Locus 1802

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 4,971,967 – 4,972,087
Length 120
Max. P 0.613509
window2903

overview

Window 3

Location 4,971,967 – 4,972,087
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 82.50
Mean single sequence MFE -47.50
Consensus MFE -32.42
Energy contribution -32.87
Covariance contribution 0.45
Combinations/Pair 1.34
Mean z-score -1.75
Structure conservation index 0.68
SVM decision value 0.16
SVM RNA-class probability 0.613509
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 4971967 120 + 22407834
GACGACCAACUGGUAUCUGUGCAGGCCAGCGAGGAGGACGGUGGUCAGGACGAUCGCUGCUAUCACUCUCUGUUGGCCUUCGUUUGCCGGGAUCUAGGCAGGAUCUACAUCUACACAGAG
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>DroPse_CAF1 2495 120 + 1
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>DroSec_CAF1 2883 120 + 1
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>DroEre_CAF1 2936 120 + 1
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((.((((....))))))..((((((((((((((((...(((((((..((.....))..))))))).)))))))))))))...((((((........))))))..............))). ( -54.90)
>DroYak_CAF1 2950 120 + 1
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>DroPer_CAF1 2454 120 + 1
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>consensus
GACGACCAACUGGUCUCUGUCCAGGCCAGCGAGGAGGACGGUGGUCAGGACGAUCUGUGCUACCACUCUAUGCUGGCCUUCGUCUGCCGGGAUCUAGGCAGAAUCUACAUCUACACGGAG
...((((....))))(((((..(((((((((.(((....((((((..((.....))..))))))..))).)))))))))...((((((........))))))............))))). (-32.42 = -32.87 +   0.45)

alignment

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secondary structure

Postscript

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Postscript

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