| Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 5,121,847 – 5,121,963 |
| Length | 116 |
| Max. P | 0.789066 |
| Location | 5,121,847 – 5,121,963 |
|---|---|
| Length | 116 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 86.67 |
| Mean single sequence MFE | -36.85 |
| Consensus MFE | -30.16 |
| Energy contribution | -29.72 |
| Covariance contribution | -0.44 |
| Combinations/Pair | 1.11 |
| Mean z-score | -2.25 |
| Structure conservation index | 0.82 |
| SVM decision value | 0.58 |
| SVM RNA-class probability | 0.789066 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 5121847 116 + 22407834 GCAAACGAAUCAAGUUGGUCAAUAUCAAUCCCGCAGAUCUGGUGGAUGGGAGACCACCAGUUGUGUUGGGCUUGAUAUGGACGAUCAUCUUGUACUUCCAGGUAAGCAUGCCUUAU---- ......(((.((((.(((((.(((((((.((((((.(.(((((((........))))))).).)).)))).)))))))....))))).))))...))).(((((....)))))...---- ( -40.40) >DroVir_CAF1 38245 118 + 1 GCAAACGCAUCAAAUUGGUCAAUAUUAAUCCCGCAGAUCUGGUGGAUGGGAGACCACCAGUUGUGUUGGGUCUGAUAUGGACGAUCAUAUUGUACUUCCAGGUGAG--UUAGAAUCCUAA ((....)).........(((.((((((..((((((.(.(((((((........))))))).).)).))))..)))))).)))(((..((...((((....))))..--.))..))).... ( -33.30) >DroGri_CAF1 29956 117 + 1 GCAAACGCAUCAAGUUGGUCAAUAUUAAUCCCGCAGAUCUGGUGGAUGGGAGACCACCAGUUGUGUUGGGUCUGAUAUGGACGAUCAUAUUGUACUUCCAGGUGAG--UUA-AACACUAU ...(((.((((..(.(.(((.((((((..((((((.(.(((((((........))))))).).)).))))..)))))).))).).)....((......)))))).)--)).-........ ( -33.20) >DroWil_CAF1 4426 116 + 1 GCAAACGCAUCAAAUUGGUCAAUAUUAACCCGGCAGAUCUGGUGGAUGGGAGACCACCAGUUGUGUUGGGUCUGAUAUGGACAAUUAUAUUGUACUUCCAGGUAAGAAAUGAAACA---- ((....)).........(((.((((((((((((((.(.(((((((........))))))).).)))))))).)))))).)))..((((.((.((((....)))).)).))))....---- ( -36.90) >DroMoj_CAF1 57847 120 + 1 GCAAACGUAUCAAAUUAGUCAAUAUUAAUCCCGCAGAUCUGGUGGAUGGGAGACCACCAGUUGUGCUGGGUCUGAUAUGGACGAUUAUAUUGUACUUCCAGGUGAGCAUUUCAGUACUGA .........(((.....(((.((((((..((((((.(.(((((((........))))))).).))).)))..)))))).))).........(((((.....(....).....)))))))) ( -34.50) >DroAna_CAF1 5751 116 + 1 GCAAACGGAUCAAGUUGGUCAAUAUUAAUCCCGCAGAUCUGGUGGAUGGGAGACCACCAGUUGUGCUGGGCUUGAUAUGGACGAUCAUCUUGUACUUCCAGGUAAUUAAUCCGAAA---- .....(((((((((.(((((.(((((((.((((((.(.(((((((........))))))).).))).))).)))))))....))))).))))((((....))))....)))))...---- ( -42.80) >consensus GCAAACGCAUCAAAUUGGUCAAUAUUAAUCCCGCAGAUCUGGUGGAUGGGAGACCACCAGUUGUGUUGGGUCUGAUAUGGACGAUCAUAUUGUACUUCCAGGUAAG_AUUACAAAA____ .................(((.((((((..((((((.(.(((((((........))))))).).))).)))..)))))).)))..........((((....))))................ (-30.16 = -29.72 + -0.44)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:13:16 2006