| Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 4,986,645 – 4,986,759 |
| Length | 114 |
| Max. P | 0.875320 |
| Location | 4,986,645 – 4,986,759 |
|---|---|
| Length | 114 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 80.22 |
| Mean single sequence MFE | -44.43 |
| Consensus MFE | -28.18 |
| Energy contribution | -28.38 |
| Covariance contribution | 0.20 |
| Combinations/Pair | 1.28 |
| Mean z-score | -2.20 |
| Structure conservation index | 0.63 |
| SVM decision value | 0.89 |
| SVM RNA-class probability | 0.875320 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 4986645 114 + 22407834 AUUAAGCUGGACCCAGUCUGGGUGGAUUUCCUGGGCGCCCGCUCACUGGGCCCCAACAAAUCCAUUCCGUUCGUGGACGCGGUCCCAAUCACACUGUGGCUGCACUCCGGCUCC------ ....(((((((.((((..(((((((((((..((((.(((((.....)))))))))..))))))).))))..).)))..((((((.((.......)).))))))..)))))))..------ ( -49.60) >DroVir_CAF1 6719 120 + 1 AUUAAAUUGGAUCCCAUUUGGGUGGAUUUUCUGGGCGCUCGCUCGCUAGGCCCCAAUAAAUCCAUACCCUUUGUGGAUGCAGUGCCCAUUACGCUCUGGUUGCAUGCCGGAGGCGCAGCU .......((.((((((...((((((((((..((((.((.(........)))))))..))))))..))))..)).)))).))(((((........((((((.....))))))))))).... ( -44.60) >DroPse_CAF1 7070 114 + 1 AUUAAGCUGGAUCCCGUGUGGGUGGAUUUCCUGGGCGCUCGCUCGCUGGGCCCCAAUAAAUCUAUUCCCUUUGUGGAUGCUGUGCCCGUCACGCUCUGGUUGCAUGCGGGAUCU------ ........(((((((((((((((((((((..((((.(((((.....)))))))))..))))))))).((...(((((((.......)))).)))...))...))))))))))))------ ( -45.50) >DroGri_CAF1 7225 120 + 1 AUAAAACUGGAUCCCGUUUGGGUGGAUUUUCUGGGCGCACGUUCGUUAGGUCCCAAUAAAUCUAUACCGUUUGUGGAUGCGGUGCCCAUUACGCUCUGGCUGCAUUCUGGCGGUGCAGCG .....((((.((((((..(((((((((((..((((.((.(........)))))))..)))))))).)))..)).)))).))))...............((((((((.....)))))))). ( -40.90) >DroWil_CAF1 11754 114 + 1 AUUAAAUUGGAUCCCAUUUGGGUGGAUUUUCUAGGCGCCCGCUCGCUGGGGCCAAACAAAUCCAUACCGUUUGUGGAUGCAGUGCCCAUAACCCUAUGGCUACAUAAGGGCUCA------ .....((((.((((((..(((((((((((....(((.((((.....)))))))....)))))))).)))..)).)))).))))........(((((((....))).))))....------ ( -40.80) >DroPer_CAF1 8697 114 + 1 AUUAAGCUGGAUCCCGUGUGGGUGGAUUUCCUGGGCGCUCGCUCGCUGGGCCCCAACAAAUCUAUUCCCUUUGUGGAUGCUGUGCCCGUCACGCUCUGGUUGCAUGCGGGAUCU------ ........(((((((((((((((((((((..((((.(((((.....)))))))))..))))))))).((...(((((((.......)))).)))...))...))))))))))))------ ( -45.20) >consensus AUUAAACUGGAUCCCGUUUGGGUGGAUUUCCUGGGCGCUCGCUCGCUGGGCCCCAACAAAUCCAUACCCUUUGUGGAUGCAGUGCCCAUCACGCUCUGGCUGCAUGCGGGAUCU______ .....((((.((((((...((((((((((..((((.(((((.....)))))))))..)))))))).))...)).)))).))))(((...........))).................... (-28.18 = -28.38 + 0.20)
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