Locus 172

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 539,623 – 539,719
Length 96
Max. P 0.616647
window261

overview

Window 1

Location 539,623 – 539,719
Length 96
Sequences 6
Columns 105
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 83.77
Mean single sequence MFE -48.15
Consensus MFE -34.46
Energy contribution -34.93
Covariance contribution 0.48
Combinations/Pair 1.27
Mean z-score -2.03
Structure conservation index 0.72
SVM decision value 0.17
SVM RNA-class probability 0.616647
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 539623 96 - 22407834
GGCGG---------CAGCUGCUGCGGCAGCCACGCUGCUGCUGUUUCCCAGCGGAGAAGUCAUCGGCGGAACCAGCCCGCCGGGCGCAGCAUCCGCUCCGACUUC
(((((---------..(((((.((((((((...))))))))..(((((....))))).(((..((((((.......))))))))))))))..)))))........ ( -46.80)
>DroSec_CAF1 85099 96 - 1
GGCGG---------CAGCUGCUGCUGCAGCCACGCUGCUGCUGUUUCCCAGCGGAGAAGUCAUCGGCGGAACCAGCCCGCCGGGCGCAGCAUCCGCUCCGACUUC
..(((---------.(((.(.((((((.(((..(((.((((((.....))))))...)))...((((((.......))))))))))))))).).))))))..... ( -46.70)
>DroSim_CAF1 87532 96 - 1
GGCGG---------CAGCUGCUGCGGCAGCCACGCUGCUGCUGUUUCCCAGCGGAGAAGUCAUCGGCGGAACCAGCCCGCCGGGCGCAGCAUCCGCUCCGACUUC
(((((---------..(((((.((((((((...))))))))..(((((....))))).(((..((((((.......))))))))))))))..)))))........ ( -46.80)
>DroEre_CAF1 88818 96 - 1
GGCGG---------CAGCUGCUGCGGCAGCCAUGCUGCUGCUGUUUCCCAGCGGAGAAGUCAUCGGCGGAACCAGCCCGCCGGGCGCGGCAUCCGUUCCGACUUC
(((((---------(((((((....)))))..)))))))((((.....))))...((((((..((((((.......))))))((.((((...)))).)))))))) ( -49.10)
>DroYak_CAF1 88285 96 - 1
GGCGG---------CAGCUGCUGCGGCAGCCAUGCUGCUGCUGUUUCCCAGCGGAGAAGUCAUCGGCGGAACCAGCCCGCCGGCCGCAGCAUCCGCUCCGACCUC
(((((---------.((((((((((((....(((((.((((((.....))))))...)).)))((((((.......)))))))))))))))...)))))).)).. ( -51.40)
>DroAna_CAF1 106118 96 - 1
GGCGGCGGCAGCUGCAGCUGCUGCGGCUGCCACACUA---CUGUUGCCCAGGGGUGAUGCCACAGGCGGGG-----GUGCCA-GUGCCACAUCUACCCCAAUGUC
(((((((((((((((((...)))))))))))......---..))))))..(((((((((.(((.((((...-----.)))).-)))...)))).)))))...... ( -48.10)
>consensus
GGCGG_________CAGCUGCUGCGGCAGCCACGCUGCUGCUGUUUCCCAGCGGAGAAGUCAUCGGCGGAACCAGCCCGCCGGGCGCAGCAUCCGCUCCGACUUC
(((((...........(((((....))))).....((((((..(((((....))))).(((..((((((.......))))))))))))))).)))))........ (-34.46 = -34.93 +   0.48)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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