUCAUGGUGA ....((((((.(((((((((((....)))))).............((((...............)))).................))))))))))).. (-16.05 = -16.28 + 0.23)
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