Locus 1868

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 5,134,166 – 5,134,286
Length 120
Max. P 0.771841
window3007

overview

Window 7

Location 5,134,166 – 5,134,286
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 79.28
Mean single sequence MFE -45.07
Consensus MFE -22.37
Energy contribution -21.79
Covariance contribution -0.58
Combinations/Pair 1.48
Mean z-score -2.32
Structure conservation index 0.50
SVM decision value 0.53
SVM RNA-class probability 0.771841
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 5134166 120 - 22407834
CCUUCGGUUGCUGUGGACCCAUAGCACUUCUCGCCCAGCUCAACGGUGCUAUUUAGAAGCUGAGUAGCUGUUGGCUGCUGGGCCAGAAGCUCCUGGAUGACCACUUGUUUCUUGAGAAGA
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>DroVir_CAF1 50692 120 - 1
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>DroGri_CAF1 42479 120 - 1
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>DroWil_CAF1 16943 120 - 1
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>DroMoj_CAF1 70284 120 - 1
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>DroAna_CAF1 18092 120 - 1
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>consensus
CCUUCGGUUGCUGUGGAACCAUAGCACUUCUCACCCAGCUCCACGGUGCUAUUCAGCAGCUGCGUGGCCGUGGGCUGCUGUGCCAGCAGCUCCUGGAUGACCAGUUGCUUCUUGAGCAGA
....................((((((((................))))))))..((((((((.((..(((..((((((((...))))))))..)))...))))))))))........... (-22.37 = -21.79 +  -0.58)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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